135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5392 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_5392  FMN-binding negative transcriptional regulator  100 
 
 		 209 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0104323 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5343  FMN-binding negative transcriptional regulator  92.34 
 
 		 209 aa  397  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.85549  unclonable  0.000000472337 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5252  FMN-binding negative transcriptional regulator  90.91 
 
 		 209 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.593041 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5118  FMN-binding negative transcriptional regulator  75.6 
 
 		 209 aa  327  7e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000184887  normal  0.127923 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5634  negative transcriptional regulator  61.84 
 
 		 217 aa  263  8.999999999999999e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000166021  normal  0.209584 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0131  FMN-binding negative transcriptional regulator  57.28 
 
 		 210 aa  239  2e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5057  negative transcriptional regulator  55.77 
 
 		 212 aa  238  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0073129  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5505  transcriptional regulator, putative  55.34 
 
 		 212 aa  236  2e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8096  FMN-binding negative transcriptional regulator  47.29 
 
 		 207 aa  194  9e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3864  negative transcriptional regulator  49.28 
 
 		 208 aa  192  3e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4176  FMN-binding negative transcriptional regulator  48.8 
 
 		 208 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00181829  normal  0.167994 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0275  negative transcriptional regulator  44.5 
 
 		 214 aa  183  2.0000000000000003e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.594714  normal  0.841288 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5075  FMN-binding negative transcriptional regulator  45.32 
 
 		 207 aa  179  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4171  negative transcriptional regulator  47.03 
 
 		 213 aa  178  4.999999999999999e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09790  putative transcriptional regulator  46.7 
 
 		 212 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3387  negative transcriptional regulator  46.57 
 
 		 213 aa  175  5e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0027  FMN-binding negative transcriptional regulator  50.53 
 
 		 209 aa  174  9.999999999999999e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.467521 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0910  transcriptional regulator  44.67 
 
 		 212 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5850  FMN-binding negative transcriptional regulator  43.52 
 
 		 212 aa  171  5.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.827228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4524  negative transcriptional regulator  43.75 
 
 		 216 aa  171  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00396175 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3062  transcriptional regulator, putative  44.39 
 
 		 212 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.126623  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1557  transcriptional regulator PaiB-like protein  44.39 
 
 		 253 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.204051  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1228  putative transcriptional regulator  44.39 
 
 		 212 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0639  putative transcriptional regulator  44.39 
 
 		 212 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1423  FMN-binding domain-containing protein  44.39 
 
 		 212 aa  168  4e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.607978  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1455  FMN-binding domain-containing protein  44.39 
 
 		 212 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.124312  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0514  putative transcriptional regulator  44.39 
 
 		 212 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3464  FMN-binding negative transcriptional regulator  46.78 
 
 		 212 aa  169  4e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.272985 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4536  FMN-binding negative transcriptional regulator  46.78 
 
 		 212 aa  169  4e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.856573 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4597  FMN-binding negative transcriptional regulator  41.84 
 
 		 212 aa  168  6e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.300981  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01760  hypothetical protein  43.68 
 
 		 212 aa  167  9e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.233372 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0134  FMN-binding negative transcriptional regulator  41.67 
 
 		 207 aa  167  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.435875 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2223  FMN-binding negative transcriptional regulator  43.98 
 
 		 227 aa  167  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0128259 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4337  FMN-binding negative transcriptional regulator  40.39 
 
 		 216 aa  167  1e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2039  hypothetical protein  43 
 
 		 210 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2821  transcriptional regulator, putative  42.05 
 
 		 212 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0396  negative transcriptional regulator  41.84 
 
 		 212 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.333993 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2719  FMN-binding negative transcriptional regulator  48.4 
 
 		 211 aa  163  1.0000000000000001e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.73362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0091  negative transcriptional regulator  46.07 
 
 		 205 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5016  FMN-binding negative transcriptional regulator  43.01 
 
 		 212 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.213786  normal  0.76718 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3110  negative transcriptional regulator  43.01 
 
 		 212 aa  162  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5257  negative transcriptional regulator  43.01 
 
 		 212 aa  162  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1466  FMN-binding negative transcriptional regulator  45.05 
 
 		 223 aa  162  3e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6596  FMN-binding negative transcriptional regulator  48.04 
 
 		 211 aa  162  3e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.127183  normal  0.105964 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3457  FMN-binding negative transcriptional regulator  46.47 
 
 		 212 aa  161  7e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.693471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5144  FMN-binding negative transcriptional regulator  46.43 
 
 		 212 aa  160  9e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.081926  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3490  Negative transcriptional regulator  40.1 
 
 		 216 aa  160  1e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4616  negative transcriptional regulator  45.83 
 
 		 212 aa  159  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2455  negative transcriptional regulator  52.35 
 
 		 207 aa  160  2e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.361522  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6076  FMN-binding negative transcriptional regulator  39.9 
 
