257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0998 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0998  exodeoxyribonuclease VII small subunit  100 
 
 		 83 aa  163  8e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0569  exodeoxyribonuclease VII small subunit  83.95 
 
 		 83 aa  135  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.72936  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  83.95 
 
 		 83 aa  135  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.199562 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0495  exodeoxyribonuclease VII small subunit  74.07 
 
 		 83 aa  122  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0431  exodeoxyribonuclease VII small subunit  61.73 
 
 		 84 aa  104  4e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.468215  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0438  exodeoxyribonuclease VII small subunit  61.73 
 
 		 84 aa  104  4e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0542  exodeoxyribonuclease VII small subunit  61.73 
 
 		 84 aa  104  4e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0733  exodeoxyribonuclease VII small subunit  64.63 
 
 		 88 aa  102  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4459  exodeoxyribonuclease VII small subunit  58.02 
 
 		 83 aa  96.7  9e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.340877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1171  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  67.57 
 
 		 113 aa  96.7  9e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.462861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4304  exodeoxyribonuclease VII small subunit  58.02 
 
 		 83 aa  96.3  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.185821  normal  0.148391 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2195  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  57.14 
 
 		 87 aa  95.5  2e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1023  exodeoxyribonuclease VII small subunit  56.79 
 
 		 83 aa  94.7  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143685  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3991  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  63.64 
 
 		 86 aa  94  7e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.112701  normal  0.027381 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0779  exodeoxyribonuclease VII small subunit  56.79 
 
 		 83 aa  92  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1104  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  62.16 
 
 		 85 aa  92.8  2e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2480  exodeoxyribonuclease VII small subunit  56.79 
 
 		 83 aa  92.8  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0399  exodeoxyribonuclease VII small subunit  55 
 
 		 84 aa  92.4  2e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.171686  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6392  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  64.71 
 
 		 94 aa  91.7  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.16226 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6797  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  64.71 
 
 		 94 aa  92  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163523  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4745  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  57.69 
 
 		 97 aa  88.2  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.820479 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1150  exodeoxyribonuclease VII small subunit  57.14 
 
 		 82 aa  88.2  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0634  exodeoxyribonuclease VII small subunit  55.56 
 
 		 83 aa  87.8  4e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.714213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4825  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  55.29 
 
 		 93 aa  87  7e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.129421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0779  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  55.84 
 
 		 86 aa  86.7  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.144683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4308  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  60.87 
 
 		 88 aa  85.5  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.8627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4677  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  60.87 
 
 		 88 aa  85.5  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.374802  normal  0.592453 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2922  exodeoxyribonuclease VII small subunit  56 
 
 		 81 aa  84.3  5e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.67181 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0021  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  55 
 
 		 105 aa  79.3  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2254  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52 
 
 		 83 aa  78.2  0.00000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0590284  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0398  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  48.68 
 
 		 80 aa  76.6  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.526364 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3296  exodeoxyribonuclease 7 small subunit  49.33 
 
 		 80 aa  75.9  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2617  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.37 
 
 		 122 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0090  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.38 
 
 		 80 aa  75.9  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0846  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.65 
 
 		 84 aa  67.4  0.00000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.136632  normal  0.343056 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2790  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  47.89 
 
 		 79 aa  65.9  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.282192  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20420  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  51.67 
 
 		 149 aa  64.3  0.0000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.672892  normal  0.487259 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1136  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.65 
 
 		 79 aa  63.5  0.0000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2797  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  48.65 
 
 		 79 aa  63.5  0.0000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1677  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  52.83 
 
 		 109 aa  62.8  0.000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.155573  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1199  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  51.61 
 
 		 88 aa  62.8  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3317  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.83 
 
 		 80 aa  62.4  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0745  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  43.28 
 
 		 78 aa  61.6  0.000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.6177  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16330  Exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.79 
 
 		 95 aa  60.1  0.000000009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1980  exonuclease VII, small subunit  51.72 
 
 		 61 aa  59.3  0.00000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.671148  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5005  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.84 
 
