More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0972 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007520  Tcr_0972  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  100 
 
 
111 aa  225  1e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00147055  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0725  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  64.42 
 
 
107 aa  143  6e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03194  ribosomal subunit interface protein  66.32 
 
 
95 aa  137  3.9999999999999997e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0750  sigma54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  70.53 
 
 
96 aa  134  6.0000000000000005e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0725  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  66.32 
 
 
95 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.827717  normal  0.121838 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0569  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  65.26 
 
 
95 aa  131  3.9999999999999996e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0143  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  55.56 
 
 
108 aa  130  6.999999999999999e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.936789  normal  0.769134 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4544  ribosomal subunit interface protein  62.5 
 
 
95 aa  129  9e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2231  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  62.24 
 
 
113 aa  129  9e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2227  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  58.42 
 
 
102 aa  129  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0371  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  59.81 
 
 
112 aa  129  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.19652 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4241  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  64.21 
 
 
95 aa  128  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000242009 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3089  ribosomal subunit interface protein  63.16 
 
 
95 aa  128  3e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0603699  normal  0.130395 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3312  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  63.16 
 
 
95 aa  127  5.0000000000000004e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000143782  normal  0.992146 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0532  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  53.15 
 
 
111 aa  124  4.0000000000000003e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.810549  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3378  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  62.11 
 
 
95 aa  124  4.0000000000000003e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.927842  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0488  ribosomal subunit interface protein  61.05 
 
 
95 aa  124  5e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.29255  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0672  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  61.05 
 
 
95 aa  124  5e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0124433  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3350  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  61.05 
 
 
95 aa  124  5e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00143077  normal  0.128723 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0671  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  61.05 
 
 
95 aa  124  5e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00493763  normal  0.0864214 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0706  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  61.05 
 
 
95 aa  124  6e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.705225  normal  0.144741 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0685  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  61.05 
 
 
95 aa  124  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00494883  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3669  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  61.05 
 
 
95 aa  124  6e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0715  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  61.05 
 
 
95 aa  124  6e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00266868  normal  0.273688 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4148  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  57.73 
 
 
108 aa  123  7e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3617  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  62.11 
 
 
95 aa  122  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000213527  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5036  hypothetical protein  56.44 
 
 
102 aa  122  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225205  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0740  ribosomal subunit interface protein  57.89 
 
 
98 aa  121  3e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.500179  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2716  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  57.43 
 
 
102 aa  121  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12780  Sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  61.54 
 
 
102 aa  121  3e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57950  hypothetical protein  56.44 
 
 
102 aa  121  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3962  ribosomal subunit interface protein  60 
 
 
95 aa  120  4e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0471  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  49.12 
 
 
115 aa  119  9.999999999999999e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2127  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  53.33 
 
 
108 aa  119  1.9999999999999998e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.129724  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0714  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  60 
 
 
95 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000235034  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0707  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  55.56 
 
 
107 aa  118  1.9999999999999998e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.17625  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4558  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  51.49 
 
 
110 aa  118  3e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2794  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  54.37 
 
 
108 aa  117  4.9999999999999996e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.56309  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0600  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  48.57 
 
 
111 aa  116  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3275  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  52 
 
 
117 aa  115  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0869  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  58.24 
 
 
102 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0769491  normal  0.979804 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0403  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  49.5 
 
 
109 aa  115  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3927  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  52 
 
 
117 aa  115  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0750  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  47.62 
 
 
109 aa  113  6.9999999999999995e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000012744  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0951  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  57.14 
 
 
102 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.115791  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0440  putative sigma(54) modulation protein  55.79 
 
 
95 aa  112  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0958  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  57.14 
 
 
102 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0659414  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0504  putative sigma(54) modulation protein  55.79 
 
 
95 aa  112  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.631528  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0990  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  57.14 
 
 
102 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0273  putative sigma(54) modulation protein  56.84 
 
 
95 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.461096  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4264  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  56.04 
 
