More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2275 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_2275  putative poly(A) polymerase  100 
 
 
417 aa  814    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.302951  normal  0.321254 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1196  polynucleotide adenylyltransferase region  75.92 
 
 
418 aa  580  1e-164  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.689615 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1299  polynucleotide adenylyltransferase region  74.1 
 
 
417 aa  580  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3247  polynucleotide adenylyltransferase region  73.56 
 
 
418 aa  575  1.0000000000000001e-163  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1380  Polynucleotide adenylyltransferase region  75.18 
 
 
418 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.26056  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2622  polynucleotide adenylyltransferase region  71.12 
 
 
418 aa  561  1.0000000000000001e-159  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.985224 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0920  polynucleotide adenylyltransferase region  70.57 
 
 
417 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2952  polynucleotide adenylyltransferase region  52.17 
 
 
406 aa  338  9.999999999999999e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.392505  normal  0.545062 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3226  poly(A) polymerase  47.33 
 
 
420 aa  303  4.0000000000000003e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.456659  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2176  polynucleotide adenylyltransferase region  45.68 
 
 
409 aa  300  4e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3053  Polynucleotide adenylyltransferase region  46.59 
 
 
417 aa  295  9e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0413864 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2272  polynucleotide adenylyltransferase region  42.65 
 
 
419 aa  291  2e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.554028 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2237  polynucleotide adenylyltransferase region  44.05 
 
 
417 aa  288  1e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0790  Polynucleotide adenylyltransferase region  46.88 
 
 
419 aa  287  2e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0439573 
 
 
-
 
NC_004310  BR1553  polyA polymerase family protein  43.38 
 
 
423 aa  284  2.0000000000000002e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.36956  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5176  Polynucleotide adenylyltransferase region  50.68 
 
 
417 aa  281  1e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1006  tRNA-nucleotidyltransferase  42.26 
 
 
417 aa  282  1e-74  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.947871  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1464  polynucleotide adenylyltransferase region  48.4 
 
 
424 aa  281  2e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.443341  normal  0.113591 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1612  polynucleotide adenylyltransferase region  43.49 
 
 
415 aa  280  4e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.919779  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1741  Polynucleotide adenylyltransferase region  48.15 
 
 
428 aa  279  6e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.676657  normal  0.232346 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2846  polynucleotide adenylyltransferase region  44.66 
 
 
417 aa  278  1e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0310585  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4475  polynucleotide adenylyltransferase region  52.33 
 
 
418 aa  276  5e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.239628  hitchhiker  0.001883 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1501  polyA polymerase family protein  43.99 
 
 
405 aa  275  7e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0729  polynucleotide adenylyltransferase region  43.96 
 
 
419 aa  275  1.0000000000000001e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.939833 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1461  Polynucleotide adenylyltransferase region  47.65 
 
 
421 aa  273  6e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.596817 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2789  Polynucleotide adenylyltransferase region  45.15 
 
 
422 aa  271  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.195532 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0695  polynucleotide adenylyltransferase region  40.76 
 
 
417 aa  267  2e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.357967  normal  0.820843 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0601  polynucleotide adenylyltransferase region  49.74 
 
 
412 aa  257  2e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.130653  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1021  polynucleotide adenylyltransferase region  43.8 
 
 
400 aa  246  4e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0109  polynucleotide adenylyltransferase region  43.56 
 
 
401 aa  239  5.999999999999999e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0125148  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2110  polynucleotide adenylyltransferase region  41.11 
 
 
398 aa  236  5.0000000000000005e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.402198  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3489  CCA-adding enzyme  43.83 
 
 
382 aa  233  5e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2010  polynucleotide adenylyltransferase region  43.25 
 
 
389 aa  224  2e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2575  polynucleotide adenylyltransferase region  41.69 
 
 
388 aa  223  7e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0366  polynucleotide adenylyltransferase region  42.65 
 
 
525 aa  222  8e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0444  poly A polymerase family protein  35.62 
 
 
391 aa  213  4.9999999999999996e-54  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.19472  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1205  Poly A polymerase family protein  42.32 
 
 
380 aa  208  2e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11272  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2891  polynucleotide adenylyltransferase region  37.81 
 
 
386 aa  207  2e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0646  polyA polymerase family protein  33.33 
 
 
392 aa  207  3e-52  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0892  polynucleotide adenylyl transferase  31.96 
 
 
396 aa  207  4e-52  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2866  polynucleotide adenylyltransferase region  49.08 
 
 
380 aa  206  5e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2643  polynucleotide adenylyltransferase region  42.49 
 
 
380 aa  205  1e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.815822  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3015  Polynucleotide adenylyltransferase region  40.97 
 
 
420 aa  204  2e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.684441  normal  0.443842 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1116  polyA polymerase/tRNA nucleotidyltransferase family protein  33.24 
 
 
401 aa  199  7e-50  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.172722  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0081  polynucleotide adenylyltransferase protein  41.1 
 
 
379 aa  199  9e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0635  Polynucleotide adenylyltransferase region  45.86 
 