 		 80 aa  57  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1984  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  48 
 
 		 87 aa  56.2  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00370  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.09 
 
 		 80 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3187  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  49.09 
 
 		 80 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.498051  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0529  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.84 
 
 		 80 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00374  hypothetical protein  49.09 
 
 		 80 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2036  exonuclease VII, small subunit  37.88 
 
 		 77 aa  55.8  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0574  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.84 
 
 		 80 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0563  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.84 
 
 		 80 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159377  normal  0.90532 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0343  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.09 
 
 		 80 aa  55.8  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0505  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.09 
 
 		 80 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0493  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.09 
 
 		 80 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1100  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  35.44 
 
 		 86 aa  55.5  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3211  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.09 
 
 		 80 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000938667 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0458  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.09 
 
 		 80 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0453  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.09 
 
 		 80 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0606  exodeoxyribonuclease VII small subunit  36.11 
 
 		 81 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.60315  normal  0.0881534 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0528  Exonuclease VII small subunit  46.3 
 
 		 60 aa  55.5  0.0000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.877558 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0700  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  36.11 
 
 		 81 aa  55.1  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3879  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.94 
 
 		 89 aa  54.7  0.0000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1776  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  43.86 
 
 		 84 aa  54.7  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0782365  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0089  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  37.84 
 
 		 76 aa  54.3  0.0000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0300263  normal  0.239711 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3117  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  47.46 
 
 		 70 aa  54.3  0.0000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.03656  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1698  Exodeoxyribonuclease VII small subunit  36.05 
 
 		 90 aa  54.3  0.0000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.120092 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0581  exodeoxyribonuclease VII small subunit  36.49 
 
 		 80 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1059  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40 
 
 		 80 aa  53.9  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.378404  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0946  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.5 
 
 		 85 aa  53.5  0.0000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4390  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.44 
 
 		 89 aa  53.5  0.0000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.86848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3059  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.88 
 
 		 79 aa  53.1  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.046824  hitchhiker  0.0000314592 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3840  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  39.19 
 
 		 132 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.77898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0822  exonuclease VII small subunit  43.33 
 
 		 70 aa  53.1  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0239086 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8276  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  43.86 
 
 		 81 aa  53.5  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.293612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2436  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.51 
 
 		 85 aa  53.1  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0877  exonuclease VII, small subunit  47.27 
 
 		 70 aa  53.1  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1090  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  37.68 
 
 		 82 aa  52.4  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2131  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.34 
 
 		 85 aa  52.4  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.62561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11570  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.71 
 
 		 80 aa  52  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1894  exonuclease VII, small subunit  45.1 
 
 		 64 aa  52.4  0.000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.24895 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22980  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.38 
 
 		 104 aa  52.8  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.435723  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26440  Exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.88 
 
 		 91 aa  52.8  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.102851  normal  0.416491 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0819  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.31 
 
 		 76 aa  52  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2877  exonuclease VII, small subunit  51.92 
 
 		 95 aa  52  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3110  exodeoxyribonuclease VII small subunit  36.62 
 
 		 84 aa  52  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3072  exodeoxyribonuclease VII small subunit  36.62 
 
 		 84 aa  52  0.000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1903  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  49.02 
 
 		 78 aa  52  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.541864  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0463  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.45 
 
 		 80 aa  51.6  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0484  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.45 
 
 		 80 aa  51.6  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0526  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.45 
 
 		 80 aa  51.6  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0465  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.45 
 
 		 80 aa  51.6  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3251  exodeoxyribonuclease VII small subunit  36.62 
 
 		 84 aa  51.2  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4634  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.61 
 
 		 70 aa  51.2  0.000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.233214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0471  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.45 
 
 		 80 aa  51.6  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07890  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.19 
 
 		 80 aa  51.2  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0166035  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3220  exodeoxyribonuclease VII small subunit  30.77 
 
 		 112 aa  51.2  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0847  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  43.33 
 
 		 110 aa  51.2  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.550336 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>