252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2035 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2035  exodeoxyribonuclease VII small subunit  100 
 
 
95 aa  187  4e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2428  exodeoxyribonuclease VII small subunit  94.74 
 
 
94 aa  174  3e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2223  exodeoxyribonuclease VII small subunit  83.16 
 
 
94 aa  148  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0880  exodeoxyribonuclease VII small subunit  78.57 
 
 
103 aa  127  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2617  exodeoxyribonuclease VII small subunit  70.1 
 
 
102 aa  125  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.113058  normal  0.543608 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2829  exodeoxyribonuclease VII small subunit  64.63 
 
 
102 aa  97.4  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6783  exodeoxyribonuclease VII small subunit  64.63 
 
 
102 aa  97.4  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.277557  hitchhiker  0.0000961691 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3774  exodeoxyribonuclease VII small subunit  65 
 
 
97 aa  96.7  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00863673  normal  0.0479075 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3650  exodeoxyribonuclease VII small subunit  65 
 
 
97 aa  96.3  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3950  exodeoxyribonuclease VII small subunit  63.29 
 
 
105 aa  96.7  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4488  exodeoxyribonuclease VII small subunit  65 
 
 
97 aa  96.3  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3248  exodeoxyribonuclease VII small subunit  65 
 
 
97 aa  96.7  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.344342  normal  0.0166439 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3877  exodeoxyribonuclease VII small subunit  65 
 
 
97 aa  96.3  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.209796 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2213  exodeoxyribonuclease VII small subunit  63.75 
 
 
97 aa  95.1  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.190434  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0612  exodeoxyribonuclease VII small subunit  60.47 
 
 
104 aa  94.4  4e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4822  exodeoxyribonuclease VII small subunit  60.67 
 
 
93 aa  94.7  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.237878  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0844  exodeoxyribonuclease VII small subunit  60.71 
 
 
104 aa  92  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0328  exodeoxyribonuclease VII small subunit  62.5 
 
 
97 aa  91.7  3e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0362  exodeoxyribonuclease VII small subunit  62.5 
 
 
97 aa  91.7  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2394  exodeoxyribonuclease VII small subunit  62.5 
 
 
97 aa  91.7  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1510  exodeoxyribonuclease VII small subunit  62.5 
 
 
97 aa  91.7  3e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1704  exodeoxyribonuclease VII small subunit  62.5 
 
 
97 aa  91.7  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2536  exodeoxyribonuclease VII small subunit  62.5 
 
 
97 aa  91.7  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1569  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  51.19 
 
 
88 aa  86.7  9e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2633  exodeoxyribonuclease VII small subunit  59.21 
 
 
86 aa  85.9  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.665476  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0881  exodeoxyribonuclease VII small subunit  62.69 
 
 
80 aa  84.7  4e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2877  exonuclease VII, small subunit  53.16 
 
 
95 aa  82.8  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1745  exodeoxyribonuclease VII small subunit  58.73 
 
 
93 aa  80.1  0.000000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2131  exodeoxyribonuclease VII small subunit  60 
 
 
85 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.62561  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3371  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  53.25 
 
 
81 aa  79.7  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1499  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  55.07 
 
 
93 aa  79.7  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1776  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  54.69 
 
 
84 aa  76.3  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0782365  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2013  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  53.73 
 
 
117 aa  75.5  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.322776  hitchhiker  0.00272964 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1036  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  52.63 
 
 
89 aa  76.3  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.121461 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0234  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.61 
 
 
84 aa  74.3  0.0000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.733912  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0954  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50 
 
 
81 aa  73.6  0.0000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2240  exonuclease VII small subunit  45.35 
 
 
78 aa  73.2  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.754101  normal  0.0392595 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3281  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  55.74 
 
 
77 aa  72.4  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3059  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.17 
 
 
79 aa  71.2  0.000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.046824  hitchhiker  0.0000314592 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0834  exodeoxyribonuclease VII small subunit  53.09 
 