 
427 aa  149  7e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1260  tRNA CCA-pyrophosphorylase  37.56 
 
 
397 aa  140  6e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05400  uncharacterized domain HDIG-containing protein  43.69 
 
 
451 aa  138  2e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00288807  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0908  tRNA CCA-pyrophosphorylase  38.74 
 
 
398 aa  137  5e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000445275 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2120  tRNA CCA-pyrophosphorylase  40.28 
 
 
404 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0767  tRNA CCA-pyrophosphorylase  31.09 
 
 
403 aa  134  3e-30  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.746315  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1710  tRNA adenylyltransferase  30.38 
 
 
394 aa  133  6.999999999999999e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.141453  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1027  tRNA CCA-pyrophosphorylase  30.69 
 
 
400 aa  132  2.0000000000000002e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1665  tRNA CCA-pyrophosphorylase  36.04 
 
 
397 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3753  tRNA CCA-pyrophosphorylase  35.59 
 
 
397 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1703  tRNA CCA-pyrophosphorylase  36.04 
 
 
397 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.026033  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1592  tRNA CCA-pyrophosphorylase  35.59 
 
 
397 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.441077  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1462  tRNA CCA-pyrophosphorylase  35.59 
 
 
397 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.649739  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1446  tRNA CCA-pyrophosphorylase  35.59 
 
 
397 aa  130  6e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1418  tRNA CCA-pyrophosphorylase  35.59 
 
 
397 aa  130  6e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1559  tRNA CCA-pyrophosphorylase  35.59 
 
 
397 aa  130  6e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.978785  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1630  tRNA CCA-pyrophosphorylase  35.59 
 
 
397 aa  130  6e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.16656 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0499  tRNA CCA-pyrophosphorylase  38.33 
 
 
404 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3827  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  40.54 
 
 
459 aa  128  2.0000000000000002e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2295  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  37.67 
 
 
448 aa  128  2.0000000000000002e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.730804  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1419  tRNA CCA-pyrophosphorylase  35.59 
 
 
397 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2407  tRNA adenylyltransferase  36.8 
 
 
471 aa  127  4.0000000000000003e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.460481 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2057  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  30.84 
 
 
465 aa  127  4.0000000000000003e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.000000115369  normal  0.734292 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0026  polyA polymerase family protein  31.36 
 
 
424 aa  126  6e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0756  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  41.58 
 
 
401 aa  126  6e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.525982  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1012  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  35.75 
 
 
399 aa  125  1e-27  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.200696  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2353  tRNA cytidylyltransferase  39.83 
 
 
434 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.103855  normal  0.215704 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1545  tRNA CCA-pyrophosphorylase  30.22 
 
 
400 aa  123  5e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00353359  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1516  tRNA CCA-pyrophosphorylase  30.22 
 
 
400 aa  123  5e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0026  polyA polymerase family protein  31.01 
 
 
422 aa  123  7e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1756  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  37.17 
 
 
473 aa  122  9.999999999999999e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0478  metal dependent phosphohydrolase  36.73 
 
 
490 aa  121  3e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.903999  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1023  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  34.22 
 
 
464 aa  119  9.999999999999999e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3102  metal-dependent phosphohydrolase  34.73 
 
 
552 aa  117  5e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0497  metal dependent phosphohydrolase  39.8 
 
 
492 aa  116  8.999999999999998e-25  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1653  tRNA CCA-pyrophosphorylase  37.38 
 
 
402 aa  115  1.0000000000000001e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1033  polyA polymerase family protein  34.8 
 
 
448 aa  115  2.0000000000000002e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0733439  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0497  metal dependent phosphohydrolase  27.45 
 
 
454 aa  115  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0608  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  28.28 
 
 
584 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0727  polynucleotide adenylyltransferase  29.23 
 
 
410 aa  113  5e-24  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.43886  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0461  tRNA CCA-pyrophosphorylase  37.19 
 
 
402 aa  112  1.0000000000000001e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1389  metal dependent phosphohydrolase  34.84 
 
 
442 aa  109  9.000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.23743  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1636  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  28.03 
 
 
464 aa  108  1e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.841879  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1341  tRNA CCA-pyrophosphorylase  35.68 
 
 
402 aa  107  3e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.293124  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3571  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  36.7 
 
 
483 aa  107  3e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.564653 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2857  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  32.45 
 
 
484 aa  108  3e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.858546  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4849  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  35.62 
 
 
499 aa  107  5e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2139  metal dependent phosphohydrolase  37.2 
 
 
525 aa  105  1e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1864  tRNA adenylyltransferase  28.4 
 
 
420 aa  105  2e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.124392  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1765  poly(A) polymerase  36.64 
 
 
467 aa  104  3e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0372  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  33.04 
 
 
450 aa  104  3e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6436  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  37.32 
 
 
473 aa  104  3e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0308  polynucleotide adenylyltransferase region  30.42 
 
 
427 aa  103  4e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.467855 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5397  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  36.62 
 
 
464 aa  102  1e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2777  Poly(A) polymerase, PcnB  33.98 
 
 
509 aa  102  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0701742  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>