260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_0089 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_0089  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  100 
 
 
76 aa  149  1e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0300263  normal  0.239711 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1199  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  60 
 
 
88 aa  88.6  3e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0846  exodeoxyribonuclease VII small subunit  53.33 
 
 
84 aa  79  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.136632  normal  0.343056 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2617  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.95 
 
 
122 aa  72.8  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0021  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  55.38 
 
 
105 aa  73.2  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804691  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0779  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  53.85 
 
 
86 aa  72.8  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.144683  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1256  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.3 
 
 
75 aa  69.3  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000890426  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3027  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.3 
 
 
75 aa  69.3  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4677  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  55.74 
 
 
88 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.374802  normal  0.592453 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4308  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  55.74 
 
 
88 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.8627  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4825  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  54.1 
 
 
93 aa  67  0.00000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.129421  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3296  exodeoxyribonuclease 7 small subunit  50 
 
 
80 aa  66.2  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1023  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.53 
 
 
83 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143685  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4304  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.95 
 
 
83 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.185821  normal  0.148391 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2195  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  46.15 
 
 
87 aa  65.9  0.0000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2177  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.55 
 
 
76 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000361923  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2436  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  43.94 
 
 
85 aa  65.5  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4745  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  53.12 
 
 
97 aa  65.1  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.820479 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2480  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.69 
 
 
83 aa  65.1  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0431  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.95 
 
 
84 aa  64.7  0.0000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.468215  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1150  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.78 
 
 
82 aa  64.7  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0542  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.95 
 
 
84 aa  64.7  0.0000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0438  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.95 
 
 
84 aa  64.7  0.0000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0779  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.69 
 
 
83 aa  64.3  0.0000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3991  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50 
 
 
86 aa  64.3  0.0000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.112701  normal  0.027381 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2405  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.9 
 
 
75 aa  64.3  0.0000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000772835  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0398  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  46.15 
 
 
80 aa  63.9  0.0000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.526364 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4459  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.59 
 
 
83 aa  63.9  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.340877  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0634  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.59 
 
 
83 aa  63.2  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.714213  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2254  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.27 
 
 
83 aa  63.2  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0590284  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1171  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.78 
 
 
113 aa  63.2  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.462861  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2184  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.26 
 
 
77 aa  62.4  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000051669  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6392  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  47.14 
 
 
94 aa  62  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.16226 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0090  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.88 
 
 
80 aa  62.4  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6797  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.21 
 
 
94 aa  62  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163523  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0399  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.33 
 
 
84 aa  62.8  0.000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.171686  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1104  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  46.27 
 
 
85 aa  61.6  0.000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8276  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  43.28 
 
 
81 aa  59.7  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.293612  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1776  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  47.37 
 
 
84 aa  58.9  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0782365  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1936  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.7 
 
 
76 aa  59.3  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3317  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.33 
 
 
80 aa  59.3  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.46 
 
 
83 aa  58.2  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.199562 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0569  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.46 
 
 
83 aa  58.2  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.72936  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1136  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.48 
 
 
79 aa  58.2  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2797  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  43.48 
 
 
79 aa  58.2  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1903  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  38.24 
 
 
78 aa  58.2  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.541864  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3059  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.38 
 
 
79 aa  56.6  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.046824  hitchhiker  0.0000314592 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2790  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  43.48 
 
 
79 aa  57  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.282192  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3220  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.13 
 
 
112 aa  56.6  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2587  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  35.44 
 
 
83 aa  56.2  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00858119  normal  0.452628 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2277  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40 
 
 
76 aa  55.8  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2249  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40 
 
 
76 aa  55.8  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2922  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.75 
 
 
81 aa  55.8  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.67181 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0606  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.13 
 
 
81 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.60315  normal  0.0881534 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3840  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40.3 
 
 
132 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.77898  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1147  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  39.06 
 
 
80 aa  55.1  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.164326  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0581  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.16 
 
 
80 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1321  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.86 
 
 
83 aa  55.1  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0889  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.62 
 
 
80 aa  55.5  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4252  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.3 
 
 
76 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0449361  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0700  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  39.13 
 
 
81 aa  55.1  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1514  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.43 
 
 
83 aa  55.1  0.0000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0529  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.16 
 
 
80 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1080  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.25 
 
 
87 aa  54.3  0.0000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000691643 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3083  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.86 
 
 
82 aa  54.7  0.0000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1169  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.37 
 
 
82 aa  54.3  0.0000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0563  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.16 
 
 
80 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159377  normal  0.90532 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0998  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.84 
 
 
83 aa  54.3  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0903  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.27 
 
 
86 aa  53.9  0.0000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0574  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.16 
 
 
80 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2872  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.3 
 
 
76 aa  53.9  0.0000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0380914  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4289  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.3 
 
 
76 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.18628  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4083  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.3 
 
 
76 aa  53.9  0.0000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3921  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.3 
 
 
76 aa  53.9  0.0000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.134688  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3932  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.3 
 
 
76 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0945  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.3 
 
 
76 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.582074  hitchhiker  0.000128888 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4403  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.3 
 
 
76 aa  53.9  0.0000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0852123  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0249  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.14 
 
 
76 aa  53.9  0.0000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4309  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.3 
 
 
76 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000200233  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0733  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.47 
 
 
88 aa  53.9  0.0000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11570  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.68 
 
 
80 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4199  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.3 
 
 
76 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5598800000000002e-24 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07890  exodeoxyribonuclease VII small subunit  36.84 
 
 
80 aa  53.9  0.0000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0166035  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0935  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.86 
 
 
80 aa  53.9  0.0000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.25175  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1766  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.98 
 
 
76 aa  53.5  0.0000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00000846618  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5005  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.13 
 
 
80 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0465  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.09 
 
 
80 aa  53.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0471  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.09 
 
 
80 aa  53.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2781  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  36.51 
 
 
80 aa  53.5  0.0000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.210066  normal  0.56065 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0526  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.09 
 
 
80 aa  53.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0484  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.09 
 
 
80 aa  53.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0463  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.09 
 
 
80 aa  53.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  36.84 
 
 
80 aa  53.1  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.375138  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1663  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.07 
 
 
101 aa  53.1  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0832  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.71 
 
 
80 aa  53.1  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000144459  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2321  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.57 
 
 
77 aa  53.1  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0495  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45 
 
 
83 aa  53.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0097  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.31 
 
 
101 aa  52.4  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0458  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.27 
 
 
80 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3211  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.27 
 
 
80 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000938667 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>