132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3937 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3937  hypothetical protein  100 
 
 		 222 aa  460  1e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.479682  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3707  negative transcriptional regulator  34.12 
 
 		 202 aa  115  3.9999999999999997e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0908965 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0091  negative transcriptional regulator  32.09 
 
 		 205 aa  113  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0910  transcriptional regulator  32.88 
 
 		 212 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3387  negative transcriptional regulator  32.23 
 
 		 213 aa  106  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09790  putative transcriptional regulator  32.88 
 
 		 212 aa  106  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5634  negative transcriptional regulator  34.05 
 
 		 217 aa  105  5e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000166021  normal  0.209584 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3668  negative transcriptional regulator  30.24 
 
 		 251 aa  104  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2821  transcriptional regulator, putative  31.67 
 
 		 212 aa  102  3e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5057  negative transcriptional regulator  32 
 
 		 212 aa  102  4e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0073129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2039  hypothetical protein  30.77 
 
 		 210 aa  101  9e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0027  FMN-binding negative transcriptional regulator  33.17 
 
 		 209 aa  101  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.467521 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2937  negative transcriptional regulator  30.53 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4524  negative transcriptional regulator  30.32 
 
 		 216 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00396175 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0134  FMN-binding negative transcriptional regulator  29.59 
 
 		 207 aa  100  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.435875 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6892  FMN-binding negative transcriptional regulator  29.15 
 
 		 216 aa  99  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.199077  normal  0.214366 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0662  FMN-binding negative transcriptional regulator  27.85 
 
 		 208 aa  98.2  9e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4171  negative transcriptional regulator  31.58 
 
 		 213 aa  97.8  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3744  FMN-binding negative transcriptional regulator  29.05 
 
 		 214 aa  97.8  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.311585 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2223  FMN-binding negative transcriptional regulator  31.67 
 
 		 227 aa  97.8  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0128259 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5505  transcriptional regulator, putative  32.8 
 
 		 212 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1332  FMN-binding negative transcriptional regulator  27.85 
 
 		 207 aa  97.4  2e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3062  transcriptional regulator, putative  31.22 
 
 		 212 aa  95.9  4e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.126623  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1228  putative transcriptional regulator  31.22 
 
 		 212 aa  95.9  4e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0639  putative transcriptional regulator  31.22 
 
 		 212 aa  95.9  4e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1423  FMN-binding domain-containing protein  31.22 
 
 		 212 aa  96.3  4e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.607978  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1455  FMN-binding domain-containing protein  31.22 
 
 		 212 aa  95.9  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.124312  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0514  putative transcriptional regulator  31.22 
 
 		 212 aa  95.9  4e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1557  transcriptional regulator PaiB-like protein  31.22 
 
 		 253 aa  95.5  5e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.204051  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4832  FMN-binding negative transcriptional regulator  30.77 
 
 		 212 aa  95.5  5e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5850  FMN-binding negative transcriptional regulator  30.37 
 
 		 212 aa  95.5  6e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.827228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5016  FMN-binding negative transcriptional regulator  31.13 
 
 		 212 aa  94.7  9e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.213786  normal  0.76718 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0396  negative transcriptional regulator  31.13 
 
 		 212 aa  94  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.333993 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3110  negative transcriptional regulator  31.13 
 
 		 212 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5257  negative transcriptional regulator  31.13 
 
 		 212 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5118  FMN-binding negative transcriptional regulator  32.65 
 
 		 209 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000184887  normal  0.127923 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1155  negative transcriptional regulator  31.25 
 
 		 218 aa  90.9  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05600  Negative transcriptional regulator  28.64 
 
 		 203 aa  90.9  2e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.592075  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0275  negative transcriptional regulator  30.14 
 
 		 214 aa  90.1  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.594714  normal  0.841288 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3457  FMN-binding negative transcriptional regulator  29.56 
 
 		 212 aa  90.5  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.693471  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3464  FMN-binding negative transcriptional regulator  28.64 
 
 		 212 aa  89  5e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.272985 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4536  FMN-binding negative transcriptional regulator  28.64 
 
 		 212 aa  89  5e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.856573 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6076  FMN-binding negative transcriptional regulator  29.11 
 
 		 214 aa  87.4  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6596  FMN-binding negative transcriptional regulator  27.27 
 
 		 211 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.127183  normal  0.105964 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5343  FMN-binding negative transcriptional regulator  30.62 
 
 		 209 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.85549  unclonable  0.000000472337 
 
 
-
 
NC_003296  RS01760  hypothetical protein  29.9 
 
 		 212 aa  87.4  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.233372 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5252  FMN-binding negative transcriptional regulator  31.63 
 
 		 209 aa  87  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.593041 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4616  negative transcriptional regulator  28.38 
 
 		 212 aa  86.3  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5392  FMN-binding negative transcriptional regulator  29.36 
 
 		 209 aa  85.1  8e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0104323 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0131  FMN-binding negative transcriptional regulator  28.5 
 
 		 210 aa  84.7  9e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2930  FMN-binding negative transcriptional regulator  27.27 
 
