270 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2617 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A2617  exodeoxyribonuclease VII small subunit  100 
 
 
122 aa  249  1e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6797  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50.51 
 
 
94 aa  88.2  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163523  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6392  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  61.43 
 
 
94 aa  87  9e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.16226 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2195  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  56.16 
 
 
87 aa  85.9  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4825  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  48.84 
 
 
93 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.129421  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4677  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  55.71 
 
 
88 aa  82  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.374802  normal  0.592453 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4308  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  55.71 
 
 
88 aa  82  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.8627  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0846  exodeoxyribonuclease VII small subunit  53.25 
 
 
84 aa  82  0.000000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.136632  normal  0.343056 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1199  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  56.58 
 
 
88 aa  80.5  0.000000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0021  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  52 
 
 
105 aa  79.7  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804691  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1171  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  51.35 
 
 
113 aa  78.2  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.462861  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1104  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  52.7 
 
 
85 aa  78.2  0.00000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3991  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  52.78 
 
 
86 aa  77.8  0.00000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.112701  normal  0.027381 
 
 
-
 
NC_004310  BR0431  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.7 
 
 
84 aa  77  0.00000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.468215  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0542  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.7 
 
 
84 aa  77  0.00000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0438  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.7 
 
 
84 aa  77  0.00000000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2480  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.75 
 
 
83 aa  76.6  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0779  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.63 
 
 
83 aa  76.6  0.0000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0998  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.37 
 
 
83 aa  75.9  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0733  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.19 
 
 
88 aa  75.1  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4459  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.5 
 
 
83 aa  73.6  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.340877  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0495  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.67 
 
 
83 aa  72.8  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0634  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
83 aa  73.2  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.714213  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0089  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  47.95 
 
 
76 aa  72.8  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0300263  normal  0.239711 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3317  exodeoxyribonuclease VII small subunit  55.22 
 
 
80 aa  73.2  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2436  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  43.75 
 
 
85 aa  72.8  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1150  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.65 
 
 
82 aa  72.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4304  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.25 
 
 
83 aa  72.4  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.185821  normal  0.148391 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11570  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.48 
 
 
80 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1023  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.65 
 
 
83 aa  72  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143685  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0399  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.65 
 
 
84 aa  72.4  0.000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.171686  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1059  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.48 
 
 
80 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.378404  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2254  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.68 
 
 
83 aa  71.6  0.000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0590284  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0779  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50 
 
 
86 aa  71.6  0.000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.144683  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4745  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  51.95 
 
 
97 aa  70.9  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.820479 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.3 
 
 
83 aa  70.1  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.199562 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0569  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.3 
 
 
83 aa  70.1  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.72936  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0398  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44 
 
 
80 aa  70.1  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.526364 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0574  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.83 
 
 
80 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0529  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.83 
 
 
80 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0563  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.83 
 
 
80 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159377  normal  0.90532 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0581  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.44 
 
 
80 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2922  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.95 
 
 
81 aa  67.4  0.00000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.67181 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3296  exodeoxyribonuclease 7 small subunit  46.58 
 
 
80 aa  66.2  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5005  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.06 
 
 
80 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1321  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.29 
 
 
83 aa  65.5  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0090  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.44 
 
 
80 aa  63.9  0.0000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2788  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  54.1 
 
 
78 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0306157  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1600  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.93 
 
 
88 aa  63.2  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.937975  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1652  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.93 
 
 
88 aa  62.8  0.000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07890  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.06 
 
 
80 aa  63.2  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0166035  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3840  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.59 
 
 
132 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.77898  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.06 
 
 
80 aa  62  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.375138  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2790  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.29 
 
 
79 aa  62.8  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.282192  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0606  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.85 
 
 
81 aa  61.6  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.60315  normal  0.0881534 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0700  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40.85 
 
 
81 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3220  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.03 
 
 
112 aa  61.6  0.000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1277  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  47.83 
 
 
79 aa  60.8  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.11345  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2249  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.68 
 
 
76 aa  60.1  0.000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2277  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.68 
 
 
76 aa  60.1  0.00000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2769  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50.94 
 
 
79 aa  59.7  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.365151 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3476  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.93 
 
 
79 aa  60.1  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.173082  hitchhiker  0.00255329 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3001  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  46.38 
 
 
79 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.121829  decreased coverage  0.0000000571856 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2729  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.38 
 
 
79 aa  59.7  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00285704  normal  0.425427 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2802  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.38 
 
 
79 aa  59.7  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.269499  normal  0.706037 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2899  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.38 
 
 
79 aa  59.7  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0152416  hitchhiker  0.000215653 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2781  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  43.84 
 
 
80 aa  59.7  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.210066  normal  0.56065 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12190  Exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.24 
 
 
83 aa  59.7  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3117  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  47.37 
 
 
70 aa  58.9  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.03656  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2405  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.66 
 
 
75 aa  58.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000772835  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1359  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  46.38 
 
 
79 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00292788  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1345  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  46.38 
 
 
79 aa  58.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00230985  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8276  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.61 
 
 
81 aa  58.9  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.293612  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1384  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  46.38 
 
 
79 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.402794 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1090  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  37.84 
 
 
82 aa  58.2  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0574  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.57 
 
 
82 aa  58.5  0.00000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1256  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.67 
 
 
75 aa  58.5  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000890426  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2892  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.12 
 
 
82 aa  58.5  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3059  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.36 
 
 
79 aa  58.5  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.046824  hitchhiker  0.0000314592 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.57 
 
 
82 aa  58.5  0.00000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3027  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.67 
 
 
75 aa  58.5  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1936  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.94 
 
 
76 aa  58.2  0.00000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2184  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.66 
 
 
77 aa  58.2  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000051669  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00370  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.78 
 
 
80 aa  57.4  0.00000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3187  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.78 
 
 
80 aa  57.4  0.00000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.498051  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0819  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.79 
 
 
76 aa  57.4  0.00000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0493  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.78 
 
 
80 aa  57.4  0.00000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0458  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.78 
 
 
80 aa  57.4  0.00000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00374  hypothetical protein  44.78 
 
 
80 aa  57.4  0.00000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0453  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.78 
 
 
80 aa  57.4  0.00000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0343  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.78 
 
 
80 aa  57.4  0.00000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0505  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.78 
 
 
80 aa  57.4  0.00000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3211  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.78 
 
 
80 aa  57.4  0.00000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000938667 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0935  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.28 
 
 
80 aa  57  0.00000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.25175  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2569  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  52.83 
 
 
78 aa  57.4  0.00000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0788452  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3327  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  43.48 
 
 
79 aa  57  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.779429  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2989  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.86 
 
 
82 aa  57  0.00000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.247958  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1136  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.55 
 
 
79 aa  56.6  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1776  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  47.06 
 
 
84 aa  56.2  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0782365  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2797  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  46.55 
 
 
79 aa  56.6  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>