264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1136 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_1136  exodeoxyribonuclease VII small subunit  100 
 
 
79 aa  153  7e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2797  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  100 
 
 
79 aa  153  7e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2790  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  96.2 
 
 
79 aa  149  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.282192  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3296  exodeoxyribonuclease 7 small subunit  58.75 
 
 
80 aa  89  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0398  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  56.25 
 
 
80 aa  87.4  6e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.526364 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0090  exodeoxyribonuclease VII small subunit  57.5 
 
 
80 aa  87  7e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0733  exodeoxyribonuclease VII small subunit  57.69 
 
 
88 aa  84  6e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0431  exodeoxyribonuclease VII small subunit  58.11 
 
 
84 aa  81.3  0.000000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.468215  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0438  exodeoxyribonuclease VII small subunit  58.11 
 
 
84 aa  81.3  0.000000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0542  exodeoxyribonuclease VII small subunit  58.11 
 
 
84 aa  81.3  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1171  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  53.33 
 
 
113 aa  76.6  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.462861  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0779  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  52.11 
 
 
86 aa  71.2  0.000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.144683  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4745  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  51.39 
 
 
97 aa  70.9  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.820479 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0399  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.28 
 
 
84 aa  70.9  0.000000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.171686  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2922  exodeoxyribonuclease VII small subunit  54.67 
 
 
81 aa  70.1  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.67181 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0495  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.65 
 
 
83 aa  69.3  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2195  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  46.48 
 
 
87 aa  67.8  0.00000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0846  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.11 
 
 
84 aa  67.8  0.00000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.136632  normal  0.343056 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1104  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  48.68 
 
 
85 aa  67.4  0.00000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0569  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.12 
 
 
83 aa  67  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.72936  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.12 
 
 
83 aa  67  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.199562 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2480  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.3 
 
 
83 aa  66.2  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4825  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  47.83 
 
 
93 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.129421  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6797  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  43.06 
 
 
94 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163523  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2036  exonuclease VII, small subunit  45.9 
 
 
77 aa  65.1  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3220  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.33 
 
 
112 aa  63.9  0.0000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4677  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  47.06 
 
 
88 aa  63.9  0.0000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.374802  normal  0.592453 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4308  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  47.06 
 
 
88 aa  63.9  0.0000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.8627  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3317  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.17 
 
 
80 aa  63.9  0.0000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3991  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  43.06 
 
 
86 aa  63.5  0.0000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.112701  normal  0.027381 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6392  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.86 
 
 
94 aa  63.5  0.0000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.16226 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0998  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.65 
 
 
83 aa  63.5  0.0000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2254  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.48 
 
 
83 aa  62  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0590284  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0779  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.57 
 
 
83 aa  62.4  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1150  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.07 
 
 
82 aa  60.8  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4304  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.07 
 
 
83 aa  60.5  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.185821  normal  0.148391 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4459  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.07 
 
 
83 aa  60.5  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.340877  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0819  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  46.3 
 
 
76 aa  60.1  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1776  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  38.96 
 
 
84 aa  59.3  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0782365  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1023  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.07 
 
 
83 aa  59.7  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143685  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0249  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.43 
 
 
76 aa  58.9  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3427  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.55 
 
 
76 aa  58.5  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1199  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  48.28 
 
 
88 aa  58.5  0.00000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0021  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.31 
 
 
105 aa  58.5  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804691  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0089  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  43.48 
 
 
76 aa  58.2  0.00000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0300263  normal  0.239711 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2872  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.98 
 
 
76 aa  57.4  0.00000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0380914  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2321  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.55 
 
 
77 aa  57.4  0.00000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01427  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.43 
 
 
120 aa  57  0.00000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0574  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.26 
 
 
82 aa  56.6  0.0000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2617  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.55 
 
 
122 aa  56.6  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.26 
 
 
82 aa  56.6  0.0000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1321  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  36.11 
 
 
83 aa  56.6  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4031  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.67 
 
 
76 aa  56.6  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0705396  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2587  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  39.74 
 
 
83 aa  55.8  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00858119  normal  0.452628 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2131  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.45 
 
 
85 aa  55.8  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.62561  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1080  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.94 
 
 
87 aa  55.8  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000691643 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0945  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40 
 
 
76 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.582074  hitchhiker  0.000128888 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4252  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40 
 
 
76 aa  55.5  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0449361  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0526  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.86 
 
 
80 aa  55.1  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4083  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40 
 
 
76 aa  55.1  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3921  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40 
 
 
76 aa  55.1  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.134688  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3932  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40 
 
 
76 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4199  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40 
 
 
76 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5598800000000002e-24 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0484  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.86 
 
 
80 aa  55.1  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4403  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40 
 
 
76 aa  55.1  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0852123  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0465  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.86 
 
 
80 aa  55.1  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0463  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.86 
 
 
80 aa  55.1  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4289  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40 
 
 
76 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.18628  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4309  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40 
 
 
76 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000200233  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0471  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.86 
 
 
80 aa  55.1  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2769  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  36.76 
 
 
79 aa  55.5  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.365151 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0634  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.07 
 
 
83 aa  54.7  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.714213  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1731  Exonuclease VII small subunit  44.78 
 
 
85 aa  54.7  0.0000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.735568  normal  0.0195932 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0935  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40 
 
 
80 aa  54.3  0.0000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.25175  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1100  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.83 
 
 
86 aa  54.3  0.0000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00370  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.27 
 
 
80 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3187  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.27 
 
 
80 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.498051  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0505  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.27 
 
 
80 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1090  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  37.14 
 
 
82 aa  54.3  0.0000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3211  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.27 
 
 
80 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000938667 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0343  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.27 
 
 
80 aa  54.3  0.0000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0453  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.27 
 
 
80 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1991  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  35.21 
 
 
155 aa  54.3  0.0000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00374  hypothetical protein  41.27 
 
 
80 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0458  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.27 
 
 
80 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0493  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.27 
 
 
80 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2177  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.06 
 
 
76 aa  53.9  0.0000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000361923  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1057  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.91 
 
 
75 aa  53.9  0.0000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.900986  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3059  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.27 
 
 
79 aa  53.5  0.0000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.046824  hitchhiker  0.0000314592 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0234  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.64 
 
 
84 aa  53.1  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.733912  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0889  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.27 
 
 
80 aa  53.1  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0903  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.1 
 
 
86 aa  53.1  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0020  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.45 
 
 
68 aa  53.1  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20420  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40.58 
 
 
149 aa  53.1  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.672892  normal  0.487259 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1514  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.32 
 
 
89 aa  52  0.000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.0000000028975  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3327  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  39.44 
 
 
79 aa  52.4  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.779429  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2989  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  38.33 
 
 
82 aa  52.4  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.247958  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0124  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.27 
 
 
100 aa  52  0.000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.327517 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1024  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.54 
 
 
75 aa  51.6  0.000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2781  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.38 
 
 
80 aa  51.6  0.000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.210066  normal  0.56065 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>