More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0407 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU3284  glutamyl-tRNA reductase  76.04 
 
 		 434 aa  699    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0503  glutamyl-tRNA reductase  72.58 
 
 		 434 aa  647    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000781545  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0407  glutamyl-tRNA reductase  98.39 
 
 		 434 aa  885    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3233  glutamyl-tRNA reductase  78.81 
 
 		 434 aa  692    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000271435  normal  0.234997 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0407  glutamyl-tRNA reductase  100 
 
 		 434 aa  894    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0360  glutamyl-tRNA reductase  87.38 
 
 		 434 aa  759    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000594759  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3377  glutamyl-tRNA reductase  72.14 
 
 		 436 aa  639    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3064  glutamyl-tRNA reductase  51.63 
 
 		 443 aa  466  9.999999999999999e-131  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0847695  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3238  glutamyl-tRNA reductase  49.76 
 
 		 438 aa  420  1e-116  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.173569  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1590  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  51.4 
 
 		 461 aa  412  1e-114  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.715932 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1618  glutamyl-tRNA reductase  51.18 
 
 		 440 aa  409  1e-113  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0296  glutamyl-tRNA reductase  51.54 
 
 		 442 aa  404  1e-111  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.185271 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2025  glutamyl-tRNA reductase  49.65 
 
 		 450 aa  392  1e-108  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1750  glutamyl-tRNA reductase  48.83 
 
 		 442 aa  385  1e-106  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3644  glutamyl-tRNA reductase  45.71 
 
 		 421 aa  385  1e-106  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000014182  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1250  glutamyl-tRNA reductase  43.69 
 
 		 464 aa  372  1e-102  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2164  glutamyl-tRNA reductase  43.16 
 
 		 464 aa  372  1e-102  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.317468  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2564  glutamyl-tRNA reductase  46.78 
 
 		 436 aa  369  1e-101  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.734492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0208  glutamyl-tRNA reductase  43.67 
 
 		 441 aa  367  1e-100  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0959  glutamyl-tRNA reductase  45.75 
 
 		 430 aa  361  1e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6799  glutamyl-tRNA reductase  44.73 
 
 		 458 aa  360  3e-98  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.410686 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1465  glutamyl-tRNA reductase  45.97 
 
 		 443 aa  357  1.9999999999999998e-97  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.68367  normal  0.0496513 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1121  glutamyl-tRNA reductase  41.84 
 
 		 458 aa  356  3.9999999999999996e-97  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.710663 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3355  glutamyl-tRNA reductase  42.45 
 
 		 443 aa  352  5e-96  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.811107  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01249  glutamyl-tRNA reductase  43.83 
 
 		 418 aa  347  3e-94  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004204  glutamyl-tRNA reductase  44.25 
 
 		 418 aa  345  8e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000179715  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1757  glutamyl-tRNA reductase  44.55 
 
 		 419 aa  345  8.999999999999999e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000105006  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0789  glutamyl-tRNA reductase  42.89 
 
 		 418 aa  340  4e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143605  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61710  glutamyl-tRNA reductase  43.72 
 
 		 422 aa  333  3e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0624585  normal  0.0109768 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5315  glutamyl-tRNA reductase  43.95 
 
 		 422 aa  333  4e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0510  glutamyl-tRNA reductase  41.47 
 
 		 420 aa  333  5e-90  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3600  glutamyl-tRNA reductase  42.21 
 
 		 422 aa  333  5e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.779704 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1052  glutamyl-tRNA reductase  41.84 
 
 		 420 aa  332  6e-90  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.103209  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1260  glutamyl-tRNA reductase  41.71 
 
 		 436 aa  332  8e-90  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.497201  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2887  glutamyl-tRNA reductase  41.82 
 
 		 432 aa  331  1e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.171093 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2929  glutamyl-tRNA reductase  41.41 
 
 		 432 aa  331  1e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2593  glutamyl-tRNA reductase  41.82 
 
 		 432 aa  331  1e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0505  glutamyl-tRNA reductase  41.18 
 
 		 432 aa  330  3e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.413574  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3600  glutamyl-tRNA reductase  41.18 
 
 		 432 aa  330  3e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0971  glutamyl-tRNA reductase  41.18 
 
 		 434 aa  330  3e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0563906  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3613  glutamyl-tRNA reductase  41.18 
 
 		 434 aa  330  3e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.268717  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3589  glutamyl-tRNA reductase  41.18 
 
 		 434 aa  330  3e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.472177  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1942  glutamyl-tRNA reductase  41.18 
 
 		 434 aa  330  3e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0675  glutamyl-tRNA reductase  41.18 
 
 		 434 aa  330  3e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3598  glutamyl-tRNA reductase  41.59 
 
 		 432 aa  330  4e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0483  glutamyl-tRNA reductase  41.59 
 
 		 432 aa  330  4e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.675645 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0511  glutamyl-tRNA reductase  41.59 
 
 		 432 aa  330  4e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212735  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0870  glutamyl-tRNA reductase  42.43 
 
 		 454 aa  329  5.0000000000000004e-89  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3554  glutamyl-tRNA reductase  41.33 
 
