More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3660 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3660  50S ribosomal protein L16  100 
 
 		 137 aa  273  7e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3177  50S ribosomal protein L16  96.35 
 
 		 137 aa  268  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.943989 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2302  50S ribosomal protein L16  94.89 
 
 		 137 aa  265  1e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.102329  normal  0.102886 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3441  50S ribosomal protein L16  92.7 
 
 		 137 aa  259  6.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.882422  normal  0.353645 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1371  50S ribosomal protein L16  92.7 
 
 		 137 aa  254  2e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.237512  normal  0.840251 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1552  50S ribosomal protein L16  91.24 
 
 		 137 aa  253  8e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5063  50S ribosomal protein L16  94.89 
 
 		 137 aa  246  7e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.568875 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1686  50S ribosomal protein L16  81.02 
 
 		 137 aa  229  7.000000000000001e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00000414216  hitchhiker  0.000000385308 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2681  50S ribosomal protein L16  78.83 
 
 		 138 aa  226  6e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.428051  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1939  50S ribosomal protein L16  79.56 
 
 		 138 aa  226  1e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2973  50S ribosomal protein L16  78.1 
 
 		 138 aa  225  2e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0573  50S ribosomal protein L16  78.83 
 
 		 137 aa  224  4e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1788  50S ribosomal protein L16  75.18 
 
 		 137 aa  221  3e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0987623  normal  0.0786322 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0346  50S ribosomal protein L16  74.45 
 
 		 137 aa  217  5e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1226  50S ribosomal protein L16  75.91 
 
 		 137 aa  216  6e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1189  50S ribosomal protein L16  75.91 
 
 		 137 aa  216  6e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.62552  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2743  50S ribosomal protein L16  78.1 
 
 		 139 aa  216  7e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.059862  normal  0.198129 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1963  50S ribosomal protein L16  75.91 
 
 		 137 aa  216  8.999999999999998e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0108267  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1671  50S ribosomal protein L16  76.64 
 
 		 137 aa  216  8.999999999999998e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0460624  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1915  50S ribosomal protein L16  73.72 
 
 		 137 aa  215  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.108117  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0854  50S ribosomal protein L16  72.39 
 
 		 137 aa  215  2e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000606887  hitchhiker  0.000468877 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1339  50S ribosomal protein L16  73.72 
 
 		 137 aa  213  5e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.136974  normal  0.10882 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1437  50S ribosomal protein L16  73.72 
 
 		 137 aa  213  5e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.324945  normal  0.0931041 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0993  50S ribosomal protein L16  73.72 
 
 		 137 aa  213  9.999999999999999e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0292243 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0705  50S ribosomal protein L16  72.99 
 
 		 137 aa  211  2.9999999999999995e-54  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000113976  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1346  50S ribosomal protein L16  74.45 
 
 		 143 aa  211  2.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0763592 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2225  50S ribosomal protein L16  73.72 
 
 		 137 aa  211  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0673  50S ribosomal protein L16  72.99 
 
 		 137 aa  211  2.9999999999999995e-54  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000002435  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1847  50S ribosomal protein L16  72.99 
 
 		 137 aa  211  3.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.015989  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2169  50S ribosomal protein L16  73.72 
 
 		 137 aa  210  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.370797 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2130  50S ribosomal protein L16  73.72 
 
 		 137 aa  210  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.517318 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2447  50S ribosomal protein L16  73.72 
 
 		 137 aa  210  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0766  50S ribosomal protein L16  74.63 
 
 		 137 aa  209  1e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0436008  normal  0.507228 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0256  50S ribosomal protein L16  73.13 
 
 		 137 aa  208  2e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1723  50S ribosomal protein L16  74.63 
 
 		 137 aa  206  7e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.936678  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0368  50S ribosomal protein L16  74.63 
 
 		 137 aa  206  7e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.518001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2527  50S ribosomal protein L16  74.63 
 
 		 137 aa  206  7e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1361  50S ribosomal protein L16  79.56 
 
 		 137 aa  206  1e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.577979  normal  0.0350409 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0289  50S ribosomal protein L16  73.13 
 
 		 137 aa  204  3e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0592  50S ribosomal protein L16  72.39 
 
 		 137 aa  203  6e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1256  50S ribosomal protein L16  70.07 
 
 		 144 aa  202  2e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.738534  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1621  50S ribosomal protein L16  71.11 
 
 		 146 aa  199  9.999999999999999e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339753  normal  0.316448 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2811  50S ribosomal protein L16  69.34 
 
 		 143 aa  199  9.999999999999999e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.647814  normal  0.456586 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0334  50S ribosomal protein L16  65.67 
 
 		 138 aa  194  3e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0307948  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0504  50S ribosomal protein L16  65.67 
 
 		 138 aa  194  3e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.110652  hitchhiker  0.000000000243822 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3710  50S ribosomal protein L16  65.69 
 
 		 139 aa  193  7e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0412  50S ribosomal protein L16  65.93 
 
 		 138 aa  192  1e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000000749036  normal  0.231316 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1844  50S ribosomal protein L16  68.66 
 
 		 139 aa  192  1e-48  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.242343  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0057  50S ribosomal protein L16  64.93 
 
 		 137 aa  192  1e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000274594  hitchhiker  4.45125e-19 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0060  50S ribosomal protein L16  64.93 
 