 		 208 aa  84.7  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00117191  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4597  FMN-binding negative transcriptional regulator  28.71 
 
 		 212 aa  84.3  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.300981  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5144  FMN-binding negative transcriptional regulator  28.38 
 
 		 212 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.081926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2006  transcriptional regulator, putative  27.75 
 
 		 219 aa  82.4  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1673  FMN-binding negative transcriptional regulator  27.75 
 
 		 219 aa  82.4  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1466  FMN-binding negative transcriptional regulator  29.94 
 
 		 210 aa  82  0.000000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3644  transcriptional regulator protein  27.4 
 
 		 212 aa  81.3  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2380  FMN-binding negative transcriptional regulator  28.5 
 
 		 202 aa  80.9  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4337  FMN-binding negative transcriptional regulator  29.11 
 
 		 216 aa  80.5  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1141  FMN-binding negative transcriptional regulator  29.58 
 
 		 212 aa  80.5  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00101905 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0976  FMN-binding negative transcriptional regulator  26.79 
 
 		 200 aa  79.7  0.00000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.170133 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3311  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  29.41 
 
 		 199 aa  79.3  0.00000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.262888  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3571  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  29.41 
 
 		 199 aa  79.3  0.00000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.264459  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3526  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  29.41 
 
 		 199 aa  79  0.00000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.02519 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1405  FMN-binding negative transcriptional regulator  28.17 
 
 		 206 aa  79  0.00000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009048  PICST_50195  predicted protein  25.57 
 
 		 221 aa  77.8  0.0000000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.273335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8096  FMN-binding negative transcriptional regulator  31.13 
 
 		 207 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2455  negative transcriptional regulator  35.61 
 
 		 207 aa  77  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.361522  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2440  negative transcriptional regulator  27.23 
 
 		 232 aa  77  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0623285  normal  0.532082 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2763  FMN-binding negative transcriptional regulator  26.87 
 
 		 218 aa  75.9  0.0000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.124259 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3864  negative transcriptional regulator  25.25 
 
 		 208 aa  75.5  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2807  transcriptional regulator, putative  26.87 
 
 		 218 aa  75.9  0.0000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.233937  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2433  FMN-binding negative transcriptional regulator  26.87 
 
 		 218 aa  75.9  0.0000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00303402  hitchhiker  0.0000000627876 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5075  FMN-binding negative transcriptional regulator  25.63 
 
 		 207 aa  75.5  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3490  Negative transcriptional regulator  27.27 
 
 		 216 aa  74.7  0.000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5889  FMN-binding negative transcriptional regulator  31.95 
 
 		 207 aa  74.7  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2838  negative transcriptional regulator  26.52 
 
 		 200 aa  73.6  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0668939  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4176  FMN-binding negative transcriptional regulator  24.75 
 
 		 208 aa  73.2  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00181829  normal  0.167994 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3223  FMN-binding negative transcriptional regulator  28.7 
 
 		 201 aa  73.2  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.690612  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3511  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  28.97 
 
 		 199 aa  72  0.000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3225  transcriptional repressor of sporulation and protease synthase  27.48 
 
 		 199 aa  72  0.000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0540  negative transcriptional regulator  28.3 
 
 		 201 aa  71.6  0.000000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.05365  normal  0.138094 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4787  FMN-binding negative transcriptional regulator  29.56 
 
 		 218 aa  71.2  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.560918 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3982  negative transcriptional regulator  33.12 
 
 		 216 aa  69.3  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3532  transcriptional repressor of sporulation and protease synthase  28.7 
 
 		 219 aa  68.6  0.00000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0320  negative transcriptional regulator  25.32 
 
 		 217 aa  67  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.68973 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2719  FMN-binding negative transcriptional regulator  25.79 
 
 		 211 aa  67  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.73362  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0823  FMN-binding negative transcriptional regulator  25.35 
 
 		 217 aa  66.2  0.0000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00293061  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0083  FMN-binding negative transcriptional regulator  31.82 
 
 		 200 aa  65.9  0.0000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0621  FMN-binding negative transcriptional regulator  27.69 
 
 		 196 aa  65.5  0.0000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.609776 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10108  Uncharacterized protein AN0679 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:P0C154]  26.81 
 
 		 251 aa  64.3  0.000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.254579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1658  negative transcriptional regulator  27.57 
 
 		 219 aa  64.3  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.978613 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2431  negative transcriptional regulator  27.57 
 
 		 206 aa  63.5  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3512  transcriptional regulator  29.02 
 
 		 205 aa  63.5  0.000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3641  negative transcriptional regulator  25.57 
 
 		 210 aa  62.8  0.000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.691719  normal  0.578419 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0243  FMN-binding negative transcriptional regulator  29.84 
 
 		 209 aa  62.4  0.000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1466  FMN-binding negative transcriptional regulator  24.38 
 
 		 223 aa  62  0.000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0835  negative transcriptional regulator  26.96 
 
 		 205 aa  61.2  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.971312  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2824  negative transcriptional regulator  33.11 
 
 		 227 aa  61.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.200304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0091  FMN-binding negative transcriptional regulator  27.4 
 
 		 205 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>