109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_00065 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014230  CA2559_00065  putative sigma(54) modulation protein  100 
 
 
105 aa  207  4e-53  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1935  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  59.6 
 
 
100 aa  127  5.0000000000000004e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1557  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  61.05 
 
 
96 aa  113  1.0000000000000001e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.114686  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0841  ribosomal subunit interface protein  46.32 
 
 
115 aa  94  7e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.687272 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3399  ribosomal subunit interface protein  47.47 
 
 
99 aa  86.7  1e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.269109  normal  0.396756 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3255  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  40.19 
 
 
125 aa  77.4  0.00000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0985962 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0450  hypothetical protein  41.18 
 
 
121 aa  74.3  0.0000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0694836  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1699  putative sigma-54 modulation protein  40.62 
 
 
99 aa  68.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.15015  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0386  phage integrase family site specific recombinase  39.78 
 
 
400 aa  65.9  0.0000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10503  site-specific recombinase, phage integrase family/ribosomal subunitinterface protein  35 
 
 
100 aa  64.7  0.0000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.125881  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1845  hypothetical protein  28.89 
 
 
98 aa  57  0.00000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.986045  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03665  ribosome-associated protein Y  35.35 
 
 
95 aa  55.8  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0583  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  33.33 
 
 
109 aa  53.1  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.12276 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0518  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  33.33 
 
 
110 aa  53.5  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0541  hypothetical protein  33.33 
 
 
99 aa  52.4  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0517  hypothetical protein  33.33 
 
 
99 aa  52.4  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2110  putative sigma-54 modulation protein  31.31 
 
 
95 aa  52  0.000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0951  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  34.74 
 
 
102 aa  50.4  0.000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.115791  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2227  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  31.63 
 
 
102 aa  50.4  0.000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0990  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  34.74 
 
 
102 aa  50.4  0.000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0958  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  34.74 
 
 
102 aa  50.4  0.000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0659414  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002402  ribosome hibernation protein YhbH  33.33 
 
 
95 aa  50.1  0.000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4264  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  33.68 
 
 
102 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0689  hypothetical protein  32.05 
 
 
106 aa  49.7  0.00001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0972  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  29.41 
 
 
111 aa  48.9  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00147055  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1763  hypothetical protein  32.47 
 
 
106 aa  48.1  0.00004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0488  ribosomal subunit interface protein  33.33 
 
 
95 aa  48.1  0.00004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.29255  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0280  putative sigma(54) modulation protein  32.32 
 
 
95 aa  48.1  0.00004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0869  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  33.68 
 
 
102 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0769491  normal  0.979804 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3618  putative sigma(54) modulation protein  31.31 
 
 
95 aa  47.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.13878 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03068  predicted ribosome-associated, sigma 54 modulation protein  31.31 
 
 
95 aa  47.4  0.00008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.077247  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0504  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  31.31 
 
 
95 aa  47.4  0.00008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57950  hypothetical protein  33.68 
 
 
102 aa  47  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3396  putative sigma(54) modulation protein  31.31 
 
 
95 aa  47.4  0.00008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3691  putative sigma(54) modulation protein  31.31 
 
 
95 aa  47.4  0.00008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0497  putative sigma(54) modulation protein  31.31 
 
 
95 aa  47.4  0.00008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.102256  normal  0.250547 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3499  putative sigma(54) modulation protein  31.31 
 
 
95 aa  47.4  0.00008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4525  putative sigma(54) modulation protein  31.31 
 
 
95 aa  47.4  0.00008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03019  hypothetical protein  31.31 
 
 
95 aa  47.4  0.00008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0871221  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0273  putative sigma(54) modulation protein  31.31 
 
 
95 aa  47  0.00008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.461096  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0143  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  29 
 
 
108 aa  47  0.00009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.936789  normal  0.769134 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2231  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  28.16 
 
 
113 aa  47  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5036  hypothetical protein  32.63 
 
 
102 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225205  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3582  putative sigma(54) modulation protein  30.3 
 
 
95 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3513  putative sigma(54) modulation protein  30.3 
 
 
95 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3511  putative sigma(54) modulation protein  30.3 
 
 
95 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3680  putative sigma(54) modulation protein  30.3 
 
