More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1847 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1847  50S ribosomal protein L16  100 
 
 		 137 aa  274  3e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.015989  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1437  50S ribosomal protein L16  97.81 
 
 		 137 aa  267  4e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.324945  normal  0.0931041 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1339  50S ribosomal protein L16  97.81 
 
 		 137 aa  267  4e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.136974  normal  0.10882 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0993  50S ribosomal protein L16  96.35 
 
 		 137 aa  265  1e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0292243 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1671  50S ribosomal protein L16  85.4 
 
 		 137 aa  239  6e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0460624  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1226  50S ribosomal protein L16  80.29 
 
 		 137 aa  234  3e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1189  50S ribosomal protein L16  80.29 
 
 		 137 aa  234  3e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.62552  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1963  50S ribosomal protein L16  79.56 
 
 		 137 aa  233  7e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0108267  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1686  50S ribosomal protein L16  81.02 
 
 		 137 aa  229  8.000000000000001e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00000414216  hitchhiker  0.000000385308 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0705  50S ribosomal protein L16  77.37 
 
 		 137 aa  227  3e-59  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000113976  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0673  50S ribosomal protein L16  77.37 
 
 		 137 aa  227  3e-59  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000002435  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0346  50S ribosomal protein L16  79.56 
 
 		 137 aa  226  7e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1915  50S ribosomal protein L16  78.83 
 
 		 137 aa  224  2e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.108117  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2447  50S ribosomal protein L16  77.37 
 
 		 137 aa  223  7e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2130  50S ribosomal protein L16  77.37 
 
 		 137 aa  223  7e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.517318 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2169  50S ribosomal protein L16  77.37 
 
 		 137 aa  223  7e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.370797 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1788  50S ribosomal protein L16  77.37 
 
 		 137 aa  220  4e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0987623  normal  0.0786322 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2225  50S ribosomal protein L16  75.18 
 
 		 137 aa  219  9e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0573  50S ribosomal protein L16  75.18 
 
 		 137 aa  219  9.999999999999999e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1723  50S ribosomal protein L16  82.09 
 
 		 137 aa  218  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.936678  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0368  50S ribosomal protein L16  82.09 
 
 		 137 aa  218  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.518001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0289  50S ribosomal protein L16  76.87 
 
 		 137 aa  217  5e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2527  50S ribosomal protein L16  79.1 
 
 		 137 aa  215  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0256  50S ribosomal protein L16  76.12 
 
 		 137 aa  214  5e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0766  50S ribosomal protein L16  76.12 
 
 		 137 aa  213  5.9999999999999996e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0436008  normal  0.507228 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0592  50S ribosomal protein L16  77.61 
 
 		 137 aa  213  7e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3660  50S ribosomal protein L16  72.99 
 
 		 137 aa  211  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2743  50S ribosomal protein L16  74.45 
 
 		 139 aa  210  5.999999999999999e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.059862  normal  0.198129 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1621  50S ribosomal protein L16  73.33 
 
 		 146 aa  209  1e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339753  normal  0.316448 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3177  50S ribosomal protein L16  72.26 
 
 		 137 aa  209  1e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.943989 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2302  50S ribosomal protein L16  70.8 
 
 		 137 aa  206  8e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.102329  normal  0.102886 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2973  50S ribosomal protein L16  72.26 
 
 		 138 aa  206  1e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2681  50S ribosomal protein L16  70.8 
 
 		 138 aa  204  3e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.428051  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1939  50S ribosomal protein L16  70.8 
 
 		 138 aa  204  3e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1371  50S ribosomal protein L16  69.34 
 
 		 137 aa  201  2e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.237512  normal  0.840251 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1361  50S ribosomal protein L16  75.18 
 
 		 137 aa  200  5e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.577979  normal  0.0350409 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1552  50S ribosomal protein L16  68.61 
 
 		 137 aa  199  8e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3441  50S ribosomal protein L16  67.15 
 
 		 137 aa  199  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.882422  normal  0.353645 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5063  50S ribosomal protein L16  73.72 
 
 		 137 aa  198  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.568875 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2162  ribosomal protein L16  67.16 
 
 		 137 aa  195  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00554254  normal  0.180391 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1256  50S ribosomal protein L16  66.42 
 
 		 144 aa  194  4.0000000000000005e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.738534  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2317  50S ribosomal protein L16  65.67 
 
 		 137 aa  190  5e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0179145  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0330  ribosomal protein L16  62.22 
 
 		 137 aa  188  2e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000439211  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0866  50S ribosomal protein L16  64.71 
 
 		 137 aa  187  2.9999999999999997e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0849  ribosomal protein L16  66.42 
 
 		 144 aa  186  8e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0201  50S ribosomal protein L16  64.93 
 
 		 144 aa  186  9e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.126239  normal  0.143837 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1346  50S ribosomal protein L16  64.96 
 
 		 143 aa  185  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0763592 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2811  50S ribosomal protein L16  62.77 
 
 		 143 aa  184  3e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.647814  normal  0.456586 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2365  50S ribosomal protein L16  64.18 
 
 		 137 aa  182  1.0000000000000001e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.309525  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0191  50S ribosomal protein L16  62.69 
 
 		 136 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000239067  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0165  50S ribosomal protein L16  61.94 
 
 		 136 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000800282  hitchhiker  0.000293635 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1567  50S ribosomal protein L16  60.74 
 
