More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1456 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_1456  glutamyl-tRNA reductase  100 
 
 		 414 aa  851    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.449307  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0942  glutamyl-tRNA reductase  65.22 
 
 		 416 aa  548  1e-155  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03645  glutamyl-tRNA reductase  61.76 
 
 		 422 aa  530  1e-149  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3752  glutamyl-tRNA reductase  58.33 
 
 		 434 aa  513  1e-144  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6499  glutamyl-tRNA reductase  41.83 
 
 		 440 aa  335  9e-91  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.595047 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3619  glutamyl-tRNA reductase  34.36 
 
 		 432 aa  220  3e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.928218  normal  0.597064 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2489  glutamyl-tRNA reductase  33.33 
 
 		 419 aa  213  5.999999999999999e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0333  glutamyl-tRNA reductase  32.93 
 
 		 425 aa  211  2e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0208  glutamyl-tRNA reductase  30.42 
 
 		 441 aa  199  6e-50  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1250  glutamyl-tRNA reductase  29.44 
 
 		 464 aa  188  1e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1538  glutamyl-tRNA reductase  30.75 
 
 		 426 aa  184  3e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.0000572654  hitchhiker  0.00320604 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2164  glutamyl-tRNA reductase  28.5 
 
 		 464 aa  183  4.0000000000000006e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.317468  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1892  glutamyl-tRNA reductase  30.02 
 
 		 460 aa  182  1e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2065  glutamyl-tRNA reductase  29.07 
 
 		 431 aa  181  2e-44  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0513326  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0685  glutamyl-tRNA reductase  32.46 
 
 		 398 aa  181  2.9999999999999997e-44  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.310076  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1516  glutamyl-tRNA reductase  28.71 
 
 		 426 aa  181  2.9999999999999997e-44  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1423  glutamyl-tRNA reductase  25.42 
 
 		 418 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.40052  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1618  glutamyl-tRNA reductase  28.14 
 
 		 440 aa  180  4.999999999999999e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0789  glutamyl-tRNA reductase  28.68 
 
 		 418 aa  179  7e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143605  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0118  glutamyl-tRNA reductase  29.49 
 
 		 413 aa  179  7e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000526977  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6799  glutamyl-tRNA reductase  27.06 
 
 		 458 aa  179  9e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.410686 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2582  glutamyl-tRNA reductase  28.39 
 
 		 443 aa  177  2e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3064  glutamyl-tRNA reductase  26.75 
 
 		 443 aa  177  4e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0847695  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61710  glutamyl-tRNA reductase  26.3 
 
 		 422 aa  176  7e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0624585  normal  0.0109768 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5315  glutamyl-tRNA reductase  26.3 
 
 		 422 aa  176  7e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004204  glutamyl-tRNA reductase  30.45 
 
 		 418 aa  176  8e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000179715  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1059  glutamyl-tRNA reductase  26.84 
 
 		 426 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01185  glutamyl-tRNA reductase  30.12 
 
 		 418 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.112965  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2416  glutamyl-tRNA reductase  30.12 
 
 		 418 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000119078  hitchhiker  0.0000345051 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01195  hypothetical protein  30.12 
 
 		 418 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0924296  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1315  glutamyl-tRNA reductase  30.12 
 
 		 418 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.01079e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1358  glutamyl-tRNA reductase  30.12 
 
 		 418 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000645666  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1374  glutamyl-tRNA reductase  30.12 
 
 		 418 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000847987  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0758  glutamyl-tRNA reductase  27.62 
 
 		 431 aa  174  1.9999999999999998e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.510038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2564  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  26.97 
 
 		 423 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.508916  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2338  glutamyl-tRNA reductase  30.1 
 
 		 434 aa  175  1.9999999999999998e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1908  glutamyl-tRNA reductase  29.08 
 
 		 418 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00010664  normal  0.872325 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2492  glutamyl-tRNA reductase  27.84 
 
 		 416 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.59007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1362  glutamyl-tRNA reductase  29.08 
 
 		 418 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000971063  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1972  glutamyl-tRNA reductase  29.08 
 
 		 418 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000439602  normal  0.904808 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1914  glutamyl-tRNA reductase  29.08 
 
 		 418 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000422832  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3284  glutamyl-tRNA reductase  28.81 
 
 		 434 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2437  glutamyl-tRNA reductase  29.88 
 
 		 418 aa  173  5e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000304893  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0407  glutamyl-tRNA reductase  27.79 
 
 		 434 aa  173  5e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1250  glutamyl-tRNA reductase  27.49 
 
 		 441 aa  173  5e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.305769 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3252  glutamyl-tRNA reductase  28.21 
 
 		 425 aa  173  5e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000725008  normal  0.10707 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1691  glutamyl-tRNA reductase  29.88 
 
 		 418 aa  173  5e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000277643  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2071  glutamyl-tRNA reductase  30.25 
 
 		 418 aa  173  5.999999999999999e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0132375  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1932  glutamyl-tRNA reductase  29.88 
 
 		 418 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000431786  normal  0.0964629 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1989  glutamyl-tRNA reductase  30.48 
 
