29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6611 on replicon NC_008385
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007337  Reut_D6526  conjugal transfer relaxase TraI  99.46 
 
 		 746 aa  1510    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.439323  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6611  conjugal transfer relaxase TraI  100 
 
 		 746 aa  1514    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4315  conjugal transfer relaxase TraI  84.62 
 
 		 752 aa  1238    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.599721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2249  conjugal transfer relaxase TraI  44.91 
 
 		 830 aa  628  1e-178  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0026  conjugal transfer relaxase TraI  45.34 
 
 		 873 aa  593  1e-168  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000771366  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4671  conjugal transfer relaxase TraI  42.23 
 
 		 713 aa  556  1e-157  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0766  Relaxase/mobilization nuclease family protein  30.39 
 
 		 521 aa  208  3e-52  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0373  traI protein, putative  34.25 
 
 		 650 aa  151  4e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1093  relaxase/mobilization nuclease domain protein  27.08 
 
 		 805 aa  137  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.246621  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0029  relaxase/mobilization nuclease MobA, putative  26.53 
 
 		 650 aa  124  5e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0136618  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0036  relaxase/mobilization nuclease MobA, putative  25.09 
 
 		 651 aa  121  6e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.844727  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3769  hypothetical protein  61.54 
 
 		 221 aa  107  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.330863  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2533  relaxase/mobilization nuclease family protein  25.43 
 
 		 659 aa  95.1  4e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0058  relaxase/mobilization nuclease domain-containing protein  24.82 
 
 		 899 aa  90.1  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0607238  n/a   
 
 
-
 
NC_007515  Gmet_A3574  relaxase/mobilization nuclease domain-containing protein  24.76 
 
 		 743 aa  88.2  6e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0074  putative relaxase/mobilization nuclease domain protein  23.74 
 
 		 899 aa  85.1  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0174778 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4982  relaxase/mobilization nuclease family protein  29.2 
 
 		 843 aa  82.8  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154729  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2322  relaxase/mobilization nuclease family protein  26.15 
 
 		 303 aa  80.9  0.00000000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3557  relaxase/mobilization nuclease family protein  23.56 
 
 		 635 aa  74.3  0.000000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.58608  n/a   
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2790  relaxase/mobilization nuclease domain-containing protein  32 
 
 		 557 aa  63.5  0.00000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0072  hypothetical protein  24.77 
 
 		 657 aa  60.1  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.385572 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0745  hypothetical protein  38.46 
 
 		 154 aa  59.3  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2797  relaxase/mobilization nuclease domain-containing protein  28.89 
 
 		 398 aa  49.3  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.276128  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5231  Relaxase/mobilization nuclease family protein  24.17 
 
 		 281 aa  49.3  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.263601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0329  hypothetical protein  41.67 
 
 		 623 aa  48.1  0.0006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5445  Relaxase/mobilization nuclease family protein  23.18 
 
 		 306 aa  47.4  0.0009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.201668 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7564  relaxase/mobilization nuclease family protein  27.46 
 
 		 1019 aa  46.2  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0784017  normal  0.290124 
 
 
-
 
NC_002950  PG0868  mobilization protein  24.72 
 
 		 307 aa  46.2  0.002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.024127 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6701  Relaxase/mobilization nuclease family protein  25.64 
 
 		 440 aa  45.8  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.201149 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>