More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7516 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011981  Avi_7516  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  100 
 
 
565 aa  1166    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  33.53 
 
 
534 aa  156  1e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  26.47 
 
 
521 aa  152  1e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.47 
 
 
521 aa  152  1e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  26.47 
 
 
521 aa  152  1e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4426  extracellular solute-binding protein  29.63 
 
 
520 aa  152  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  26.47 
 
 
521 aa  152  1e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  26.47 
 
 
521 aa  150  6e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  32.01 
 
 
535 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1113  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein, putative  28.35 
 
 
520 aa  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.322522  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  32.83 
 
 
512 aa  143  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0975  putative dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  28.95 
 
 
520 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.124849  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0324  putative ABC transporter substrate-binding protein  28.95 
 
 
520 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1768  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  28.95 
 
 
520 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.852283  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0402  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  28.95 
 
 
520 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1359  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  28.95 
 
 
520 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.442837  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0238  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  28.95 
 
 
520 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1853  putative binding protein YliB  28.95 
 
 
520 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  31.25 
 
 
540 aa  141  3e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00232176  normal  0.206883 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0146  extracellular solute-binding protein family 5  31.79 
 
 
513 aa  141  3e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.377896  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1000  glutathione-binding protein GsiB  32.52 
 
 
512 aa  141  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  30.21 
 
 
528 aa  140  6e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0979  glutathione-binding protein GsiB  32.22 
 
 
512 aa  140  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0950  glutathione-binding protein GsiB  32.22 
 
 
512 aa  140  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0917  glutathione-binding protein GsiB  32.22 
 
 
512 aa  140  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2938  extracellular solute-binding protein  28.85 
 
 
531 aa  140  6e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4203  extracellular solute-binding protein  28.12 
 
 
520 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237738  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4163  extracellular solute-binding protein  28.12 
 
 
520 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0633493  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3353  extracellular solute-binding protein  28.12 
 
 
520 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.587262  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1319  extracellular solute-binding protein family 5  28.76 
 
 
521 aa  138  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0396363  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0836  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  28.6 
 
 
520 aa  138  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.385717  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4225  extracellular solute-binding protein  28.1 
 
 
520 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0855  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  29.44 
 
 
512 aa  138  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2920  extracellular solute-binding protein family 5  27.79 
 
 
515 aa  137  4e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  28.68 
 
 
524 aa  137  5e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2972  extracellular solute-binding protein  28.48 
 
 
531 aa  137  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2835  extracellular solute-binding protein  28.05 
 
 
531 aa  136  8e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.827526 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2309  extracellular solute-binding protein  28.85 
 
 
534 aa  136  8e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2923  extracellular solute-binding protein  28.85 
 
 
534 aa  136  8e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0351  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  30.32 
 
 
532 aa  136  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3130  extracellular solute-binding protein family 5  28.16 
 
 
520 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777715  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4052  extracellular solute-binding protein  27.52 
 
 
520 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.544759  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  32.58 
 
 
495 aa  136  9.999999999999999e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3571  extracellular solute-binding protein  27.52 
 
 
520 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.57508  normal  0.258108 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0626  extracellular solute-binding protein  29.29 
 
 
510 aa  136  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.797506  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2518  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  28.95 
 
 
512 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0981  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  28.95 
 
 
512 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0901  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  28.95 
 
 
512 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6266  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  28.2 
 
 
531 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.857663  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1324  extracellular solute-binding protein  32.22 
 
 
512 aa  135  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.725738 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  28.83 
 
 
497 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1961  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  30.47 
 
 
513 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.386989 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3437  extracellular solute-binding protein  31.87 
 
 
492 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.58601  normal  0.852102 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0888  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  31.61 
 
 
512 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0255  extracellular solute-binding protein  29.59 
 
 
554 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.192685  hitchhiker  0.00254463 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0111  extracellular solute-binding protein family 5  31.67 
 
 
517 aa  134  5e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3971  extracellular solute-binding protein family 5  29.71 
 
 
518 aa  133  7.999999999999999e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0139  extracellular solute-binding protein  27.65 
 
 
520 aa  133  7.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4591  extracellular solute-binding protein  28.95 
 
 
517 aa  133  7.999999999999999e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0777489  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1380  substate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.71 
 
 
517 aa  133  9e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.630202  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2056  periplasmic dipeptide transport protein precursor  29.61 
 
 
532 aa  133  9e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.184376  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1253  extracellular solute-binding protein family 5  28.1 
 
 
517 aa  133  9e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.245274  normal  0.49371 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00797  predicted peptide transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.71 
 
 
493 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.719474  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1491  extracellular solute-binding protein family 5  32.38 
 
 
514 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2812  extracellular solute-binding protein family 5  28.71 
 
 
512 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.431185  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1867  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC periplasmic ligand-binding protein  26.58 
 
 
520 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.30378  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00814  hypothetical protein  28.71 
 
 
512 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.840204  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4050  extracellular solute-binding protein family 5  23.97 
 
 
548 aa  132  1.0000000000000001e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0216  extracellular solute-binding protein  28.93 
 
 
553 aa  132  2.0000000000000002e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.923383 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2974  extracellular solute-binding protein family 5  31.93 
 
 
514 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  32.23 
 
 
519 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2814  extracellular solute-binding protein  31.31 
 
 
512 aa  132  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.993061  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  26.55 
 
 
505 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  30.68 
 
 
520 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0611  extracellular solute-binding protein family 5  29.89 
 
 
527 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  28.51 
 
 
509 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4344  extracellular solute-binding protein  27.61 
 
 
526 aa  131  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  29.74 
 
 
493 aa  131  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3243  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 
509 aa  131  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.649697  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3003  extracellular solute-binding protein family 5  29.68 
 
 
516 aa  130  5.0000000000000004e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  28.61 
 
 
544 aa  130  6e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1408  extracellular solute-binding protein  30.31 
 
 
518 aa  130  8.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00741999  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0381  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 
531 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.265556 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3255  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  30.23 
 
 
540 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.433609  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1632  extracellular solute-binding protein family 5  29.01 
 
 
517 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0184  extracellular solute-binding protein  29.65 
 
 
535 aa  129  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.507506 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2402  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  29.75 
 
 
538 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7613  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  30.66 
 
 
526 aa  129  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3988  extracellular solute-binding protein  29.97 
 
 
540 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2769  extracellular solute-binding protein  28.28 
 
 
507 aa  128  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.12042  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  30.77 
 
 
508 aa  128  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1658  extracellular solute-binding protein  27.68 
 
 
516 aa  128  3e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.710594  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3275  hypothetical protein  31.01 
 
 
540 aa  128  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.349389  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  28.41 
 
 
544 aa  127  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0212  extracellular solute-binding protein  28.6 
 
 
538 aa  127  7e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0260102  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4098  extracellular solute-binding protein family 5  28.53 
 
 
535 aa  127  8.000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.711695  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  31.07 
 
 
509 aa  126  9e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  25.68 
 
 
544 aa  126  1e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0490  extracellular solute-binding protein family 5  30.53 
 
 
531 aa  125  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1797  extracellular solute-binding protein family 5  24.89 
 
 
551 aa  124  4e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.645119  normal  0.0256709 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>