257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1090 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_1090  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  100 
 
 
82 aa  156  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1321  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  57.14 
 
 
83 aa  88.6  3e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0935  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
80 aa  78.6  0.00000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.25175  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1277  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  56 
 
 
79 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.11345  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2729  exodeoxyribonuclease VII small subunit  56 
 
 
79 aa  77.4  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00285704  normal  0.425427 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2802  exodeoxyribonuclease VII small subunit  56 
 
 
79 aa  77.4  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.269499  normal  0.706037 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2899  exodeoxyribonuclease VII small subunit  56 
 
 
79 aa  77.4  0.00000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0152416  hitchhiker  0.000215653 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1384  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  54.67 
 
 
79 aa  77  0.00000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.402794 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1359  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  54.67 
 
 
79 aa  77  0.00000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00292788  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1345  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  54.17 
 
 
79 aa  76.6  0.00000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00230985  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2036  exonuclease VII, small subunit  54.79 
 
 
77 aa  76.3  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2434  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  57.33 
 
 
79 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.691221  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0414  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.1 
 
 
80 aa  76.6  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.04357  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3001  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  54.67 
 
 
79 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.121829  decreased coverage  0.0000000571856 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004256  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48 
 
 
80 aa  75.5  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3840  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  51.95 
 
 
132 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.77898  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01175  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.75 
 
 
80 aa  75.5  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
82 aa  75.1  0.0000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1059  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.22 
 
 
80 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.378404  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11570  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.22 
 
 
80 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0574  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
82 aa  75.1  0.0000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3083  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  52 
 
 
82 aa  74.7  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3476  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  53.16 
 
 
79 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.173082  hitchhiker  0.00255329 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2788  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  57.33 
 
 
78 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0306157  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0819  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  53.33 
 
 
76 aa  73.9  0.0000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00370  exodeoxyribonuclease VII small subunit  53.33 
 
 
80 aa  73.6  0.0000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3187  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  53.33 
 
 
80 aa  73.6  0.0000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.498051  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00374  hypothetical protein  53.33 
 
 
80 aa  73.6  0.0000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0343  exodeoxyribonuclease VII small subunit  53.33 
 
 
80 aa  73.6  0.0000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0458  exodeoxyribonuclease VII small subunit  53.33 
 
 
80 aa  73.6  0.0000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0493  exodeoxyribonuclease VII small subunit  53.33 
 
 
80 aa  73.6  0.0000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3211  exodeoxyribonuclease VII small subunit  53.33 
 
 
80 aa  73.6  0.0000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000938667 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0453  exodeoxyribonuclease VII small subunit  53.33 
 
 
80 aa  73.6  0.0000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0505  exodeoxyribonuclease VII small subunit  53.33 
 
 
80 aa  73.6  0.0000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.63 
 
 
80 aa  72.8  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.375138  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0889  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.63 
 
 
80 aa  73.2  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07890  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.63 
 
 
80 aa  72.4  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0166035  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1032  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.67 
 
 
82 aa  72.4  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3279  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.67 
 
 
82 aa  72.4  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5005  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.38 
 
 
80 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2569  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  55.26 
 
 
78 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0788452  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2769  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  53.33 
 
 
79 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.365151 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2892  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  49.33 
 
 
82 aa  71.2  0.000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3327  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  53.33 
 
 
79 aa  70.1  0.000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.779429  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0529  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.65 
 
 
80 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2989  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  47.37 
 
 
82 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.247958  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0563  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.65 
 
 
80 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159377  normal  0.90532 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0574  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.65 
 
 
80 aa  69.3  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2238  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.74 
 
 
78 aa  70.1  0.00000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.264356 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0903  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.74 
 
 
86 aa  69.3  0.00000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1080  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.7 
 
 
87 aa  68.6  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000691643 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0700  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  48.72 
 
 
81 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0606  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.72 
 
 
81 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.60315  normal  0.0881534 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0581  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.05 
 
 
80 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0471  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.33 
 
 
80 aa  67.4  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0465  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.33 
 
 
80 aa  67.4  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0526  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.33 
 
 
80 aa  67.4  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0484  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.33 
 
 
80 aa  67.4  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0463  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.33 
 
 
80 aa  67.4  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3220  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.35 
 
 
112 aa  66.2  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1147  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  55.22 
 
 
80 aa  65.5  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.164326  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1416  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.17 
 
 
84 aa  64.3  0.0000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.335751  normal  0.272045 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0834  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.05 
 
 
85 aa  63.5  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00522049  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2254  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.77 
 
 
83 aa  62  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0590284  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0090  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.48 
 
 
80 aa  62.8  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2436  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50 
 
 
85 aa  62.4  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0946  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.84 
 
 
85 aa  62  0.000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3072  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.3 
 
 
84 aa  61.6  0.000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3110  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.3 
 
 
84 aa  61.6  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3251  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.3 
 
 
84 aa  60.5  0.000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3427  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.93 
 
 
76 aa  59.7  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2195  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.11 
 
 
87 aa  59.7  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0398  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.93 
 
 
80 aa  59.7  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.526364 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0832  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.25 
 
 
80 aa  59.7  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000144459  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3296  exodeoxyribonuclease 7 small subunit  43.48 
 
 
80 aa  58.9  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2617  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.84 
 
 
122 aa  58.2  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2893  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.96 
 
 
86 aa  58.9  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01427  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.85 
 
 
120 aa  57.8  0.00000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1698  Exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.89 
 
 
90 aa  57.8  0.00000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.120092 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1984  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  43.08 
 
 
87 aa  57.4  0.00000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01898  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.14 
 
 
86 aa  57  0.00000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.90032  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2249  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.38 
 
 
76 aa  56.6  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.18 
 
 
83 aa  56.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.199562 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0569  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.18 
 
 
83 aa  56.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.72936  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1024  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  46.77 
 
 
75 aa  56.6  0.0000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0642  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44 
 
 
87 aa  56.2  0.0000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.768801  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2277  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.93 
 
 
76 aa  55.5  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0021  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40 
 
 
105 aa  55.8  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804691  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2922  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.54 
 
 
81 aa  54.7  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.67181 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0779  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.12 
 
 
86 aa  54.7  0.0000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.144683  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4745  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40.28 
 
 
97 aa  54.3  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.820479 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1776  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  38.96 
 
 
84 aa  54.3  0.0000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0782365  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1136  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.14 
 
 
79 aa  54.3  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2797  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  37.14 
 
 
79 aa  54.3  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1199  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40 
 
 
88 aa  53.9  0.0000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1023  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.12 
 
 
83 aa  53.9  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143685  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0753  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.12 
 
 
81 aa  53.9  0.0000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000664309  hitchhiker  0.0000311057 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1169  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  48.15 
 
 
82 aa  53.9  0.0000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0249  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.33 
 
 
76 aa  53.5  0.0000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6797  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.44 
 
 
94 aa  53.5  0.0000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163523  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>