More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0403 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0403  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  100 
 
 
109 aa  221  2e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0750  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  90.83 
 
 
109 aa  202  1e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000012744  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0600  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  91.59 
 
 
111 aa  202  1e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4558  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  90.29 
 
 
110 aa  194  4.0000000000000005e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3927  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  89 
 
 
117 aa  186  1e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4613  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  84.11 
 
 
109 aa  186  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.861428  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3275  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  89 
 
 
117 aa  186  1e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3794  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  77.57 
 
 
110 aa  174  4e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684094  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0471  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  78.5 
 
 
115 aa  174  4e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1000  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  69.44 
 
 
119 aa  157  6e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0226  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  75.93 
 
 
114 aa  156  1e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.341217 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0325  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  66.98 
 
 
119 aa  153  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.87551  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0595  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  65.09 
 
 
118 aa  149  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.447662  normal  0.0133792 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4123  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  65.42 
 
 
119 aa  146  7e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0354  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  63.3 
 
 
117 aa  145  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0302  30S ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  63.3 
 
 
117 aa  145  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.227103  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0262  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  66 
 
 
117 aa  144  3e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0289  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  66 
 
 
117 aa  144  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.381064  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0407  putative sigma-54 modulation protein  65 
 
 
117 aa  142  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.265774 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0523  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  63.73 
 
 
119 aa  142  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.895384  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0485  ribosomal subunit interface protein  62.26 
 
 
119 aa  141  3e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0764  putative PTS system, EIIA component  62.75 
 
 
134 aa  140  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1513  ribosomal subunit interface protein  61.32 
 
 
119 aa  140  5e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0077  ribosomal subunit interface protein  61.32 
 
 
119 aa  140  5e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3109  ribosomal subunit interface protein  61.32 
 
 
119 aa  140  5e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.146096  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2710  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  62.75 
 
 
119 aa  140  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0445901 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6122  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  62.75 
 
 
119 aa  140  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.604598  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2803  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  62.75 
 
 
119 aa  140  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.633747 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2178  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  62.75 
 
 
119 aa  140  5e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2941  ribosomal subunit interface protein  61.32 
 
 
119 aa  140  5e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2852  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  62.75 
 
 
119 aa  140  5e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0580  ribosomal subunit interface protein  61.32 
 
 
119 aa  140  5e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2792  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  62.75 
 
 
119 aa  140  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.345187  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0596  ribosomal subunit interface protein  61.32 
 
 
119 aa  140  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0725  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  56.31 
 
 
107 aa  124  5e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1617  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  54.9 
 
 
107 aa  123  8.000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4148  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  60.4 
 
 
108 aa  122  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0707  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  55.66 
 
 
107 aa  122  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.17625  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1912  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  52.94 
 
 
107 aa  119  1.9999999999999998e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0143  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  52.88 
 
 
108 aa  116  9e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.936789  normal  0.769134 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0972  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  49.5 
 
 
111 aa  115  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00147055  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0532  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  53.85 
 
 
111 aa  115  3e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.810549  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0371  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  49.51 
 
 
112 aa  112  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.19652 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0750  sigma54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  49 
 
 
96 aa  111  3e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0740  ribosomal subunit interface protein  53 
 
 
98 aa  110  6e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.500179  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2231  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  51.49 
 
 
113 aa  110  8.000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3312  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  46 
 
 
95 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000143782  normal  0.992146 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0725  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  46 
 
 
95 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.827717  normal  0.121838 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4241  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  45 
 
 
95 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000242009 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0672  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  48 
 
 
95 aa  106  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0124433  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3350  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  48 
 
 
95 aa  106  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00143077  normal  0.128723 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0671  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  48 
 
 
95 aa  106  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00493763  normal  0.0864214 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2127  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  51.49 
 
 
108 aa  106  8.000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.129724  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0706  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  48 
 
 
95 aa  106  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.705225  normal  0.144741 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0685  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  48 
 
 
95 aa  106  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00494883  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3669  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  48 
 
 
95 aa  106  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0715  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  48 
 
 
95 aa  106  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00266868  normal  0.273688 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3962  ribosomal subunit interface protein  48 
 
 
95 aa  105  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3089  ribosomal subunit interface protein  46 
 
 
95 aa  105  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0603699  normal  0.130395 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3617  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  48 
 
 
95 aa  105  3e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000213527  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0488  ribosomal subunit interface protein  46 
 
 
95 aa  105  3e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.29255  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0569  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  49 
 
 
95 aa  105  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12780  Sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  46.73 
 
 
102 aa  104  4e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03194  ribosomal subunit interface protein  45 
 
 
95 aa  104  4e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2716  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  45.79 
 
 
102 aa  102  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3378  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  46 
 
 
95 aa  102  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.927842  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57950  hypothetical protein  43.93 
 
 
102 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5036  hypothetical protein  44.86 
 
 
102 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225205  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0714  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  46 
 
 
95 aa  101  3e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000235034  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4544  ribosomal subunit interface protein  45 
 
 
95 aa  101  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0083  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  50 
 
 
100 aa  101  3e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0869  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  45.79 
 
 
102 aa  101  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0769491  normal  0.979804 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2227  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  43.93 
 
 
102 aa  98.6  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2794  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  42 
 
 
108 aa  97.8  4e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.56309  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0440  putative sigma(54) modulation protein  47 
 
 
95 aa  97.4  6e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0504  putative sigma(54) modulation protein  47 
 
 
95 aa  97.4  6e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.631528  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0856  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  42.06 
 
 
102 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.973798  normal  0.933604 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4148  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  43.93 
 
 
102 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0951  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  41.12 
 
 
102 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.115791  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4454  ribosomal subunit interface protein  42.99 
 
 
102 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.948923  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0990  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  41.12 
 
 
102 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0958  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  41.12 
 
 
102 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0659414  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4264  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  41.12 
 
 
102 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0280  putative sigma(54) modulation protein  44 
 
 
95 aa  90.9  5e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0541  hypothetical protein  44 
 
 
99 aa  90.5  6e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0517  hypothetical protein  44 
 
 
99 aa  90.5  6e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4368  putative sigma(54) modulation protein  42 
 
 
95 aa  90.5  7e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.162342  normal  0.692812 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0273  putative sigma(54) modulation protein  44 
 
 
95 aa  90.1  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.461096  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0224  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  39.8 
 
 
122 aa  89  2e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00307569  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3816  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  45 
 
 
95 aa  88.2  3e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.631837  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0204  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  37.38 
 
 
126 aa  87  8e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000538725  decreased coverage  0.0000127572 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3658  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  42 
 
 
95 aa  87  8e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.63098  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3511  putative sigma(54) modulation protein  40 
 
 
95 aa  85.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3513  putative sigma(54) modulation protein  40 
 
 
95 aa  85.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3582  putative sigma(54) modulation protein  40 
 
 
95 aa  85.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3680  putative sigma(54) modulation protein  40 
 
 
95 aa  85.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.243479 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3618  putative sigma(54) modulation protein  39 
 
 
95 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.13878 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0353  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  38.24 
 
 
132 aa  84  6e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000837534  hitchhiker  0.000414779 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0504  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  39 
 
 
95 aa  83.6  8e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2110  putative sigma-54 modulation protein  43 
 
 
95 aa  83.6  8e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>