 
102 aa  111  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4368  putative sigma(54) modulation protein  55.79 
 
 
95 aa  111  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.162342  normal  0.692812 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0280  putative sigma(54) modulation protein  56.84 
 
 
95 aa  110  6e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3658  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  54.74 
 
 
95 aa  110  6e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.63098  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3816  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  55.79 
 
 
95 aa  110  8.000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.631837  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4148  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  57.14 
 
 
102 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002402  ribosome hibernation protein YhbH  54.74 
 
 
95 aa  109  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0497  sigma-54 modulation protein  55.79 
 
 
95 aa  109  1.0000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.275154  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03665  ribosome-associated protein Y  53.68 
 
 
95 aa  108  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4454  ribosomal subunit interface protein  56.04 
 
 
102 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.948923  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4613  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  49.5 
 
 
109 aa  108  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.861428  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0856  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  51.49 
 
 
102 aa  107  7.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.973798  normal  0.933604 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0541  hypothetical protein  53.06 
 
 
99 aa  106  9.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0517  hypothetical protein  53.06 
 
 
99 aa  106  9.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0764  putative PTS system, EIIA component  50 
 
 
134 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2110  putative sigma-54 modulation protein  54.74 
 
 
95 aa  105  2e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2941  ribosomal subunit interface protein  50 
 
 
119 aa  105  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1513  ribosomal subunit interface protein  50 
 
 
119 aa  105  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3109  ribosomal subunit interface protein  50 
 
 
119 aa  105  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.146096  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0580  ribosomal subunit interface protein  50 
 
 
119 aa  105  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0077  ribosomal subunit interface protein  50 
 
 
119 aa  105  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0596  ribosomal subunit interface protein  50 
 
 
119 aa  105  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4123  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  48.04 
 
 
119 aa  105  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0485  ribosomal subunit interface protein  49 
 
 
119 aa  104  4e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0325  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  41.03 
 
 
119 aa  104  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.87551  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3794  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  48 
 
 
110 aa  104  5e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684094  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0226  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  49.52 
 
 
114 aa  103  5e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.341217 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0595  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  47.52 
 
 
118 aa  103  6e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.447662  normal  0.0133792 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0523  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  46 
 
 
119 aa  102  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.895384  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03068  predicted ribosome-associated, sigma 54 modulation protein  49.47 
 
 
95 aa  101  4e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.077247  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0504  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  49.47 
 
 
95 aa  101  4e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3499  putative sigma(54) modulation protein  49.47 
 
 
95 aa  101  4e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4525  putative sigma(54) modulation protein  49.47 
 
 
95 aa  101  4e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2803  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  46 
 
 
119 aa  101  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.633747 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6122  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  46 
 
 
119 aa  101  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.604598  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3691  putative sigma(54) modulation protein  49.47 
 
 
95 aa  101  4e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2178  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  46 
 
 
119 aa  101  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03019  hypothetical protein  49.47 
 
 
95 aa  101  4e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0871221  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3396  putative sigma(54) modulation protein  49.47 
 
 
95 aa  101  4e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2852  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  46 
 
 
119 aa  101  4e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0497  putative sigma(54) modulation protein  49.47 
 
 
95 aa  101  4e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.102256  normal  0.250547 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2792  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  46 
 
 
119 aa  101  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.345187  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2710  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  46 
 
 
119 aa  101  4e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0445901 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3567  putative sigma(54) modulation protein  49.47 
 
 
95 aa  100  5e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0083  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  48.35 
 
 
100 aa  100  9e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0289  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  44.23 
 
 
117 aa  99.4  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.381064  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0354  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  42.31 
 
 
117 aa  99.8  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3513  putative sigma(54) modulation protein  48.42 
 
 
95 aa  99.8  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3511  putative sigma(54) modulation protein  48.42 
 
 
95 aa  99.8  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3680  putative sigma(54) modulation protein  48.42 
 
 
95 aa  99.8  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.243479 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>