More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_3350 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0672  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  100 
 
 
95 aa  192  2e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0124433  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3350  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  100 
 
 
95 aa  192  2e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00143077  normal  0.128723 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0671  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  100 
 
 
95 aa  192  2e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00493763  normal  0.0864214 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3962  ribosomal subunit interface protein  98.95 
 
 
95 aa  189  1e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3669  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  96.84 
 
 
95 aa  187  4e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0706  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  96.84 
 
 
95 aa  187  4e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.705225  normal  0.144741 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0715  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  96.84 
 
 
95 aa  187  4e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00266868  normal  0.273688 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0685  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  96.84 
 
 
95 aa  187  4e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00494883  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0714  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  95.79 
 
 
95 aa  182  1.0000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000235034  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0488  ribosomal subunit interface protein  86.32 
 
 
95 aa  171  1.9999999999999998e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.29255  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3089  ribosomal subunit interface protein  87.37 
 
 
95 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0603699  normal  0.130395 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3312  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  85.26 
 
 
95 aa  170  6.999999999999999e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000143782  normal  0.992146 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0725  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  85.26 
 
 
95 aa  169  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.827717  normal  0.121838 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3617  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  84.21 
 
 
95 aa  168  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000213527  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4241  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  82.11 
 
 
95 aa  164  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000242009 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3378  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  78.95 
 
 
95 aa  155  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.927842  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03194  ribosomal subunit interface protein  73.68 
 
 
95 aa  150  4e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0569  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  71.58 
 
 
95 aa  146  8e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4544  ribosomal subunit interface protein  65.26 
 
 
95 aa  137  3.9999999999999997e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0280  putative sigma(54) modulation protein  66.32 
 
 
95 aa  130  9e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0273  putative sigma(54) modulation protein  66.32 
 
 
95 aa  128  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.461096  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0725  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  61.05 
 
 
107 aa  127  5.0000000000000004e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0504  putative sigma(54) modulation protein  61.05 
 
 
95 aa  127  6e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.631528  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0440  putative sigma(54) modulation protein  61.05 
 
 
95 aa  127  6e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4368  putative sigma(54) modulation protein  64.21 
 
 
95 aa  127  7.000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.162342  normal  0.692812 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57950  hypothetical protein  61.54 
 
 
102 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5036  hypothetical protein  61.54 
 
 
102 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225205  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0541  hypothetical protein  61.05 
 
 
99 aa  124  4.0000000000000003e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0517  hypothetical protein  61.05 
 
 
99 aa  124  4.0000000000000003e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0972  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  61.05 
 
 
111 aa  124  5e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00147055  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3658  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  61.05 
 
 
95 aa  124  5e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.63098  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12780  Sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  60.44 
 
 
102 aa  123  7e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2716  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  60.44 
 
 
102 aa  122  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2794  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  58.95 
 
 
108 aa  122  2e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.56309  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3816  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  61.05 
 
 
95 aa  122  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.631837  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0750  sigma54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  57.89 
 
 
96 aa  122  2e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0869  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  59.34 
 
 
102 aa  121  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0769491  normal  0.979804 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4264  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  60.44 
 
 
102 aa  120  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0958  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  59.34 
 
 
102 aa  120  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0659414  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0951  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  59.34 
 
 
102 aa  120  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.115791  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0990  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  59.34 
 
 
102 aa  120  5e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0371  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  59.18 
 
 
112 aa  118  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.19652 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4148  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  60.44 
 
 
102 aa  118  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4454  ribosomal subunit interface protein  60.44 
 
 
102 aa  117  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.948923  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2231  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  54.74 
 
 
113 aa  117  4.9999999999999996e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3618  putative sigma(54) modulation protein  56.84 
 
 
95 aa  117  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.13878 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3511  putative sigma(54) modulation protein  56.84 
 
 
95 aa  117  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3513  putative sigma(54) modulation protein  56.84 
 
 
95 aa  117  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03665  ribosome-associated protein Y  58.95 
 
 
95 aa  117  6e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3680  putative sigma(54) modulation protein  56.84 
 
