More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_0582 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_2141  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  87.37 
 
 
393 aa  706    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00510595 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0582  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
396 aa  809    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.391359  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2027  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  83.59 
 
 
401 aa  674    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0135  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  74.23 
 
 
396 aa  603  1.0000000000000001e-171  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0117  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  74.11 
 
 
396 aa  600  1e-170  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.523483 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0199  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  74.74 
 
 
400 aa  590  1e-167  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4805  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  74.24 
 
 
393 aa  579  1e-164  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.266068  normal  0.124363 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1389  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  72.34 
 
 
394 aa  580  1e-164  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6602  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  71.32 
 
 
392 aa  579  1e-164  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0727834 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7301  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  70.48 
 
 
396 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.530529  normal  0.357761 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2583  putative CAIB/BAIF family protein  70.81 
 
 
392 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.517526  normal  0.110712 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4632  hypothetical protein  69.95 
 
 
400 aa  560  1e-158  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.118331  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52870  hypothetical protein  69.95 
 
 
400 aa  559  1e-158  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0849349  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5973  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  68.78 
 
 
392 aa  555  1e-157  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6269  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  69.54 
 
 
392 aa  556  1e-157  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3834  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  69.64 
 
 
390 aa  554  1e-157  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2175  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  67.93 
 
 
407 aa  552  1e-156  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3485  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  68.86 
 
 
393 aa  553  1e-156  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2416  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  70.18 
 
 
397 aa  554  1e-156  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.186269 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0166  CAIB/BAIF family protein  68.27 
 
 
405 aa  548  1e-155  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.290896  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4555  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  69.62 
 
 
393 aa  551  1e-155  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.703358  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0147  CAIB/BAIF family protein  68.02 
 
 
405 aa  546  1e-154  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3809  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  68.54 
 
 
393 aa  541  1e-153  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3048  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  70.71 
 
 
399 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.277973  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6173  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  70.77 
 
 
392 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5809  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  70.77 
 
 
392 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.274914  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4945  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  68.52 
 
 
392 aa  532  1e-150  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6653  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  70.26 
 
 
392 aa  531  1e-150  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0657  putative acyl-CoA transferase  65.21 
 
 
392 aa  528  1e-149  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00058  CAIB/BAIF family enzyme (AFU_orthologue; AFUA_7G06520)  66.32 
 
 
416 aa  526  1e-148  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.790375  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2536  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  65.73 
 
 
394 aa  526  1e-148  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.651181 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6122  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  63.85 
 
 
383 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.476523  normal  0.155201 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3541  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.15 
 
 
399 aa  457  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.685122  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3809  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57 
 
 
396 aa  455  1e-127  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1193  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.38 
 
 
391 aa  449  1e-125  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.120907  normal  0.40116 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2429  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.84 
 
 
419 aa  442  1e-123  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0694063  normal  0.318501 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2734  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.27 
 
 
388 aa  434  1e-120  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.609688  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0010  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.95 
 
 
387 aa  424  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.743075  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4229  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.76 
 
 
384 aa  393  1e-108  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.308919 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2241  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.25 
 
 
393 aa  358  6e-98  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0989684  decreased coverage  0.00710998 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3815  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.85 
 
 
402 aa  349  4e-95  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.313737 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3742  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.85 
 
 
402 aa  349  4e-95  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3754  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.6 
 
 
402 aa  348  1e-94  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.789271 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2443  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.85 
 
 
410 aa  342  5e-93  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.287094  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1349  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.37 
 
 
380 aa  341  1e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4296  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.07 
 
 
408 aa  338  7e-92  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2578  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.79 
 
 
382 aa  332  7.000000000000001e-90  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.914016  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3936  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.78 
 
 
364 aa  318  9e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1801  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.96 
 
 
364 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.367345  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4208  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.58 
 
 
411 aa  313  1.9999999999999998e-84  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3696  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.69 
 
 
364 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1432  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.55 
 
 
382 aa  313  2.9999999999999996e-84  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.356996  normal  0.729539 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4823  putative acyl-CoA transferase  43.75 
 
 
378 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.283575  normal  0.469352 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6787  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.7 
 
 
378 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4112  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.67 
 
 
368 aa  303  3.0000000000000004e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2854  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.37 
 
 
378 aa  301  9e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.280141  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6664  formyl-coenzyme A transferase NAD(P)-binding  47.55 
 
 
370 aa  300  3e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4266  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.96 
 
 
372 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5231  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.95 
 
 
400 aa  288  8e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.850734  normal  0.0224703 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3456  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.48 
 
 
392 aa  274  2.0000000000000002e-72  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  decreased coverage  0.00954792  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2263  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.74 
 
 
275 aa  265  1e-69  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2154  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.75 
 
 
413 aa  258  9e-68  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.575353  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.98 
 
 
418 aa  248  2e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  38.71 
 
 
396 aa  247  3e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.98 
 
 
418 aa  247  3e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.94 
 
 
409 aa  245  8e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0260  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.57 
 
 
392 aa  243  5e-63  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0702247 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  38.86 
 
 
396 aa  243  6e-63  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  37.96 
 
 
418 aa  242  9e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  38.21 
 
 
396 aa  239  5.999999999999999e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.43 
 
 
418 aa  236  4e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0548  hypothetical protein  36.71 
 
 
407 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0572  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  62.79 
 
 
184 aa  234  2.0000000000000002e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3791  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.19 
 
 
407 aa  234  2.0000000000000002e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05820  hypothetical protein  36.83 
 
 
407 aa  234  3e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0119  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.14 
 
 
413 aa  231  2e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391223  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.81 
 
 
388 aa  230  3e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.14 
 
 
415 aa  230  3e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.75 
 
 
407 aa  230  3e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4014  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.65 
 
 
399 aa  229  8e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3087  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.25 
 
 
411 aa  229  8e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.98 
 
 
406 aa  228  1e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0047  Formyl-CoA transferase  37.43 
 
 
412 aa  228  1e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.386629  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.02 
 
 
424 aa  228  1e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  34.22 
 
 
435 aa  228  1e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1069  CaiB/BaiF family protein  37.1 
 
 
411 aa  227  2e-58  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5950  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.82 
 
 
386 aa  227  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.12278  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0642  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.88 
 
 
395 aa  227  2e-58  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.440176  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1225  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.54 
 
 
382 aa  228  2e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0131268  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2770  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.48 
 
 
410 aa  227  3e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.674174 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.32 
 
 
407 aa  227  3e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0039  Formyl-CoA transferase  37.17 
 
 
406 aa  226  4e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0839  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.36 
 
 
402 aa  226  6e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00466449  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.24 
 
 
416 aa  226  8e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.61 
 
 
434 aa  225  1e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0937  Formyl-CoA transferase  34.92 
 
 
407 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.41 
 
 
426 aa  225  1e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0458  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.92 
 
 
429 aa  225  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.68 
 
 
419 aa  224  2e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0899  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.92 
 
 
407 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>