222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2877 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_2877  exonuclease VII, small subunit  100 
 
 
95 aa  193  6e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0954  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  65.43 
 
 
81 aa  104  3e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1569  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  68.83 
 
 
88 aa  104  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1036  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  64.2 
 
 
89 aa  102  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.121461 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2013  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  72.31 
 
 
117 aa  99.8  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.322776  hitchhiker  0.00272964 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1499  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  65.79 
 
 
93 aa  98.2  3e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1745  exodeoxyribonuclease VII small subunit  73.13 
 
 
93 aa  97.8  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3281  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  69.84 
 
 
77 aa  92.4  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2633  exodeoxyribonuclease VII small subunit  60.27 
 
 
86 aa  91.3  5e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.665476  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3371  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  56.76 
 
 
81 aa  89.7  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2240  exonuclease VII small subunit  54.05 
 
 
78 aa  89  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.754101  normal  0.0392595 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2428  exodeoxyribonuclease VII small subunit  55.26 
 
 
94 aa  82.8  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2829  exodeoxyribonuclease VII small subunit  53.25 
 
 
102 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2223  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.25 
 
 
94 aa  77.8  0.00000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2617  exodeoxyribonuclease VII small subunit  57.58 
 
 
102 aa  77.4  0.00000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.113058  normal  0.543608 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6783  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.95 
 
 
102 aa  76.6  0.00000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.277557  hitchhiker  0.0000961691 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0880  exodeoxyribonuclease VII small subunit  55.38 
 
 
103 aa  76.3  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3950  exodeoxyribonuclease VII small subunit  56.45 
 
 
105 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2035  exodeoxyribonuclease VII small subunit  55.93 
 
 
95 aa  68.2  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0881  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.88 
 
 
80 aa  67.4  0.00000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3774  exodeoxyribonuclease VII small subunit  53.23 
 
 
97 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00863673  normal  0.0479075 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3248  exodeoxyribonuclease VII small subunit  53.23 
 
 
97 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.344342  normal  0.0166439 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2213  exodeoxyribonuclease VII small subunit  53.23 
 
 
97 aa  67  0.00000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.190434  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4822  exodeoxyribonuclease VII small subunit  53.23 
 
 
93 aa  67  0.00000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.237878  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4488  exodeoxyribonuclease VII small subunit  53.23 
 
 
97 aa  67  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3877  exodeoxyribonuclease VII small subunit  53.23 
 
 
97 aa  67  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.209796 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3650  exodeoxyribonuclease VII small subunit  53.23 
 
 
97 aa  67  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0328  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.05 
 
 
97 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0844  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.05 
 
 
104 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1510  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.05 
 
 
97 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1704  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.05 
 
 
97 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2536  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.05 
 
 
97 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2394  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.05 
 
 
97 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0362  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.05 
 
 
97 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0612  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.05 
 
 
104 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0234  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.71 
 
 
84 aa  65.1  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.733912  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1776  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  43.24 
 
 
84 aa  61.6  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0782365  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2131  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.97 
 
 
85 aa  61.6  0.000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.62561  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00370  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.54 
 
 
80 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3187  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40.54 
 
 
80 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.498051  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0453  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.54 
 
 
80 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0505  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.54 
 
 
80 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0458  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.54 
 
 
80 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0493  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.54 
 
 
80 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00374  hypothetical protein  40.54 
 
 
80 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0343  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.54 
 
 
80 aa  60.8  0.000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3211  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.54 
 
 
80 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000938667 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0417  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.07 
 
 
90 aa  59.3  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0889  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.76 
 
 
80 aa  58.2  0.00000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0819  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40.85 
 
 
76 aa  57.4  0.00000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3059  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.76 
 
 
79 aa  57.4  0.00000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.046824  hitchhiker  0.0000314592 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0484  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.07 
 
 
80 aa  57  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0526  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.07 
 
 
80 aa  57  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0471  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.07 
 
 
80 aa  57  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0463  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.07 
 
 
80 aa  57  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0465  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.07 
 
 
80 aa  57  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0124  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.98 
 
 
100 aa  55.8  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.327517 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4031  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.08 
 
 
76 aa  55.5  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0705396  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4252  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.54 
 
 
76 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0449361  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1991  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.03 
 
 
155 aa  55.1  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0249  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.31 
 
 
76 aa  54.7  0.0000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4083  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.54 
 
 
76 aa  54.3  0.0000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3921  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.54 
 
 
76 aa  54.3  0.0000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.134688  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3932  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.54 
 
 
76 aa  54.3  0.0000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4403  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.54 
 
 
76 aa  54.3  0.0000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0852123  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4199  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.54 
 
 
76 aa  54.3  0.0000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5598800000000002e-24 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4309  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.54 
 
 
76 aa  54.3  0.0000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000200233  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0945  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.54 
 
 
76 aa  54.7  0.0000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.582074  hitchhiker  0.000128888 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4289  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.54 
 
 
76 aa  54.3  0.0000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.18628  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2195  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.12 
 
 
87 aa  54.3  0.0000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2872  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.54 
 
 
76 aa  53.9  0.0000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0380914  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2892  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  37.84 
 
 
82 aa  53.5  0.0000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2321  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.59 
 
 
77 aa  53.5  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2202  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.81 
 
 
80 aa  53.1  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3279  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.07 
 
 
82 aa  53.1  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1032  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.07 
 
 
82 aa  53.1  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1080  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.14 
 
 
87 aa  52.4  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000691643 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2254  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.79 
 
 
83 aa  52.4  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0590284  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1775  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40.98 
 
 
79 aa  52.4  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.319268  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2781  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.64 
 
 
80 aa  52.4  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.210066  normal  0.56065 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0998  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.92 
 
 
83 aa  52  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3251  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40 
 
 
84 aa  51.6  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3083  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.07 
 
 
82 aa  52  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2922  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.3 
 
 
81 aa  51.6  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.67181 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0021  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.38 
 
 
105 aa  51.6  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804691  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0642  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.9 
 
 
87 aa  51.2  0.000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.768801  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
83 aa  50.8  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.199562 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01898  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.46 
 
 
86 aa  50.8  0.000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.90032  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1424  Exonuclease VII small subunit  44.44 
 
 
77 aa  50.8  0.000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.506182  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0569  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
83 aa  50.8  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.72936  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1677  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  47.27 
 
 
109 aa  50.8  0.000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.155573  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0834  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.32 
 
 
85 aa  50.4  0.000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00522049  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3072  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40 
 
 
84 aa  50.4  0.000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6797  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  38.57 
 
 
94 aa  50.4  0.000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163523  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3110  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40 
 
 
84 aa  50.4  0.000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3991  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  43.86 
 
 
86 aa  50.4  0.000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.112701  normal  0.027381 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2436  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.67 
 
 
85 aa  50.4  0.000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0414  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.3 
 
 
80 aa  50.4  0.000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.04357  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6392  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  39.13 
 
 
94 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.16226 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2769  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  34.15 
 
 
79 aa  50.1  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.365151 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>