 
95 aa  117  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.243479 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3582  putative sigma(54) modulation protein  56.84 
 
 
95 aa  117  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3567  putative sigma(54) modulation protein  55.79 
 
 
95 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3639  putative sigma(54) modulation protein  55.79 
 
 
95 aa  115  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.872342  normal  0.124229 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002402  ribosome hibernation protein YhbH  57.89 
 
 
95 aa  115  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0740  ribosomal subunit interface protein  54.74 
 
 
98 aa  114  3e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.500179  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0856  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  57.14 
 
 
102 aa  114  6e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.973798  normal  0.933604 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03068  predicted ribosome-associated, sigma 54 modulation protein  54.74 
 
 
95 aa  112  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.077247  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0504  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  54.74 
 
 
95 aa  112  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0497  putative sigma(54) modulation protein  54.74 
 
 
95 aa  112  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.102256  normal  0.250547 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0497  sigma-54 modulation protein  57.89 
 
 
95 aa  112  1.0000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.275154  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4525  putative sigma(54) modulation protein  54.74 
 
 
95 aa  112  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3691  putative sigma(54) modulation protein  54.74 
 
 
95 aa  112  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03019  hypothetical protein  54.74 
 
 
95 aa  112  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0871221  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3396  putative sigma(54) modulation protein  54.74 
 
 
95 aa  112  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3499  putative sigma(54) modulation protein  54.74 
 
 
95 aa  112  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2127  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  59.14 
 
 
108 aa  111  3e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.129724  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2110  putative sigma-54 modulation protein  55.79 
 
 
95 aa  110  7.000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0750  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  49 
 
 
109 aa  108  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000012744  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2227  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  51.09 
 
 
102 aa  108  3e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0600  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  48 
 
 
111 aa  107  7.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0403  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  48 
 
 
109 aa  106  8.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4558  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  47 
 
 
110 aa  107  8.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4148  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  49.47 
 
 
108 aa  100  7e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0143  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  47.37 
 
 
108 aa  100  7e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.936789  normal  0.769134 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3275  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  45 
 
 
117 aa  99.8  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0532  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  48.39 
 
 
111 aa  99.8  1e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.810549  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3927  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  45 
 
 
117 aa  99.8  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0289  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  49 
 
 
117 aa  99  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.381064  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4613  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  46 
 
 
109 aa  98.6  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.861428  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0262  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  49 
 
 
117 aa  99  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3794  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  46 
 
 
110 aa  98.6  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684094  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0707  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  44.21 
 
 
107 aa  98.2  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.17625  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0407  putative sigma-54 modulation protein  48 
 
 
117 aa  98.2  4e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.265774 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0471  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  46 
 
 
115 aa  97.8  4e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0302  30S ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  45 
 
 
117 aa  95.5  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.227103  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0354  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  44 
 
 
117 aa  94.4  5e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0226  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  46 
 
 
114 aa  94  7e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.341217 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0595  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  45 
 
 
118 aa  92.8  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.447662  normal  0.0133792 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4123  sigma 54 modulation protein / SSU ribosomal protein S30P  46.08 
 
 
119 aa  92  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0325  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  45.54 
 
 
119 aa  91.7  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.87551  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0764  putative PTS system, EIIA component  45 
 
 
134 aa  90.9  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0077  ribosomal subunit interface protein  45 
 
 
119 aa  90.1  8e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3109  ribosomal subunit interface protein  45 
 
 
119 aa  90.1  8e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.146096  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0580  ribosomal subunit interface protein  45 
 
 
119 aa  90.1  8e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1513  ribosomal subunit interface protein  45 
 
 
119 aa  90.1  8e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0596  ribosomal subunit interface protein  45 
 
 
119 aa  90.1  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2941  ribosomal subunit interface protein  45 
 
 
119 aa  90.1  8e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0083  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  43.96 
 
 
100 aa  90.1  1e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0523  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  44 
 
 
119 aa  89.7  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.895384  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0485  ribosomal subunit interface protein  44 
 
 
119 aa  88.6  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>