266 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2922 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2922  exodeoxyribonuclease VII small subunit  100 
 
 
81 aa  163  9e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.67181 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3296  exodeoxyribonuclease 7 small subunit  71.79 
 
 
80 aa  112  1.0000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0090  exodeoxyribonuclease VII small subunit  69.23 
 
 
80 aa  110  8.000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0495  exodeoxyribonuclease VII small subunit  58.23 
 
 
83 aa  93.2  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0398  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  60 
 
 
80 aa  90.9  6e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.526364 
 
 
-
 
NC_004310  BR0431  exodeoxyribonuclease VII small subunit  60 
 
 
84 aa  89.7  1e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.468215  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0542  exodeoxyribonuclease VII small subunit  60 
 
 
84 aa  89.7  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0438  exodeoxyribonuclease VII small subunit  60 
 
 
84 aa  89.7  1e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1023  exodeoxyribonuclease VII small subunit  57.33 
 
 
83 aa  90.1  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143685  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4459  exodeoxyribonuclease VII small subunit  57.53 
 
 
83 aa  88.6  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.340877  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0779  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  54.67 
 
 
86 aa  89  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.144683  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0634  exodeoxyribonuclease VII small subunit  57.53 
 
 
83 aa  87.8  4e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.714213  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4745  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  58.11 
 
 
97 aa  87.4  7e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.820479 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1171  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  57.14 
 
 
113 aa  86.7  9e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.462861  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4304  exodeoxyribonuclease VII small subunit  54.79 
 
 
83 aa  85.9  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.185821  normal  0.148391 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0779  exodeoxyribonuclease VII small subunit  56.16 
 
 
83 aa  85.5  2e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6392  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  53.52 
 
 
94 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.16226 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0998  exodeoxyribonuclease VII small subunit  56 
 
 
83 aa  84.3  5e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2480  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.56 
 
 
83 aa  84.3  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0569  exodeoxyribonuclease VII small subunit  56.76 
 
 
83 aa  84.3  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.72936  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6797  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  53.52 
 
 
94 aa  84.3  6e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163523  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  56.76 
 
 
83 aa  84.3  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.199562 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3991  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  53.52 
 
 
86 aa  83.6  8e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.112701  normal  0.027381 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1104  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  52.05 
 
 
85 aa  82  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0733  exodeoxyribonuclease VII small subunit  53.25 
 
 
88 aa  81.6  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4825  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  51.32 
 
 
93 aa  81.3  0.000000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.129421  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1150  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52 
 
 
82 aa  80.9  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0399  exodeoxyribonuclease VII small subunit  54.29 
 
 
84 aa  80.9  0.000000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.171686  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4308  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  51.43 
 
 
88 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.8627  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4677  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  51.43 
 
 
88 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.374802  normal  0.592453 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0021  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  47.5 
 
 
105 aa  78.2  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804691  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2195  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  48 
 
 
87 aa  78.6  0.00000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2790  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  58.67 
 
 
79 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.282192  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1136  exodeoxyribonuclease VII small subunit  54.67 
 
 
79 aa  70.1  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2797  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  54.67 
 
 
79 aa  70.1  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0846  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.94 
 
 
84 aa  67.8  0.00000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.136632  normal  0.343056 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2617  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.95 
 
 
122 aa  67.4  0.00000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2254  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.04 
 
 
83 aa  66.6  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0590284  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1321  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  39.06 
 
 
83 aa  58.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3059  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.59 
 
 
79 aa  58.2  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.046824  hitchhiker  0.0000314592 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3317  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.71 
 
 
80 aa  58.2  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1677  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  46.77 
 
 
79 aa  57.8  0.00000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2076  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  51.79 
 
 
69 aa  57.4  0.00000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0624924  normal  0.162947 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3220  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.44 
 
 
112 aa  57.4  0.00000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1199  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.31 
 
 
88 aa  57.4  0.00000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2893  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.71 
 
 
86 aa  57  0.00000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0819  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.44 
 
