More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1903 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010551  BamMC406_1833  D-amino-acid dehydrogenase  99.54 
 
 
434 aa  861    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.529299 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5216  D-amino-acid dehydrogenase  90.78 
 
 
433 aa  790    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.386059 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1938  D-amino-acid dehydrogenase  91.01 
 
 
433 aa  795    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1359  D-amino-acid dehydrogenase  85.71 
 
 
434 aa  723    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.385904  normal  0.690046 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6164  D-amino-acid dehydrogenase  91.01 
 
 
433 aa  795    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.244436  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1903  D-amino-acid dehydrogenase  100 
 
 
434 aa  864    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.612686  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1915  D-amino-acid dehydrogenase  91.01 
 
 
433 aa  795    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.108571  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2134  D-amino acid dehydrogenase, small subunit, putative  74.88 
 
 
434 aa  632  1e-180  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0270937  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1447  D-amino acid dehydrogenase, small subunit, putative  75.12 
 
 
434 aa  625  1e-178  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1939  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  75.12 
 
 
434 aa  625  1e-178  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2464  putative D-amino acid dehydrogenase small subunit  75.35 
 
 
506 aa  625  1e-178  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3366  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  75.12 
 
 
434 aa  625  1e-178  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.462302  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2305  D-amino-acid dehydrogenase  75.35 
 
 
434 aa  626  1e-178  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1212  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  75.12 
 
 
434 aa  625  1e-178  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2344  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  75.35 
 
 
434 aa  626  1e-178  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2285  D-amino-acid dehydrogenase  65.82 
 
 
432 aa  546  1e-154  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.242978 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1916  D-amino-acid dehydrogenase  63.97 
 
 
432 aa  535  1e-151  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346956  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1021  D-amino-acid dehydrogenase  63.36 
 
 
433 aa  491  1e-137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1877  FAD dependent oxidoreductase  34.47 
 
 
429 aa  234  2.0000000000000002e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000325686  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1981  D-amino-acid dehydrogenase  35.19 
 
 
463 aa  220  3e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0772437 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2597  D-amino-acid dehydrogenase  32.38 
 
 
417 aa  216  9e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0369  D-amino-acid dehydrogenase  32.73 
 
 
421 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621585  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3589  D-amino-acid dehydrogenase  30.98 
 
 
424 aa  211  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0959455  hitchhiker  0.00000935542 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0309  D-amino-acid dehydrogenase  33.56 
 
 
430 aa  209  6e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2701  D-amino-acid dehydrogenase  32.35 
 
 
433 aa  206  8e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0406  D-amino-acid dehydrogenase  32.35 
 
 
433 aa  206  8e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.696057  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.47 
 
 
436 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.190955  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3113  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.22 
 
 
436 aa  203  4e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0385  D-amino-acid dehydrogenase  32.58 
 
 
433 aa  202  8e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1987  D-amino-acid dehydrogenase  33.73 
 
 
408 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.312854  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2304  D-amino-acid dehydrogenase  30.47 
 
 
421 aa  199  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.018021 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0558  D-amino-acid dehydrogenase small subunit  29.15 
 
 
419 aa  196  7e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2587  D-amino-acid dehydrogenase  35.07 
 
 
415 aa  195  1e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.701907  normal  0.227233 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1444  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.87 
 
 
416 aa  195  1e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3504  D-amino-acid dehydrogenase  32.44 
 
 
438 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1221  D-amino-acid dehydrogenase  35.07 
 
 
415 aa  194  3e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.31 
 
 
433 aa  192  9e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.94 
 
 
416 aa  191  2e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0866  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.94 
 
 
416 aa  191  2e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0290796  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1656  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.68 
 
 
428 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2697  D-amino-acid dehydrogenase  29.58 
 
 
419 aa  191  2.9999999999999997e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.402587  normal  0.380863 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0408  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.45 
 
 
428 aa  189  7e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2864  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.45 
 
 
428 aa  189  7e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367842  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0222  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.45 
 
 
428 aa  189  7e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2551  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.45 
 
 
428 aa  189  7e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0927  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.45 
 
 
428 aa  189  7e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2974  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.45 
 
 
428 aa  189  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2925  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.45 
 
 
428 aa  189  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2093  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.19 
 
 
416 aa  189  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59754  normal  0.0350619 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.71 
 
 
416 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.93 
 
 
416 aa  187  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.77 
 
 
428 aa  186  6e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  31.02 
 
 
419 aa  186  9e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.34 
 
 
434 aa  186  9e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.25 
 
 
434 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.25 
 
 
434 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1822  D-amino-acid dehydrogenase  32.65 
 
 
415 aa  184  4.0000000000000006e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0808  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.45 
 
 
416 aa  183  4.0000000000000006e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1756  D-amino-acid dehydrogenase  29.38 
 
 
419 aa  182  7e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.141509 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4178  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.31 
 
 
428 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.157527  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.38 
 
 
433 aa  181  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1981  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.88 
 
 
416 aa  181  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.200719  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0444  D-amino-acid dehydrogenase  28.34 
 
 
434 aa  181  2.9999999999999997e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.72 
 
 
419 aa  181  2.9999999999999997e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1023  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.31 
 
 
428 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2005  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.57 
 
 
416 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143364  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.03 
 
 
421 aa  180  4e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0585  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.31 
 
 
428 aa  180  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1064  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.31 
 
 
428 aa  180  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3994  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.67 
 
 
441 aa  179  5.999999999999999e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0926  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.28 
 
 
429 aa  179  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.531144  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.41 
 
 
432 aa  178  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0791  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30 
 
 
417 aa  177  2e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000194872 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1094  FAD dependent oxidoreductase  29.88 
 
 
421 aa  178  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.293126  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0867  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.22 
 
 
429 aa  177  3e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.872467  normal  0.695937 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3174  FAD dependent oxidoreductase  28.28 
 
 
418 aa  177  4e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0796  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29 
 
 
429 aa  176  6e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.661102  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4229  D-amino-acid dehydrogenase  31.02 
 
 
415 aa  176  8e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.825619  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1503  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.85 
 
 
425 aa  176  8e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.839298  normal  0.265321 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0673  D-amino-acid dehydrogenase  29.51 
 
 
417 aa  176  9e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.180164  hitchhiker  0.00553067 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.8 
 
 
432 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  27.8 
 
 
432 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.8 
 
 
432 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.8 
 
 
434 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.8 
 
 
432 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.8 
 
 
434 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  27.8 
 
 
432 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.8 
 
 
432 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2982  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.77 
 
 
428 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00652065 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1347  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.8 
 
 
432 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.15982  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.34 
 
 
417 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.66 
 
 
417 aa  173  5.999999999999999e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.22 
 
 
432 aa  172  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004326  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.57 
 
 
418 aa  173  6.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.22 
 
 
432 aa  172  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2082  D-amino-acid dehydrogenase  25.73 
 
 
418 aa  173  6.999999999999999e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0152588  normal  0.581205 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.23 
 
 
434 aa  172  9e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.99 
 
 
432 aa  172  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21848  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1941  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.99 
 
 
432 aa  172  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377151  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.99 
 
 
432 aa  172  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>