More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4489 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_4489  putative FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase family protein  100 
 
 
378 aa  773    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2398  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.14 
 
 
359 aa  214  9.999999999999999e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.940863  normal  0.750352 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3912  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  37.43 
 
 
401 aa  213  3.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1430  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.8 
 
 
366 aa  212  1e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0230431  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1871  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  37.11 
 
 
358 aa  210  3e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1817  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.8 
 
 
349 aa  204  2e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.466899 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1075  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  33.95 
 
 
399 aa  202  8e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2905  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  34.89 
 
 
431 aa  199  6e-50  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2999  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.02 
 
 
366 aa  197  3e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_53263  cytochrome b2, mitochondrial precursor  31.55 
 
 
490 aa  195  1e-48  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.792612 
 
 
-
 
NC_011686  PHATRDRAFT_22568  glycolate oxidase  34.81 
 
 
381 aa  193  4e-48  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.708918  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2436  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  33.51 
 
 
427 aa  193  4e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.689603  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3519  L-lactate dehydrogenase  36.66 
 
 
378 aa  193  4e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.578811 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03901  mitochondrial cytochrome b2, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03120)  32.05 
 
 
500 aa  193  5e-48  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.232953 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03020  alpha-hydroxyacid dehydrogenase, FMN-dependent L-lactate dehydrogenase  35.04 
 
 
409 aa  192  8e-48  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17191  L-lactate dehydrogenase (FMN-dependent)-like alpha-hydroxy acid dehydrogenases  31.36 
 
 
390 aa  192  9e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5156  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.02 
 
 
415 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.309178  normal  0.804479 
 
 
-
 
NC_006681  CNL04570  conserved hypothetical protein  31.37 
 
 
514 aa  189  8e-47  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4852  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  35.56 
 
 
440 aa  187  2e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00125514  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08744  FMN dependent dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G02720)  32.32 
 
 
403 aa  186  5e-46  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_07984  conserved hypothetical protein  34.76 
 
 
503 aa  185  1.0000000000000001e-45  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.11632 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1466  Lactate 2-monooxygenase  37.18 
 
 
396 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4638  L-lactate dehydrogenase  34.68 
 
 
384 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.76191  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3141  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  33.43 
 
 
410 aa  184  2.0000000000000003e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.4786 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3343  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  32.09 
 
 
417 aa  184  2.0000000000000003e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.326898  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12350  L-lactate dehydrogenase/FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  34.29 
 
 
371 aa  184  3e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.205767  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1708  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  33.95 
 
 
395 aa  184  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80121  normal  0.602463 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2057  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  37.65 
 
 
370 aa  183  4.0000000000000006e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.950338 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0468  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  31.87 
 
 
390 aa  183  5.0000000000000004e-45  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.000798916  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4132  L-lactate dehydrogenase  36.49 
 
 
386 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1462  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  33.03 
 
 
352 aa  182  7e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0238326  normal  0.034718 
 
 
-
 
NC_006693  CNH01230  cytochrome b2, mitochondrial precursor, putative  33.33 
 
 
593 aa  182  7e-45  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_80729  cytochrome b2, mitochondrial precursor  31.79 
 
 
581 aa  182  8.000000000000001e-45  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1846  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  34.13 
 
 
382 aa  182  1e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.389161 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0804  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  34.58 
 
 
389 aa  181  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0136  S-mandelate dehydrogenase (MdlB)  32.13 
 
 
394 aa  181  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3293  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  33.99 
 
 
403 aa  181  2e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0836045  hitchhiker  0.00293755 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4469  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  33.16 
 
 
395 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0508385 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2077  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  31.11 
 
 
394 aa  181  2e-44  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0579  FMN-dependent dehydrogenase  36 
 
 
412 aa  180  4e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3346  L-lactate dehydrogenase  33.51 
 
 
379 aa  180  4e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0089  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.68 
 
 
391 aa  179  5.999999999999999e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.442133  normal  0.763555 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0229  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  34.55 
 
 
364 aa  179  5.999999999999999e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0905  Lactate 2-monooxygenase  34.36 
 
 
388 aa  178  1e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2545  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  33.51 
 
 
381 aa  177  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3049  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.47 
 
 
379 aa  178  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0789  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  33.07 
 
 
431 aa  178  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4413  L-lactate dehydrogenase  35.29 
 
 
386 aa  177  4e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0068  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  33.16 
 
 
382 aa  177  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.368436  normal  0.0189918 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1816  putative L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.37 
 