 		 420 aa  172  1e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00499789  decreased coverage  0.00167683 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1546  glutamyl-tRNA reductase  28.84 
 
 		 418 aa  172  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0564626  normal  0.139086 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0407  glutamyl-tRNA reductase  27.08 
 
 		 434 aa  171  2e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0296  glutamyl-tRNA reductase  27.14 
 
 		 442 aa  171  2e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.185271 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0360  glutamyl-tRNA reductase  27.42 
 
 		 434 aa  171  3e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000594759  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1260  glutamyl-tRNA reductase  26.86 
 
 		 436 aa  170  4e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.497201  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1052  glutamyl-tRNA reductase  28.57 
 
 		 420 aa  170  5e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.103209  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0773  glutamyl-tRNA reductase  27.51 
 
 		 425 aa  170  5e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3699  glutamyl-tRNA reductase  26.67 
 
 		 428 aa  169  6e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1348  glutamyl-tRNA reductase  28.3 
 
 		 446 aa  169  7e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0870  glutamyl-tRNA reductase  27.11 
 
 		 454 aa  168  1e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3233  glutamyl-tRNA reductase  27.92 
 
 		 434 aa  169  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000271435  normal  0.234997 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2642  glutamyl-tRNA reductase  25.12 
 
 		 420 aa  169  1e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0959  glutamyl-tRNA reductase  26.38 
 
 		 430 aa  169  1e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01249  glutamyl-tRNA reductase  28.32 
 
 		 418 aa  169  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0732  glutamyl-tRNA reductase  27.03 
 
 		 425 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1288  glutamyl-tRNA reductase  27.44 
 
 		 453 aa  168  2e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0760  glutamyl-tRNA reductase  27.27 
 
 		 425 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0583229  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0993  glutamyl-tRNA reductase  28.81 
 
 		 449 aa  168  2e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1750  glutamyl-tRNA reductase  27.34 
 
 		 442 aa  168  2e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1757  glutamyl-tRNA reductase  29.11 
 
 		 419 aa  168  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000105006  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2115  glutamyl-tRNA reductase  30.65 
 
 		 418 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.435842  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1795  glutamyl-tRNA reductase  29.88 
 
 		 425 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0286  glutamyl-tRNA reductase  26.6 
 
 		 419 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0948  glutamyl-tRNA reductase  26.43 
 
 		 425 aa  167  4e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1362  glutamyl-tRNA reductase  27.79 
 
 		 446 aa  167  4e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0510  glutamyl-tRNA reductase  27.62 
 
 		 420 aa  166  5.9999999999999996e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2361  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  25.47 
 
 		 429 aa  166  5.9999999999999996e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2025  glutamyl-tRNA reductase  26.84 
 
 		 450 aa  166  6.9999999999999995e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1465  glutamyl-tRNA reductase  27.91 
 
 		 443 aa  166  8e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.68367  normal  0.0496513 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1979  glutamyl-tRNA reductase  26.68 
 
 		 422 aa  166  8e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.001246  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0581  glutamyl-tRNA reductase  27.41 
 
 		 435 aa  166  9e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.226139 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5179  glutamyl-tRNA reductase  26.25 
 
 		 428 aa  166  9e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000059064 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4749  glutamyl-tRNA reductase  26.78 
 
 		 428 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.168503  normal  0.0710553 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3238  glutamyl-tRNA reductase  27.61 
 
 		 438 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.173569  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2761  glutamyl-tRNA reductase  29.56 
 
 		 443 aa  166  1.0000000000000001e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0503  glutamyl-tRNA reductase  26.9 
 
 		 434 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000781545  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1121  glutamyl-tRNA reductase  26.97 
 
 		 458 aa  165  1.0000000000000001e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.710663 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2720  glutamyl-tRNA reductase  26.87 
 
 		 429 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4457  glutamyl-tRNA reductase  26.56 
 
 		 425 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2381  glutamyl-tRNA reductase  29.56 
 
 		 443 aa  166  1.0000000000000001e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.370864 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1606  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  26.46 
 
 		 419 aa  166  1.0000000000000001e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.495518  normal  0.645678 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3544  glutamyl-tRNA reductase  27.98 
 
 		 414 aa  165  1.0000000000000001e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.037813  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1108  glutamyl-tRNA reductase  26.43 
 
 		 425 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2461  glutamyl-tRNA reductase  30.73 
 
 		 420 aa  165  2.0000000000000002e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000933086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2067  glutamyl-tRNA reductase  30.73 
 
 		 420 aa  165  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  3.85694e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0951  glutamyl-tRNA reductase  28.94 
 
 		 425 aa  164  3e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1459  glutamyl-tRNA reductase  27.55 
 
 		 446 aa  164  3e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2775  glutamyl-tRNA reductase  26.6 
 
 		 428 aa  164  3e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2026  glutamyl-tRNA reductase  27.12 
 
 		 425 aa  164  3e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.244155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3377  glutamyl-tRNA reductase  26.67 
 
 		 436 aa  164  3e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>