 		 137 aa  192  1e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000262847  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3331  50S ribosomal protein L16  64.44 
 
 		 138 aa  191  3e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000490254  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0245  50S ribosomal protein L16  63.5 
 
 		 139 aa  191  4e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0242  50S ribosomal protein L16  63.5 
 
 		 139 aa  191  4e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3436  50S ribosomal protein L16  64.18 
 
 		 138 aa  190  5e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.109776  normal  0.197856 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3012  50S ribosomal protein L16  64.18 
 
 		 138 aa  189  1e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.0000000599816  normal  0.0124022 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3290  50S ribosomal protein L16  64.18 
 
 		 138 aa  189  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000483098  decreased coverage  0.000000529176 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3992  50S ribosomal protein L16  63.7 
 
 		 138 aa  189  1e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000729687 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5780  ribosomal protein L16  67.91 
 
 		 143 aa  189  1e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.742745  normal  0.418872 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2566  50S ribosomal protein L16  63.43 
 
 		 141 aa  189  1e-47  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2943  50S ribosomal protein L16  64.18 
 
 		 138 aa  189  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000488638  hitchhiker  0.000000740815 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3485  50S ribosomal protein L16  62.69 
 
 		 138 aa  188  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00369776  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2625  50S ribosomal protein L16  62.69 
 
 		 138 aa  188  2e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.623647  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3769  50S ribosomal protein L16  62.69 
 
 		 138 aa  188  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000165417  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2162  ribosomal protein L16  64.93 
 
 		 137 aa  188  2e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00554254  normal  0.180391 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3061  50S ribosomal protein L16  62.69 
 
 		 138 aa  188  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000117854  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3310  50S ribosomal protein L16  64.18 
 
 		 138 aa  189  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000336027  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1931  50S ribosomal protein L16  62.69 
 
 		 138 aa  188  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000000246201  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3162  50S ribosomal protein L16  62.69 
 
 		 138 aa  188  2e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000364503  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3739  50S ribosomal protein L16  62.69 
 
 		 138 aa  188  2e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000550662  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3797  50S ribosomal protein L16  62.69 
 
 		 138 aa  188  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1299  50S ribosomal protein L16  62.69 
 
 		 140 aa  188  2e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.210849  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1567  50S ribosomal protein L16  62.96 
 
 		 142 aa  188  2e-47  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00199901  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2365  50S ribosomal protein L16  64.93 
 
 		 137 aa  187  2.9999999999999997e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.309525  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3172  50S ribosomal protein L16  64.18 
 
 		 138 aa  188  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000521521  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3637  50S ribosomal protein L16  62.69 
 
 		 138 aa  187  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000627073  hitchhiker  0.0000000000181124 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0866  50S ribosomal protein L16  64.71 
 
 		 137 aa  187  4e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2833  50S ribosomal protein L16  62.69 
 
 		 138 aa  187  4e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000261677  normal  0.482727 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0286  50S ribosomal protein L16  63.43 
 
 		 138 aa  187  4e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000233606  hitchhiker  0.00000173013 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0321  50S ribosomal protein L16  62.69 
 
 		 138 aa  187  4e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000904365  decreased coverage  0.00244098 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0296  50S ribosomal protein L16  65.67 
 
 		 139 aa  187  5e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0698  50S ribosomal protein L16  63.43 
 
 		 142 aa  186  5.999999999999999e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000251243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0188  50S ribosomal protein L16  66.42 
 
 		 139 aa  186  5.999999999999999e-47  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000404592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2317  50S ribosomal protein L16  63.43 
 
 		 137 aa  187  5.999999999999999e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0179145  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3005  50S ribosomal protein L16  64.18 
 
 		 137 aa  186  5.999999999999999e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.840277  hitchhiker  0.00634453 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1271  50S ribosomal protein L16  64.44 
 
 		 138 aa  186  7e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00776716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0256  50S ribosomal protein L16  62.69 
 
 		 138 aa  186  8e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00173139  normal  0.0172892 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0334  50S ribosomal protein L16  62.69 
 
 		 138 aa  186  9e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000896805  normal  0.0198335 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3454  50S ribosomal protein L16  62.69 
 
 		 138 aa  186  9e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000581922  decreased coverage  0.00396929 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0609  ribosomal protein L16  66.42 
 
 		 140 aa  186  9e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.817649 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3788  50S ribosomal protein L16  62.96 
 
 		 138 aa  186  9e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0821635  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2752  50S ribosomal protein L16  62.69 
 
 		 138 aa  186  9e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00000962733  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0355  50S ribosomal protein L16  62.69 
 
 		 138 aa  186  9e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000176857  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0283  50S ribosomal protein L16  62.69 
 
 		 138 aa  185  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000045602  normal  0.0248702 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2222  50S ribosomal protein L16  64.18 
 
 		 139 aa  186  1e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000000157972  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0274  50S ribosomal protein L16  62.69 
 
 		 138 aa  185  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000119561  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0280  50S ribosomal protein L16  65.67 
 
 		 138 aa  185  2e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000143066  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1643  50S ribosomal protein L16  61.48 
 
 		 160 aa  185  2e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1622  ribosomal protein L16  67.16 
 
 		 139 aa  185  2e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0874  50S ribosomal protein L16  64.93 
 
 		 144 aa  185  2e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000946353  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4906  50S ribosomal protein L16  64.93 
 
 		 138 aa  184  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0575421  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>