 		 142 aa  181  3e-45  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00199901  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0967  50S ribosomal protein L16  62.69 
 
 		 137 aa  181  4.0000000000000006e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00104122  hitchhiker  0.00000106632 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0854  50S ribosomal protein L16  61.94 
 
 		 137 aa  180  4.0000000000000006e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000606887  hitchhiker  0.000468877 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1517  ribosomal protein L16  62.69 
 
 		 151 aa  180  6e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.592014  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0433  50S ribosomal protein L16  64.18 
 
 		 137 aa  180  6e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000574852  hitchhiker  0.0000247561 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3710  50S ribosomal protein L16  62.04 
 
 		 139 aa  179  8.000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0491  50S ribosomal protein L16  62.69 
 
 		 137 aa  179  9.000000000000001e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000419023  normal  0.026966 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05750  50S ribosomal protein L16  65.15 
 
 		 141 aa  179  1e-44  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.748802  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0504  50S ribosomal protein L16  61.94 
 
 		 138 aa  179  1e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.110652  hitchhiker  0.000000000243822 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0334  50S ribosomal protein L16  61.94 
 
 		 138 aa  179  1e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0307948  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0114  50S ribosomal protein L16  64.18 
 
 		 141 aa  178  2e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0496  50S ribosomal protein L16  61.94 
 
 		 137 aa  178  2e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000877255  hitchhiker  0.00385796 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0220  50S ribosomal protein L16  62.88 
 
 		 136 aa  178  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000896692  unclonable  0.00000708625 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0726  50S ribosomal protein L16  62.69 
 
 		 137 aa  178  2.9999999999999997e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00162053  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0177  50S ribosomal protein L16  61.19 
 
 		 136 aa  178  2.9999999999999997e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000245989  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0118  50S ribosomal protein L16  63.43 
 
 		 144 aa  177  2.9999999999999997e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0312557  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0286  50S ribosomal protein L16  61.19 
 
 		 138 aa  177  4e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000233606  hitchhiker  0.00000173013 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0155  50S ribosomal protein L16  61.19 
 
 		 136 aa  177  4e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000013379  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0245  50S ribosomal protein L16  59.12 
 
 		 139 aa  177  4e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0242  50S ribosomal protein L16  59.12 
 
 		 139 aa  177  4e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5780  ribosomal protein L16  63.43 
 
 		 143 aa  177  4.999999999999999e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.742745  normal  0.418872 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0401  50S ribosomal protein L16  62.69 
 
 		 137 aa  177  4.999999999999999e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0376  50S ribosomal protein L16  62.69 
 
 		 137 aa  177  4.999999999999999e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0041  50S ribosomal protein L16  62.77 
 
 		 141 aa  177  5.999999999999999e-44  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.123597  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01240  50S ribosomal protein L16  64.93 
 
 		 144 aa  176  7e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.844455  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2850  50S ribosomal protein L16  61.94 
 
 		 140 aa  176  7e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.867321  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1154  50S ribosomal protein L16  64.39 
 
 		 139 aa  176  7e-44  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  unclonable  0.0000000032781  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1931  50S ribosomal protein L16  61.19 
 
 		 138 aa  176  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000000246201  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3162  50S ribosomal protein L16  61.19 
 
 		 138 aa  176  1e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000364503  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2625  50S ribosomal protein L16  61.19 
 
 		 138 aa  176  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.623647  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3769  50S ribosomal protein L16  61.19 
 
 		 138 aa  176  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000165417  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3485  50S ribosomal protein L16  61.19 
 
 		 138 aa  176  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00369776  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3061  50S ribosomal protein L16  61.19 
 
 		 138 aa  176  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000117854  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3797  50S ribosomal protein L16  61.19 
 
 		 138 aa  176  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3005  50S ribosomal protein L16  61.19 
 
 		 137 aa  176  1e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.840277  hitchhiker  0.00634453 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3739  50S ribosomal protein L16  61.19 
 
 		 138 aa  176  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000550662  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0112  50S ribosomal protein L16  62.69 
 
 		 144 aa  175  2e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000000501448  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1844  50S ribosomal protein L16  64.18 
 
 		 139 aa  175  2e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.242343  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1622  ribosomal protein L16  62.69 
 
 		 139 aa  175  2e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3637  50S ribosomal protein L16  60.45 
 
 		 138 aa  175  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000627073  hitchhiker  0.0000000000181124 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0321  50S ribosomal protein L16  60.45 
 
 		 138 aa  175  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000904365  decreased coverage  0.00244098 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0428  50S ribosomal protein L16  61.94 
 
 		 137 aa  175  2e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0983834  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2833  50S ribosomal protein L16  61.19 
 
 		 138 aa  175  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000261677  normal  0.482727 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4537  50S ribosomal protein L16  61.94 
 
 		 136 aa  175  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000159558  hitchhiker  0.00171467 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0190  50S ribosomal protein L16  66.67 
 
 		 140 aa  175  2e-43  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.307321 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0874  50S ribosomal protein L16  62.69 
 
 		 144 aa  175  2e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000946353  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0609  ribosomal protein L16  61.94 
 
 		 140 aa  174  3e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.817649 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1299  50S ribosomal protein L16  58.96 
 
 		 140 aa  174  3e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.210849  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3815  50S ribosomal protein L16  61.94 
 
 		 136 aa  174  4e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000419502  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>