61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_10503 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014230  CA2559_10503  site-specific recombinase, phage integrase family/ribosomal subunitinterface protein  100 
 
 		 100 aa  205  2e-52  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.125881  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00065  putative sigma(54) modulation protein  35 
 
 		 105 aa  64.7  0.0000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1935  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  34 
 
 		 100 aa  61.6  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0841  ribosomal subunit interface protein  34.04 
 
 		 115 aa  60.1  0.000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.687272 
 
 
-
 
NC_002950  PG0386  phage integrase family site specific recombinase  36.36 
 
 		 400 aa  54.3  0.0000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0750  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  25 
 
 		 109 aa  52  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000012744  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4558  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  26 
 
 		 110 aa  50.4  0.000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3255  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  31.25 
 
 		 125 aa  50.4  0.000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0985962 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4613  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  26 
 
 		 109 aa  49.7  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.861428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1557  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  30.85 
 
 		 96 aa  49.7  0.00001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.114686  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3794  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  25 
 
 		 110 aa  48.9  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1617  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  26 
 
 		 107 aa  49.3  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1912  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  27 
 
 		 107 aa  48.9  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0600  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  25 
 
 		 111 aa  48.9  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3399  ribosomal subunit interface protein  29.79 
 
 		 99 aa  47.8  0.00005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.269109  normal  0.396756 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0403  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  24 
 
 		 109 aa  47.4  0.00006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1346  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  27.55 
 
 		 118 aa  45.8  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0172267  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1699  putative sigma-54 modulation protein  29.9 
 
 		 99 aa  45.8  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.15015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0972  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  26 
 
 		 111 aa  46.2  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00147055  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0523  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  24 
 
 		 119 aa  45.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.895384  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0450  hypothetical protein  33.33 
 
 		 121 aa  44.7  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0694836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2068  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  28.57 
 
 		 180 aa  44.3  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.362443  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3306  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  26.53 
 
 		 118 aa  44.3  0.0006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.737039  hitchhiker  0.000000245663 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3403  ribosomal subunit interface protein  26.53 
 
 		 118 aa  43.9  0.0007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2803  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  23 
 
 		 119 aa  43.5  0.0008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.633747 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2710  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  23 
 
 		 119 aa  43.5  0.0008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0445901 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6122  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  23 
 
 		 119 aa  43.5  0.0008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.604598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2792  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  23 
 
 		 119 aa  43.5  0.0008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.345187  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2852  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  23 
 
 		 119 aa  43.5  0.0008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2178  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  23 
 
 		 119 aa  43.5  0.0008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1084  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  27.55 
 
 		 118 aa  42.7  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2231  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  28.72 
 
 		 113 aa  43.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1876  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  29.59 
 
 		 118 aa  43.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.345927  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3669  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  28 
 
 		 95 aa  42  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4264  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  26.6 
 
 		 102 aa  42  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1535  ribosomal subunit interface protein  26.53 
 
 		 118 aa  42.4  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0918815  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0488  ribosomal subunit interface protein  28.87 
 
 		 95 aa  42.4  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.29255  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0706  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  28 
 
 		 95 aa  42  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.705225  normal  0.144741 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0685  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  28 
 
 		 95 aa  42  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00494883  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0715  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  28 
 
 		 95 aa  42  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00266868  normal  0.273688 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0671  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  27 
 
 		 95 aa  41.6  0.003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00493763  normal  0.0864214 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0725  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  24 
 
 		 107 aa  42  0.003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0672  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  27 
 
 		 95 aa  41.6  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0124433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3350  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  27 
 
 		 95 aa  41.6  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00143077  normal  0.128723 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0975  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  28 
 
 		 182 aa  42  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0951  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  25.53 
 
 		 102 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.115791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0958  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  25.53 
 
 		 102 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0659414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0990  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  25.53 
 
 		 102 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0471  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  20 
 
 		 115 aa  41.2  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03194  ribosomal subunit interface protein  26 
 
 		 95 aa  41.2  0.005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1226  ribosomal subunit interface protein  28.57 
 
 		 118 aa  41.2  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0371  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  26 
 
 		 112 aa  41.2  0.005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.19652 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0485  ribosomal subunit interface protein  22 
 
 		 119 aa  41.2  0.005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3245  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  28.74 
 
 		 105 aa  40.8  0.006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000561012  hitchhiker  0.0000449546 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3109  ribosomal subunit interface protein  22 
 
 		 119 aa  40.8  0.006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.146096  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2941  ribosomal subunit interface protein  22 
 
 		 119 aa  40.8  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0596  ribosomal subunit interface protein  22 
 
 		 119 aa  40.8  0.006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0580  ribosomal subunit interface protein  22 
 
 		 119 aa  40.8  0.006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1513  ribosomal subunit interface protein  22 
 
 		 119 aa  40.8  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0077  ribosomal subunit interface protein  22 
 
 		 119 aa  40.8  0.006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0764  putative PTS system, EIIA component  22 
 
 		 134 aa  40.8  0.007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>