 
95 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.243479 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12780  Sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  31.58 
 
 
102 aa  46.6  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0856  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  33.67 
 
 
102 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.973798  normal  0.933604 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1623  hypothetical protein  31.65 
 
 
130 aa  45.8  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0672  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  29.29 
 
 
95 aa  45.8  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0124433  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3350  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  29.29 
 
 
95 aa  45.8  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00143077  normal  0.128723 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0671  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  29.29 
 
 
95 aa  45.8  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00493763  normal  0.0864214 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3669  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  29.29 
 
 
95 aa  45.4  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3312  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  32.32 
 
 
95 aa  45.8  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000143782  normal  0.992146 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1912  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  26.92 
 
 
107 aa  45.8  0.0002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3639  putative sigma(54) modulation protein  31.31 
 
 
95 aa  45.8  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.872342  normal  0.124229 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0685  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  29.29 
 
 
95 aa  45.4  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00494883  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0725  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  30.3 
 
 
95 aa  45.4  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.827717  normal  0.121838 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4368  putative sigma(54) modulation protein  31.31 
 
 
95 aa  45.4  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.162342  normal  0.692812 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0715  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  29.29 
 
 
95 aa  45.4  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00266868  normal  0.273688 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4241  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  32.32 
 
 
95 aa  45.8  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000242009 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0471  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  24.51 
 
 
115 aa  46.2  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3567  putative sigma(54) modulation protein  30.3 
 
 
95 aa  46.2  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0706  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  29.29 
 
 
95 aa  45.4  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.705225  normal  0.144741 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0725  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  28.28 
 
 
107 aa  45.4  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0083  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  27.37 
 
 
100 aa  45.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0565  hypothetical protein  29.87 
 
 
107 aa  45.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0612  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  27.85 
 
 
107 aa  45.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0371  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  30.39 
 
 
112 aa  45.1  0.0004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.19652 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0403  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  21.57 
 
 
109 aa  44.7  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2794  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  27.27 
 
 
108 aa  44.7  0.0005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.56309  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0750  sigma54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  28.28 
 
 
96 aa  44.3  0.0005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3962  ribosomal subunit interface protein  28.28 
 
 
95 aa  43.9  0.0007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0953  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  30 
 
 
105 aa  43.9  0.0007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.587783 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1617  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  25.96 
 
 
107 aa  43.9  0.0008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1332  ribosome-associated protein Y  31.78 
 
 
196 aa  43.5  0.0009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000616107  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0440  putative sigma(54) modulation protein  31.31 
 
 
95 aa  43.5  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0504  putative sigma(54) modulation protein  31.31 
 
 
95 aa  43.5  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.631528  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03194  ribosomal subunit interface protein  29.29 
 
 
95 aa  43.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0204  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  24.49 
 
 
126 aa  42.4  0.002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000538725  decreased coverage  0.0000127572 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0354  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  20.95 
 
 
117 aa  42.4  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4558  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  23 
 
 
110 aa  42.7  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3794  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  23.53 
 
 
110 aa  42.4  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684094  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0497  sigma-54 modulation protein  28.28 
 
 
95 aa  42.7  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.275154  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3658  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  30.3 
 
 
95 aa  42.7  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.63098  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4454  ribosomal subunit interface protein  32.63 
 
 
102 aa  42  0.003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.948923  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4148  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  33.68 
 
 
102 aa  42  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0302  30S ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  21.9 
 
 
117 aa  42  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.227103  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0975  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  30.23 
 
 
182 aa  41.6  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3089  ribosomal subunit interface protein  29.29 
 
 
95 aa  42  0.003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0603699  normal  0.130395 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3927  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  23 
 
 
117 aa  42  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0714  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  28.28 
 
 
95 aa  42  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000235034  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0325  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  25.71 
 
 
119 aa  42  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.87551  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3275  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  23 
 
 
117 aa  42  0.003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3816  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  31.31 
 
 
95 aa  42  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.631837  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0224  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  24.49 
 
 
122 aa  41.2  0.004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00307569  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2716  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  29.47 
 
 
102 aa  41.6  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0600  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  21.57 
 
 
111 aa  41.2  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3079  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  29.52 
 
 
173 aa  41.2  0.005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000645797  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>