187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1706 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009379  Pnuc_1706  exonuclease VII, small subunit  100 
 
 
77 aa  156  9e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1424  Exonuclease VII small subunit  88.31 
 
 
77 aa  140  4e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.506182  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2131  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.58 
 
 
85 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.62561  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2829  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
102 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2428  exodeoxyribonuclease VII small subunit  57.41 
 
 
94 aa  66.6  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3059  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.28 
 
 
79 aa  65.9  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.046824  hitchhiker  0.0000314592 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6783  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
102 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.277557  hitchhiker  0.0000961691 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0880  exodeoxyribonuclease VII small subunit  53.45 
 
 
103 aa  64.7  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2223  exodeoxyribonuclease VII small subunit  55.56 
 
 
94 aa  64.3  0.0000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2035  exodeoxyribonuclease VII small subunit  54.55 
 
 
95 aa  63.9  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1776  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50.91 
 
 
84 aa  63.9  0.0000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0782365  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4822  exodeoxyribonuclease VII small subunit  55.17 
 
 
93 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.237878  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2213  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.54 
 
 
97 aa  62  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.190434  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4488  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.54 
 
 
97 aa  62  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3877  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.54 
 
 
97 aa  62  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.209796 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3650  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.54 
 
 
97 aa  62  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3371  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.56 
 
 
81 aa  61.2  0.000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0844  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.73 
 
 
104 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0612  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.73 
 
 
104 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3248  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.54 
 
 
97 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.344342  normal  0.0166439 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3774  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.54 
 
 
97 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00863673  normal  0.0479075 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0328  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.73 
 
 
97 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1510  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.73 
 
 
97 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1704  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.73 
 
 
97 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2536  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.73 
 
 
97 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2394  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.73 
 
 
97 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0362  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.73 
 
 
97 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2617  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
102 aa  60.5  0.000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.113058  normal  0.543608 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0881  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
80 aa  60.5  0.000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2633  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.67 
 
 
86 aa  60.5  0.000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.665476  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3950  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.73 
 
 
105 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0529  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.45 
 
 
80 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0234  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.65 
 
 
84 aa  58.5  0.00000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.733912  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1600  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.61 
 
 
88 aa  58.5  0.00000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.937975  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1652  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.61 
 
 
88 aa  58.5  0.00000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0574  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.45 
 
 
80 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0563  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.45 
 
 
80 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159377  normal  0.90532 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01898  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.37 
 
 
86 aa  57  0.00000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.90032  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2240  exonuclease VII small subunit  48.15 
 
 
78 aa  56.2  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.754101  normal  0.0392595 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1499  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40 
 
 
93 aa  56.6  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0581  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.82 
 
 
80 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1569  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.45 
 
 
88 aa  55.5  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2013  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  48.15 
 
 
117 aa  55.5  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.322776  hitchhiker  0.00272964 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3220  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.82 
 
 
112 aa  55.5  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1036  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  37.5 
 
 
89 aa  55.1  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.121461 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1745  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.27 
 
 
93 aa  54.7  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2893  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.67 
 
 
86 aa  54.3  0.0000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0954  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  37.14 
 
 
81 aa  54.3  0.0000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5005  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.82 
 
 
80 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0431  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.31 
 
 
84 aa  53.1  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.468215  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1171  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.23 
 
 
113 aa  53.1  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.462861  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3840  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.11 
 
 
132 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.77898  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0438  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.31 
 
 
84 aa  53.1  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1059  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.64 
 
 
80 aa  52.8  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.378404  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0542  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.31 
 
 
84 aa  53.1  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0834  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.17 
 
 
85 aa  52.4  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00522049  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11570  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.64 
 
 
80 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2436  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44 
 
 
85 aa  52.8  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1199  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  37.5 
 
 
88 aa  52  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0495  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.31 
 
 
83 aa  51.6  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0700  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40 
 
 
81 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0606  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40 
 
 
81 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.60315  normal  0.0881534 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3281  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.59 
 
 
77 aa  51.2  0.000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1984  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.61 
 
 
87 aa  51.2  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1147  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40.74 
 
 
80 aa  51.2  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.164326  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2249  exodeoxyribonuclease VII small subunit  36.36 
 
 
76 aa  50.8  0.000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2036  exonuclease VII, small subunit  46.43 
 
 
77 aa  50.8  0.000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1321  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  37.5 
 
 
83 aa  50.8  0.000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0574  exodeoxyribonuclease VII small subunit  33.33 
 
 
82 aa  50.4  0.000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  33.33 
 
 
82 aa  50.4  0.000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0569  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.38 
 
 
83 aa  50.4  0.000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.72936  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.38 
 
 
83 aa  50.4  0.000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.199562 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2277  exodeoxyribonuclease VII small subunit  34.55 
 
 
76 aa  50.1  0.00001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3327  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  37.5 
 
 
79 aa  49.7  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.779429  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1104  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.31 
 
 
85 aa  48.9  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2617  exodeoxyribonuclease VII small subunit  35.82 
 
 
122 aa  48.9  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2877  exonuclease VII, small subunit  44.44 
 
 
95 aa  49.3  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8276  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50 
 
 
81 aa  49.3  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.293612  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1023  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.31 
 
 
83 aa  48.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143685  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2195  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.11 
 
 
87 aa  48.5  0.00003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0946  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.4 
 
 
85 aa  48.5  0.00003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3476  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  36.21 
 
 
79 aa  48.5  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.173082  hitchhiker  0.00255329 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2480  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.31 
 
 
83 aa  48.5  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07890  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.74 
 
 
80 aa  48.9  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0166035  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0819  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.51 
 
 
76 aa  48.1  0.00004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0779  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.31 
 
 
83 aa  48.1  0.00004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0998  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38 
 
 
83 aa  48.1  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1003  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  35 
 
 
86 aa  48.1  0.00004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000898352  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0779  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  38.89 
 
 
86 aa  48.1  0.00004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.144683  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4459  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.31 
 
 
83 aa  47.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.340877  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06260  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  37.5 
 
 
86 aa  47.8  0.00005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0413231  normal  0.0182875 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6392  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  37.04 
 
 
94 aa  47.8  0.00006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.16226 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6797  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  37.04 
 
 
94 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163523  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4825  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  35.85 
 
 
93 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.129421  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4304  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.31 
 
 
83 aa  47.4  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.185821  normal  0.148391 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3001  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  33.93 
 
 
79 aa  47.4  0.00007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.121829  decreased coverage  0.0000000571856 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2769  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  33.93 
 
 
79 aa  47.4  0.00007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.365151 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0733  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.46 
 
 
88 aa  47  0.00008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3991  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  35.85 
 
 
86 aa  47  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.112701  normal  0.027381 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  36.36 
 
 
80 aa  47.4  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.375138  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>