 		 214 aa  157  7e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2440  negative transcriptional regulator  40.1 
 
 		 232 aa  157  7e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0623285  normal  0.532082 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4832  FMN-binding negative transcriptional regulator  44.9 
 
 		 212 aa  157  8e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1405  FMN-binding negative transcriptional regulator  39.42 
 
 		 206 aa  156  2e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2930  FMN-binding negative transcriptional regulator  39.71 
 
 		 208 aa  155  4e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00117191  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0662  FMN-binding negative transcriptional regulator  44.95 
 
 		 208 aa  154  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1141  FMN-binding negative transcriptional regulator  48.04 
 
 		 212 aa  153  2e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00101905 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3744  FMN-binding negative transcriptional regulator  37.98 
 
 		 214 aa  150  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.311585 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3644  transcriptional regulator protein  40.19 
 
 		 212 aa  150  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4787  FMN-binding negative transcriptional regulator  44.32 
 
 		 218 aa  147  8e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.560918 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6892  FMN-binding negative transcriptional regulator  41.38 
 
 		 216 aa  145  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.199077  normal  0.214366 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2937  negative transcriptional regulator  38.43 
 
 		 223 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0976  FMN-binding negative transcriptional regulator  38.94 
 
 		 200 aa  141  8e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.170133 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0083  FMN-binding negative transcriptional regulator  42.31 
 
 		 200 aa  140  9.999999999999999e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1466  FMN-binding negative transcriptional regulator  42.61 
 
 		 210 aa  139  3.9999999999999997e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_50195  predicted protein  35.38 
 
 		 221 aa  138  4.999999999999999e-32  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.273335  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0243  FMN-binding negative transcriptional regulator  45.41 
 
 		 209 aa  138  6e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3707  negative transcriptional regulator  35.2 
 
 		 202 aa  134  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0908965 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1155  negative transcriptional regulator  41.94 
 
 		 218 aa  131  7.999999999999999e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3668  negative transcriptional regulator  35.6 
 
 		 251 aa  131  9e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2006  transcriptional regulator, putative  37.19 
 
 		 219 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1673  FMN-binding negative transcriptional regulator  37.19 
 
 		 219 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2380  FMN-binding negative transcriptional regulator  38.89 
 
 		 202 aa  128  7.000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3512  transcriptional regulator  32.06 
 
 		 205 aa  126  2.0000000000000002e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2433  FMN-binding negative transcriptional regulator  38.64 
 
 		 218 aa  124  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00303402  hitchhiker  0.0000000627876 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2807  transcriptional regulator, putative  38.64 
 
 		 218 aa  124  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.233937  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2763  FMN-binding negative transcriptional regulator  38.64 
 
 		 218 aa  124  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.124259 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1332  FMN-binding negative transcriptional regulator  35.71 
 
 		 207 aa  123  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0091  FMN-binding negative transcriptional regulator  37.02 
 
 		 205 aa  122  5e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0092  FMN-binding negative transcriptional regulator  36.54 
 
 		 205 aa  121  7e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0096  FMN-binding negative transcriptional regulator  36.54 
 
 		 205 aa  121  7e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4259  FMN-binding negative transcriptional regulator  36.54 
 
 		 205 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0395  FMN-binding negative transcriptional regulator  37.57 
 
 		 224 aa  117  9.999999999999999e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0823  FMN-binding negative transcriptional regulator  36.84 
 
 		 217 aa  114  7.999999999999999e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00293061  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0835  negative transcriptional regulator  38.62 
 
 		 205 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.971312  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3311  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  32.69 
 
 		 199 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.262888  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3571  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  32.69 
 
 		 199 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.264459  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3511  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  31.73 
 
 		 199 aa  112  3e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3223  FMN-binding negative transcriptional regulator  31.73 
 
 		 201 aa  112  4.0000000000000004e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.690612  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3526  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  32.21 
 
 		 199 aa  112  5e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.02519 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3225  transcriptional repressor of sporulation and protease synthase  32.21 
 
 		 199 aa  112  6e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2431  negative transcriptional regulator  37.7 
 
 		 206 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1661  negative transcriptional regulator  35.45 
 
 		 227 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0853  negative transcriptional regulator  35.05 
 
 		 205 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2334  negative transcriptional regulator  33.98 
 
 		 227 aa  109  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0188338  normal  0.0316275 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2407  negative transcriptional regulator  33.98 
 
 		 227 aa  109  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.103505 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3283  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  29.61 
 
 		 207 aa  107  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.896796  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3532  transcriptional repressor of sporulation and protease synthase  31.25 
 
 		 219 aa  107  1e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5889  FMN-binding negative transcriptional regulator  34.68 
 
 		 207 aa  106  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3276  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  29.13 
 
 		 207 aa  106  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0785112  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3253  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  29.61 
 
 		 207 aa  107  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>