 
76 aa  57  0.00000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2587  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  38.46 
 
 
83 aa  57  0.00000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00858119  normal  0.452628 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2321  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.43 
 
 
77 aa  56.6  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2249  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.34 
 
 
76 aa  55.5  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3117  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  49.12 
 
 
70 aa  56.2  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.03656  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0089  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  43.75 
 
 
76 aa  55.8  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0300263  normal  0.239711 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3476  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40 
 
 
79 aa  55.5  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.173082  hitchhiker  0.00255329 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2277  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.34 
 
 
76 aa  55.1  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1090  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.54 
 
 
82 aa  54.7  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1698  Exodeoxyribonuclease VII small subunit  36.11 
 
 
90 aa  54.7  0.0000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.120092 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3427  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.54 
 
 
76 aa  54.7  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0414  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.89 
 
 
80 aa  54.3  0.0000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.04357  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2223  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.3 
 
 
94 aa  53.9  0.0000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4252  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.64 
 
 
76 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0449361  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4083  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.64 
 
 
76 aa  53.9  0.0000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3921  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.64 
 
 
76 aa  53.9  0.0000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.134688  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3932  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.64 
 
 
76 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4403  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.64 
 
 
76 aa  53.9  0.0000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0852123  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4289  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.64 
 
 
76 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.18628  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0945  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.64 
 
 
76 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.582074  hitchhiker  0.000128888 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4309  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.64 
 
 
76 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000200233  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4199  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.64 
 
 
76 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5598800000000002e-24 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1277  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.11 
 
 
79 aa  53.9  0.0000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.11345  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11129  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.33 
 
 
85 aa  53.9  0.0000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2872  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.55 
 
 
76 aa  53.9  0.0000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0380914  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2036  exonuclease VII, small subunit  43.64 
 
 
77 aa  53.9  0.0000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2434  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40 
 
 
79 aa  53.9  0.0000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.691221  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004256  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.19 
 
 
80 aa  53.5  0.0000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2569  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.11 
 
 
78 aa  53.5  0.0000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0788452  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01175  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.19 
 
 
80 aa  53.5  0.0000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2729  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.86 
 
 
79 aa  53.5  0.0000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00285704  normal  0.425427 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2802  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.86 
 
 
79 aa  53.5  0.0000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.269499  normal  0.706037 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0020  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.79 
 
 
68 aa  53.5  0.0000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2899  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.86 
 
 
79 aa  53.5  0.0000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0152416  hitchhiker  0.000215653 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2989  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.11 
 
 
82 aa  53.1  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.247958  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2131  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.91 
 
 
85 aa  53.5  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.62561  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1677  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.28 
 
 
109 aa  53.1  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.155573  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06500  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  35.8 
 
 
84 aa  53.5  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  2.83766e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4634  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  46.43 
 
 
70 aa  53.1  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.233214  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4031  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.64 
 
 
76 aa  52.8  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0705396  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4339  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.43 
 
 
70 aa  52.4  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0975539 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1614  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.54 
 
 
76 aa  52  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000644175  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2617  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.94 
 
 
102 aa  52.4  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.113058  normal  0.543608 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4108  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.43 
 
 
70 aa  52.4  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0249  exodeoxyribonuclease VII small subunit  36.23 
 
 
76 aa  52.8  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1581  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.54 
 
 
76 aa  52  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00814066  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2769  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  39.66 
 
 
79 aa  52.8  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.365151 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4184  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.43 
 
 
70 aa  52.4  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0286083  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2436  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  36.23 
 
 
85 aa  52.4  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0834  exodeoxyribonuclease VII small subunit  36.62 
 
 
85 aa  51.6  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00522049  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3001  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.11 
 
 
79 aa  52  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.121829  decreased coverage  0.0000000571856 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1980  exonuclease VII, small subunit  47.37 
 
 
61 aa  52  0.000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.671148  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2428  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.83 
 
 
94 aa  52  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0889  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.24 
 
 
80 aa  52  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>