226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3248 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3774  exodeoxyribonuclease VII small subunit  100 
 
 
97 aa  194  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00863673  normal  0.0479075 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3248  exodeoxyribonuclease VII small subunit  100 
 
 
97 aa  194  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.344342  normal  0.0166439 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3650  exodeoxyribonuclease VII small subunit  97.94 
 
 
97 aa  189  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4488  exodeoxyribonuclease VII small subunit  97.94 
 
 
97 aa  189  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3877  exodeoxyribonuclease VII small subunit  97.94 
 
 
97 aa  189  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.209796 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2213  exodeoxyribonuclease VII small subunit  96.91 
 
 
97 aa  187  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.190434  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4822  exodeoxyribonuclease VII small subunit  90.72 
 
 
93 aa  169  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.237878  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0328  exodeoxyribonuclease VII small subunit  84.54 
 
 
97 aa  163  6.9999999999999995e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0844  exodeoxyribonuclease VII small subunit  84.54 
 
 
104 aa  163  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0612  exodeoxyribonuclease VII small subunit  84.54 
 
 
104 aa  163  6.9999999999999995e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1510  exodeoxyribonuclease VII small subunit  84.54 
 
 
97 aa  163  6.9999999999999995e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1704  exodeoxyribonuclease VII small subunit  84.54 
 
 
97 aa  163  6.9999999999999995e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2536  exodeoxyribonuclease VII small subunit  84.54 
 
 
97 aa  163  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2394  exodeoxyribonuclease VII small subunit  84.54 
 
 
97 aa  163  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0362  exodeoxyribonuclease VII small subunit  84.54 
 
 
97 aa  163  6.9999999999999995e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2829  exodeoxyribonuclease VII small subunit  72.28 
 
 
102 aa  127  6e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6783  exodeoxyribonuclease VII small subunit  71.29 
 
 
102 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.277557  hitchhiker  0.0000961691 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3950  exodeoxyribonuclease VII small subunit  66.35 
 
 
105 aa  122  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2428  exodeoxyribonuclease VII small subunit  65 
 
 
94 aa  96.3  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2223  exodeoxyribonuclease VII small subunit  73.85 
 
 
94 aa  95.1  3e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0880  exodeoxyribonuclease VII small subunit  69.57 
 
 
103 aa  94.7  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2617  exodeoxyribonuclease VII small subunit  61.04 
 
 
102 aa  92.8  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.113058  normal  0.543608 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2035  exodeoxyribonuclease VII small subunit  77.05 
 
 
95 aa  92  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1569  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  52.44 
 
 
88 aa  83.6  8e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0881  exodeoxyribonuclease VII small subunit  60.32 
 
 
80 aa  79  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1499  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  52.63 
 
 
93 aa  78.6  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0954  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  48.24 
 
 
81 aa  73.6  0.0000000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2013  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  53.85 
 
 
117 aa  73.2  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.322776  hitchhiker  0.00272964 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2633  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.81 
 
 
86 aa  72.8  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.665476  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1036  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  48.81 
 
 
89 aa  72.4  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.121461 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3059  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.7 
 
 
79 aa  70.9  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.046824  hitchhiker  0.0000314592 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3281  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  54.1 
 
 
77 aa  70.9  0.000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1745  exodeoxyribonuclease VII small subunit  54.69 
 
 
93 aa  70.1  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2240  exonuclease VII small subunit  50.77 
 
 
78 aa  68.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.754101  normal  0.0392595 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0234  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.69 
 
 
84 aa  69.3  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.733912  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3371  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.86 
 
 
81 aa  67.8  0.00000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2877  exonuclease VII, small subunit  53.23 
 
 
95 aa  67.4  0.00000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2131  exodeoxyribonuclease VII small subunit  57.41 
 
 
85 aa  65.5  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.62561  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1424  Exonuclease VII small subunit  54.24 
 
 
77 aa  64.7  0.0000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.506182  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0834  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.35 
 
 
85 aa  64.3  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00522049  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1776  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50 
 
 
84 aa  62.4  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0782365  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2036  exonuclease VII, small subunit  55.56 
 
 
77 aa  61.6  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1706  exonuclease VII, small subunit  52.54 
 
 
77 aa  61.6  0.000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1652  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.72 
 
 
88 aa  61.2  0.000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1600  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.72 
 
 
88 aa  60.8  0.000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.937975  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0819  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  47.06 
 
 
76 aa  58.5  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0946  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.97 
 
 
85 aa  58.5  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01898  exodeoxyribonuclease VII small subunit  53.23 
 
 
86 aa  57.4  0.00000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.90032  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1936  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.64 
 
 
76 aa  57  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0097  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.16 
 
 
101 aa  57  0.00000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0574  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.37 
 
 
82 aa  57  0.00000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.37 
 
 
82 aa  57  0.00000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5005  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.85 
 
 
80 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2405  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.64 
 
 
75 aa  56.2  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000772835  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3840  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  51.85 
 
 
132 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.77898  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2184  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.82 
 
 
77 aa  55.8  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000051669  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0700  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50 
 
 
81 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0606  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
81 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.60315  normal  0.0881534 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1059  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.15 
 
 
80 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.378404  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.39 
 
 
80 aa  55.8  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.375138  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1080  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.18 
 
 
87 aa  55.5  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000691643 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11570  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.15 
 
 
80 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2893  exodeoxyribonuclease VII small subunit  53.7 
 
 
86 aa  55.8  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0917  Exonuclease VII small subunit  52.63 
 
 
66 aa  55.8  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.074479 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1256  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.18 
 
 
75 aa  55.1  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000890426  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07890  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.39 
 
 
80 aa  55.5  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0166035  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3027  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.18 
 
 
75 aa  55.1  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0581  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
80 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3251  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.86 
 
 
84 aa  53.5  0.0000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1677  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  48.15 
 
 
109 aa  53.5  0.0000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.155573  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2788  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.83 
 
 
78 aa  52.8  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0306157  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2177  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.64 
 
 
76 aa  52.8  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000361923  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0529  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.15 
 
 
80 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0563  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.15 
 
 
80 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159377  normal  0.90532 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0417  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.43 
 
 
90 aa  52.8  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1984  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40 
 
 
87 aa  52.8  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0574  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.15 
 
 
80 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1199  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  38.89 
 
 
88 aa  52  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0471  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.64 
 
 
80 aa  52  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3072  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.43 
 
 
84 aa  51.6  0.000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0526  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.64 
 
 
80 aa  52  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0463  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.64 
 
 
80 aa  52  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0484  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.64 
 
 
80 aa  52  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3110  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.43 
 
 
84 aa  51.6  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0903  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.91 
 
 
86 aa  51.6  0.000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0465  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.64 
 
 
80 aa  52  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00370  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.13 
 
 
80 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3187  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  39.13 
 
 
80 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.498051  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0458  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.13 
 
 
80 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0493  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.13 
 
 
80 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00374  hypothetical protein  39.13 
 
 
80 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0343  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.13 
 
 
80 aa  51.2  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0505  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.13 
 
 
80 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0453  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.13 
 
 
80 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3211  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.13 
 
 
80 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000938667 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1514  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.3 
 
 
83 aa  51.2  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1321  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.82 
 
 
83 aa  51.2  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2892  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.54 
 
 
82 aa  50.8  0.000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2769  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  38.46 
 
 
79 aa  50.8  0.000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.365151 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0954  Exonuclease VII small subunit  35.14 
 
 
90 aa  50.4  0.000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.863468  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>