 		 422 aa  329  6e-89  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0359238  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1538  glutamyl-tRNA reductase  39.58 
 
 		 426 aa  329  6e-89  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.0000572654  hitchhiker  0.00320604 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2582  glutamyl-tRNA reductase  45.2 
 
 		 443 aa  329  7e-89  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1516  glutamyl-tRNA reductase  41.16 
 
 		 426 aa  328  8e-89  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3252  glutamyl-tRNA reductase  41.59 
 
 		 425 aa  327  3e-88  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000725008  normal  0.10707 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3182  glutamyl-tRNA reductase  41.33 
 
 		 444 aa  327  3e-88  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.447299  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1059  glutamyl-tRNA reductase  41.78 
 
 		 426 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1348  glutamyl-tRNA reductase  40.86 
 
 		 446 aa  326  6e-88  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1043  glutamyl-tRNA reductase  41.82 
 
 		 421 aa  325  7e-88  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0695  glutamyl-tRNA reductase  43.34 
 
 		 416 aa  325  7e-88  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000150429  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3738  glutamyl-tRNA reductase  43.34 
 
 		 416 aa  325  7e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000445074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3615  glutamyl-tRNA reductase  43.34 
 
 		 416 aa  325  7e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000229913  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3547  glutamyl-tRNA reductase  43.34 
 
 		 416 aa  325  7e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000884413  decreased coverage  0.0000146435 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1250  glutamyl-tRNA reductase  41.23 
 
 		 441 aa  325  9e-88  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.305769 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0441  glutamyl-tRNA reductase  41.12 
 
 		 432 aa  324  1e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.271355 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4749  glutamyl-tRNA reductase  42.86 
 
 		 428 aa  324  2e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.168503  normal  0.0710553 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0800  glutamyl-tRNA reductase  43.34 
 
 		 416 aa  323  3e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000139394  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3170  glutamyl-tRNA reductase  42.82 
 
 		 416 aa  323  4e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000428438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2361  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  40 
 
 		 429 aa  323  4e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2913  glutamyl-tRNA reductase  43.07 
 
 		 416 aa  323  5e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000048664  normal  0.480262 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3686  glutamyl-tRNA reductase  41.88 
 
 		 416 aa  323  5e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0012522  normal  0.509552 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3834  glutamyl-tRNA reductase  43.1 
 
 		 416 aa  322  6e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3127  glutamyl-tRNA reductase  42.12 
 
 		 416 aa  322  6e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000225636  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2761  glutamyl-tRNA reductase  42.42 
 
 		 443 aa  322  8e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2381  glutamyl-tRNA reductase  42.42 
 
 		 443 aa  322  8e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.370864 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4557  glutamyl-tRNA reductase  42.32 
 
 		 444 aa  322  9.000000000000001e-87  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1423  glutamyl-tRNA reductase  40.38 
 
 		 418 aa  321  9.999999999999999e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.40052  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2564  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  42 
 
 		 423 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.508916  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0415  glutamyl-tRNA reductase  40.89 
 
 		 432 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.818412  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0768  glutamyl-tRNA reductase  43.34 
 
 		 416 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000952775  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4363  glutamyl-tRNA reductase  41.57 
 
 		 444 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4199  glutamyl-tRNA reductase  41.57 
 
 		 444 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4210  glutamyl-tRNA reductase  41.57 
 
 		 444 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4698  glutamyl-tRNA reductase  41.57 
 
 		 444 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0650  glutamyl-tRNA reductase  41.94 
 
 		 444 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4553  glutamyl-tRNA reductase  41.57 
 
 		 444 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3460  glutamyl-tRNA reductase  42.37 
 
 		 426 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000782916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4584  glutamyl-tRNA reductase  41.94 
 
 		 444 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4457  glutamyl-tRNA reductase  42.69 
 
 		 425 aa  320  3e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0796  glutamyl-tRNA reductase  43.1 
 
 		 416 aa  320  3e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000467609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0948  glutamyl-tRNA reductase  43.56 
 
 		 425 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1606  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  41.43 
 
 		 419 aa  319  5e-86  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.495518  normal  0.645678 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01185  glutamyl-tRNA reductase  41.47 
 
 		 418 aa  319  7e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.112965  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1315  glutamyl-tRNA reductase  41.47 
 
 		 418 aa  319  7e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.01079e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2416  glutamyl-tRNA reductase  41.47 
 
 		 418 aa  319  7e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000119078  hitchhiker  0.0000345051 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01195  hypothetical protein  41.47 
 
 		 418 aa  319  7e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0924296  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1108  glutamyl-tRNA reductase  43.56 
 
 		 425 aa  319  7.999999999999999e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2437  glutamyl-tRNA reductase  41.47 
 
 		 418 aa  318  9e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000304893  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1691  glutamyl-tRNA reductase  41.47 
 
 		 418 aa  318  9e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000277643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3043  glutamyl-tRNA reductase  42.56 
 
 		 434 aa  318  1e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.146578  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4602  glutamyl-tRNA reductase  41.33 
 
 		 444 aa  318  1e-85  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4311  glutamyl-tRNA reductase  41.38 
 
 		 443 aa  318  1e-85  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>