 
378 aa  176  5e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1463  FMN-dependent dehydrogenase  35.2 
 
 
440 aa  176  6e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.675409  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0315  FMN-dependent dehydrogenase  35.2 
 
 
440 aa  176  6e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0990352  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20471  L-lactate dehydrogenase (FMN-dependent) and related alpha-hydroxy acid dehydrogenases  32.35 
 
 
398 aa  176  8e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.819941 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2580  L-lactate dehydrogenase  35.2 
 
 
412 aa  176  8e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0283  FMN-dependent dehydrogenase  35.2 
 
 
412 aa  175  9e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.130627  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2444  FMN-dependent dehydrogenase  35.2 
 
 
412 aa  175  9e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0882  FMN-dependent dehydrogenase  35.2 
 
 
412 aa  175  9e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.726266  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1172  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  32.09 
 
 
394 aa  175  9.999999999999999e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2083  FMN-dependent dehydrogenase  31.37 
 
 
381 aa  174  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.443709  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0702  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  37.61 
 
 
369 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.494173 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1660  FMN-dependent dehydrogenase  34.93 
 
 
440 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.599587  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1734  L-lactate oxidase  30.3 
 
 
400 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.613324  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1798  L-lactate oxidase  30.3 
 
 
400 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1020  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  34.86 
 
 
372 aa  173  3.9999999999999995e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.168014  normal  0.586617 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0254  L-lactate dehydrogenase  35.31 
 
 
378 aa  173  5e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_50804  glycolate oxidase  30.96 
 
 
431 aa  173  5.999999999999999e-42  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.114627  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4136  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  34.2 
 
 
386 aa  173  5.999999999999999e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.71733  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02590  conserved hypothetical protein  32.6 
 
 
488 aa  172  7.999999999999999e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.000954672  normal  0.116226 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2463  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  34.29 
 
 
348 aa  172  7.999999999999999e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.283428  normal  0.44924 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1737  L-lactate oxidase  30.03 
 
 
400 aa  172  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2117  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  32 
 
 
381 aa  172  9e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4670  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.15 
 
 
418 aa  172  1e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.455998  normal  0.385246 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4107  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.29 
 
 
385 aa  171  1e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.185157  normal  0.256454 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6162  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  33.33 
 
 
357 aa  171  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.427854 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6258  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  32.97 
 
 
390 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4251  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.02 
 
 
348 aa  170  3e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.731612  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2409  L-lactate dehydrogenase  33.14 
 
 
381 aa  170  4e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7084  dehydrogenase  33.24 
 
 
392 aa  170  4e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.175296  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2506  L-lactate dehydrogenase  33.14 
 
 
381 aa  170  4e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1696  L-lactate dehydrogenase  33.14 
 
 
381 aa  170  4e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0334813 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001223  L-lactate dehydrogenase  32.79 
 
 
379 aa  170  4e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3942  L-lactate dehydrogenase  32.86 
 
 
396 aa  169  5e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1619  Lactate 2-monooxygenase  34.88 
 
 
389 aa  170  5e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00855428  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4109  L-lactate dehydrogenase  31.97 
 
 
396 aa  170  5e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4978  L-lactate dehydrogenase  31.97 
 
 
396 aa  170  5e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03414  hypothetical protein  32.86 
 
 
396 aa  169  6e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03463  L-lactate dehydrogenase, FMN-linked  32.86 
 
 
396 aa  169  6e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0100  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  32.86 
 
 
396 aa  169  6e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4031  L-lactate dehydrogenase  32.86 
 
 
396 aa  169  6e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0085  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  32.53 
 
 
382 aa  169  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3817  L-lactate dehydrogenase  32.86 
 
 
396 aa  169  6e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0103  L-lactate dehydrogenase  32.86 
 
 
396 aa  169  6e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2488  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  30.48 
 
 
385 aa  169  6e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0763521  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2560  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.13 
 
 
396 aa  169  8e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00607749 
 
 
-
 
NC_006686  CND03480  conserved hypothetical protein  30.57 
 
 
552 aa  169  9e-41  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0604  putative L(+)-mandelate dehydrogenase  35.54 
 
 
441 aa  169  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1050  L-lactate dehydrogenase  32.8 
 
 
381 aa  169  1e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4115  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  32.3 
 
 
379 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.105278  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0496  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  35.76 
 
 
382 aa  168  1e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.150259  normal  0.194541 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1041  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  32.41 
 
 
458 aa  168  1e-40  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>