 
85 aa  70.9  0.000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00522049  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3251  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.25 
 
 
84 aa  67.8  0.00000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1424  Exonuclease VII small subunit  57.41 
 
 
77 aa  67.8  0.00000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.506182  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0819  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  47.89 
 
 
76 aa  66.2  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3110  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45 
 
 
84 aa  65.5  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3072  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45 
 
 
84 aa  65.5  0.0000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1706  exonuclease VII, small subunit  55.56 
 
 
77 aa  65.1  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0097  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.72 
 
 
101 aa  63.9  0.0000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3083  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.71 
 
 
82 aa  63.9  0.0000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0946  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.25 
 
 
85 aa  62.8  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1080  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.47 
 
 
87 aa  62  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000691643 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2036  exonuclease VII, small subunit  48.33 
 
 
77 aa  61.6  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2436  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50.75 
 
 
85 aa  62  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00370  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.47 
 
 
80 aa  61.2  0.000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3187  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.47 
 
 
80 aa  61.2  0.000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.498051  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0458  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.47 
 
 
80 aa  61.2  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00374  hypothetical protein  42.47 
 
 
80 aa  61.2  0.000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3211  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.47 
 
 
80 aa  61.2  0.000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000938667 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0343  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.47 
 
 
80 aa  61.2  0.000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0493  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.47 
 
 
80 aa  61.2  0.000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3279  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.24 
 
 
82 aa  61.6  0.000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0505  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.47 
 
 
80 aa  61.2  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0453  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.47 
 
 
80 aa  61.2  0.000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2893  exodeoxyribonuclease VII small subunit  55 
 
 
86 aa  61.2  0.000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2892  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.33 
 
 
82 aa  61.2  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1032  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.84 
 
 
82 aa  60.8  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1677  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.33 
 
 
109 aa  60.1  0.000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.155573  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0471  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.46 
 
 
80 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0526  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.46 
 
 
80 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0484  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.46 
 
 
80 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0465  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.46 
 
 
80 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1652  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.06 
 
 
88 aa  59.7  0.00000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0463  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.46 
 
 
80 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1321  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  43.06 
 
 
83 aa  59.3  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6797  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40.24 
 
 
94 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163523  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1600  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44 
 
 
88 aa  58.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.937975  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0889  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.67 
 
 
80 aa  58.9  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6392  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40.24 
 
 
94 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.16226 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0417  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  47.54 
 
 
90 aa  57.8  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01427  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.08 
 
 
120 aa  57.4  0.00000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01898  exodeoxyribonuclease VII small subunit  54.55 
 
 
86 aa  57  0.00000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.90032  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4304  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.88 
 
 
83 aa  56.6  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.185821  normal  0.148391 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.84 
 
 
82 aa  56.2  0.0000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3840  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.68 
 
 
132 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.77898  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0574  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.84 
 
 
82 aa  56.2  0.0000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4459  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.31 
 
 
83 aa  55.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.340877  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1059  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.06 
 
 
80 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.378404  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11570  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.06 
 
 
80 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1147  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  38.57 
 
 
80 aa  55.5  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.164326  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1698  Exodeoxyribonuclease VII small subunit  34.72 
 
 
90 aa  55.1  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.120092 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1903  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  38.36 
 
 
78 aa  54.7  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.541864  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1984  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  38.1 
 
 
87 aa  54.7  0.0000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0954  Exonuclease VII small subunit  32.84 
 
 
90 aa  53.9  0.0000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.863468  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4031  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.03 
 
 
76 aa  53.9  0.0000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0705396  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.06 
 
 
80 aa  53.9  0.0000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.375138  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1023  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.3 
 
 
83 aa  53.5  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143685  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4252  exodeoxyribonuclease VII small subunit  36.62 
 
 
76 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0449361  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2277  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.82 
 
 
76 aa  53.1  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5005  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.06 
 
 
80 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4569  Exonuclease VII small subunit  33.78 
 
 
75 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4825  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  37.88 
 
 
93 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.129421  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>