66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1699 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1699  putative sigma-54 modulation protein  100 
 
 		 99 aa  194  4.0000000000000005e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.15015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3255  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  46.94 
 
 		 125 aa  91.3  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0985962 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0841  ribosomal subunit interface protein  46.88 
 
 		 115 aa  90.1  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.687272 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3399  ribosomal subunit interface protein  45.92 
 
 		 99 aa  86.7  1e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.269109  normal  0.396756 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0450  hypothetical protein  43.62 
 
 		 121 aa  78.2  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0694836  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1557  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  43.75 
 
 		 96 aa  74.7  0.0000000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.114686  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0386  phage integrase family site specific recombinase  43.75 
 
 		 400 aa  74.3  0.0000000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1935  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  36.46 
 
 		 100 aa  73.2  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00065  putative sigma(54) modulation protein  40.62 
 
 		 105 aa  68.9  0.00000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0612  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  31.07 
 
 		 107 aa  52  0.000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0565  hypothetical protein  31.31 
 
 		 107 aa  51.2  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002402  ribosome hibernation protein YhbH  33.33 
 
 		 95 aa  50.1  0.000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0583  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  30 
 
 		 109 aa  49.3  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.12276 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0407  putative sigma-54 modulation protein  28.12 
 
 		 117 aa  49.3  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.265774 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0518  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  32 
 
 		 110 aa  48.1  0.00003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03665  ribosome-associated protein Y  32.29 
 
 		 95 aa  48.5  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0289  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  28.12 
 
 		 117 aa  48.1  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.381064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0302  30S ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  28.12 
 
 		 117 aa  48.1  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.227103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0262  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  28.12 
 
 		 117 aa  48.1  0.00004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0354  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  27.08 
 
 		 117 aa  47  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4148  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  27.08 
 
 		 108 aa  47  0.00009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4613  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  26.04 
 
 		 109 aa  47  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.861428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3794  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  27.08 
 
 		 110 aa  46.6  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684094  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10503  site-specific recombinase, phage integrase family/ribosomal subunitinterface protein  29.9 
 
 		 100 aa  45.8  0.0002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.125881  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0143  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  27.08 
 
 		 108 aa  45.8  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.936789  normal  0.769134 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0972  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  31.25 
 
 		 111 aa  45.8  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00147055  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0273  putative sigma(54) modulation protein  29.17 
 
 		 95 aa  45.4  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.461096  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1617  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  27.08 
 
 		 107 aa  45.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2110  putative sigma-54 modulation protein  29.17 
 
 		 95 aa  45.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0689  hypothetical protein  32.53 
 
 		 106 aa  45.1  0.0004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3658  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  30.21 
 
 		 95 aa  44.7  0.0004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.63098  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0280  putative sigma(54) modulation protein  29.17 
 
 		 95 aa  44.3  0.0005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0471  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  23.96 
 
 		 115 aa  44.3  0.0005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0497  sigma-54 modulation protein  29.17 
 
 		 95 aa  43.9  0.0007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.275154  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1623  hypothetical protein  26.26 
 
 		 130 aa  43.5  0.0008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0532  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  27.08 
 
 		 111 aa  43.9  0.0008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.810549  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3816  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  30.21 
 
 		 95 aa  43.5  0.0009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.631837  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3245  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  32.97 
 
 		 105 aa  43.5  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000561012  hitchhiker  0.0000449546 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0958  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  27.84 
 
 		 102 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0659414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0990  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  27.84 
 
 		 102 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1912  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  25 
 
 		 107 aa  43.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0951  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  27.84 
 
 		 102 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.115791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0325  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  27.08 
 
 		 119 aa  42.4  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.87551  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0707  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  25.77 
 
 		 107 aa  42.4  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.17625  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0083  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  26.04 
 
 		 100 aa  41.6  0.003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0750  sigma54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  31.25 
 
 		 96 aa  42  0.003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0226  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  25 
 
 		 114 aa  41.6  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.341217 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4558  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  25 
 
 		 110 aa  42  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4264  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  27.84 
 
 		 102 aa  42  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0595  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  29.59 
 
 		 118 aa  42  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.447662  normal  0.0133792 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2178  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  27.08 
 
 		 119 aa  41.6  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6122  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  27.08 
 
 		 119 aa  41.6  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.604598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0523  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  27.08 
 
 		 119 aa  41.6  0.004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.895384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2803  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  27.08 
 
 		 119 aa  41.6  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.633747 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2710  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  27.08 
 
 		 119 aa  41.6  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0445901 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2792  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  27.08 
 
 		 119 aa  41.6  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.345187  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2852  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  27.08 
 
 		 119 aa  41.6  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12780  Sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  29.29 
 
 		 102 aa  41.2  0.004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4123  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  29.59 
 
 		 119 aa  41.2  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0403  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  22.92 
 
 		 109 aa  40.8  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3275  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  31.58 
 
 		 117 aa  40.4  0.008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3927  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  31.58 
 
 		 117 aa  40.4  0.008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0764  putative PTS system, EIIA component  29.59 
 
 		 134 aa  40.4  0.008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0600  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  23.96 
 
 		 111 aa  40.4  0.009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0869  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  27.27 
 
 		 102 aa  40  0.009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0769491  normal  0.979804 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0485  ribosomal subunit interface protein  29.59 
 
 		 119 aa  40  0.01  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>