235 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1991 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_1991  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  100 
 
 
155 aa  312  9e-85  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0819  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  49.25 
 
 
76 aa  64.3  0.0000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01427  exodeoxyribonuclease VII small subunit  56.14 
 
 
120 aa  63.5  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1321  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50.77 
 
 
83 aa  62.8  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1416  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  46.58 
 
 
84 aa  62.8  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.335751  normal  0.272045 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3840  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  47.76 
 
 
132 aa  60.8  0.000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.77898  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0946  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.31 
 
 
85 aa  60.5  0.000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.71 
 
 
82 aa  60.5  0.000000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0574  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.71 
 
 
82 aa  60.5  0.000000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0935  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.75 
 
 
80 aa  60.1  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.25175  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2480  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.58 
 
 
83 aa  60.1  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3251  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.93 
 
 
84 aa  59.7  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3072  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.93 
 
 
84 aa  59.3  0.00000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3110  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.93 
 
 
84 aa  59.3  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2893  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.3 
 
 
86 aa  58.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1776  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  46.88 
 
 
84 aa  58.9  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0782365  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6797  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  36.14 
 
 
94 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163523  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1080  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.03 
 
 
87 aa  58.2  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000691643 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1514  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.88 
 
 
89 aa  57.8  0.00000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.0000000028975  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6392  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  39.71 
 
 
94 aa  57.8  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.16226 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1150  exodeoxyribonuclease VII small subunit  33.77 
 
 
82 aa  57.8  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01898  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.79 
 
 
86 aa  57.8  0.00000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.90032  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0834  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.96 
 
 
85 aa  57.4  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00522049  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0581  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.27 
 
 
80 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1499  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  43.64 
 
 
93 aa  57.4  0.00000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.96 
 
 
80 aa  57  0.00000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.375138  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07890  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.96 
 
 
80 aa  57  0.00000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0166035  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0779  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.58 
 
 
83 aa  57  0.00000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1023  exodeoxyribonuclease VII small subunit  35.06 
 
 
83 aa  57  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143685  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0700  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  43.28 
 
 
81 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0606  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.28 
 
 
81 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.60315  normal  0.0881534 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0484  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.33 
 
 
80 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3427  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.28 
 
 
76 aa  56.6  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0526  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.33 
 
 
80 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0465  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.33 
 
 
80 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0463  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.33 
 
 
80 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004256  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.14 
 
 
80 aa  56.6  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01175  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.14 
 
 
80 aa  56.6  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0471  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.33 
 
 
80 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0889  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.62 
 
 
80 aa  56.6  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4459  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.13 
 
 
83 aa  55.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.340877  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4304  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.13 
 
 
83 aa  56.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.185821  normal  0.148391 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1698  Exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.94 
 
 
90 aa  55.8  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.120092 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1169  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.31 
 
 
82 aa  55.5  0.0000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0529  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.78 
 
 
80 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1032  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.82 
 
 
82 aa  55.5  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5005  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.78 
 
 
80 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1936  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.67 
 
 
76 aa  55.5  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2877  exonuclease VII, small subunit  41.03 
 
 
95 aa  55.1  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3279  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.82 
 
 
82 aa  55.5  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0563  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.78 
 
 
80 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159377  normal  0.90532 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0574  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.78 
 
 
80 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2434  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44 
 
 
79 aa  55.5  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.691221  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1277  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50 
 
 
79 aa  55.1  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.11345  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1745  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.64 
 
 
93 aa  54.7  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2788  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  49.12 
 
 
78 aa  54.7  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0306157  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1984  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  43.64 
 
 
87 aa  54.7  0.0000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2277  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.83 
 
 
76 aa  54.7  0.0000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2249  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.83 
 
 
76 aa  54.7  0.0000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0128  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  39.51 
 
 
88 aa  54.7  0.0000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.310342  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1059  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.78 
 
 
80 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.378404  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1136  exodeoxyribonuclease VII small subunit  35.21 
 
 
79 aa  54.3  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2729  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
79 aa  54.3  0.0000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00285704  normal  0.425427 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2802  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
79 aa  54.3  0.0000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.269499  normal  0.706037 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11570  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.78 
 
 
80 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2899  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
79 aa  54.3  0.0000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0152416  hitchhiker  0.000215653 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2797  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  35.21 
 
 
79 aa  54.3  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3220  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.19 
 
 
112 aa  53.9  0.0000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00370  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
80 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3187  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50 
 
 
80 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.498051  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0431  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.24 
 
 
84 aa  53.1  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.468215  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2989  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  46.67 
 
 
82 aa  53.5  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.247958  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0453  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
80 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0493  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
80 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0414  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.38 
 
 
80 aa  53.5  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.04357  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0458  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
80 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0634  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.13 
 
 
83 aa  53.1  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.714213  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0505  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
80 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0343  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
80 aa  53.1  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3211  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
80 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000938667 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1057  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.67 
 
 
75 aa  53.5  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.900986  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2177  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.26 
 
 
76 aa  53.5  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000361923  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1050  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.71 
 
 
70 aa  53.1  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0438  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.24 
 
 
84 aa  53.1  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2238  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.29 
 
 
78 aa  53.1  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.264356 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00374  hypothetical protein  50 
 
 
80 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0399  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.35 
 
 
84 aa  53.5  0.000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.171686  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0542  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.24 
 
 
84 aa  53.1  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2769  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  49.12 
 
 
79 aa  53.1  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.365151 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1075  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45 
 
 
81 aa  53.5  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00074506  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2036  exonuclease VII, small subunit  40 
 
 
77 aa  53.1  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1147  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  43.28 
 
 
80 aa  52.8  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.164326  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2569  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50.88 
 
 
78 aa  52.8  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0788452  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2587  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.07 
 
 
83 aa  52.8  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00858119  normal  0.452628 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2436  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.27 
 
 
85 aa  52.4  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1345  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  48.33 
 
 
79 aa  52.8  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00230985  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1384  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  48.33 
 
 
79 aa  53.1  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.402794 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1359  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  48.33 
 
 
79 aa  53.1  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00292788  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3001  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  48.33 
 
 
79 aa  52.8  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.121829  decreased coverage  0.0000000571856 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2790  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  39.29 
 
 
79 aa  52.4  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.282192  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>