206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3371 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3371  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  100 
 
 
81 aa  161  3e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2633  exodeoxyribonuclease VII small subunit  75.34 
 
 
86 aa  108  4.0000000000000004e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.665476  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1499  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  63.75 
 
 
93 aa  96.7  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1569  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  61.04 
 
 
88 aa  95.5  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1745  exodeoxyribonuclease VII small subunit  68.75 
 
 
93 aa  92  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0954  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  56.76 
 
 
81 aa  90.1  8e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2877  exonuclease VII, small subunit  56.76 
 
 
95 aa  89.7  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2013  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  63.64 
 
 
117 aa  89.4  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.322776  hitchhiker  0.00272964 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1036  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  58.9 
 
 
89 aa  89.7  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.121461 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2240  exonuclease VII small subunit  56.41 
 
 
78 aa  89  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.754101  normal  0.0392595 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3281  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  61.29 
 
 
77 aa  80.5  0.000000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2428  exodeoxyribonuclease VII small subunit  54.67 
 
 
94 aa  79.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2223  exodeoxyribonuclease VII small subunit  56.34 
 
 
94 aa  77  0.00000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0880  exodeoxyribonuclease VII small subunit  54.79 
 
 
103 aa  76.3  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2617  exodeoxyribonuclease VII small subunit  54.67 
 
 
102 aa  74.3  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.113058  normal  0.543608 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2131  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.67 
 
 
85 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.62561  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0881  exodeoxyribonuclease VII small subunit  53.97 
 
 
80 aa  69.3  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2035  exodeoxyribonuclease VII small subunit  53.97 
 
 
95 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3774  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.86 
 
 
97 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00863673  normal  0.0479075 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3248  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.86 
 
 
97 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.344342  normal  0.0166439 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2213  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.77 
 
 
97 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.190434  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4488  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.77 
 
 
97 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3650  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.77 
 
 
97 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4822  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.34 
 
 
93 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.237878  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3877  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.77 
 
 
97 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.209796 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3950  exodeoxyribonuclease VII small subunit  53.97 
 
 
105 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0328  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.65 
 
 
97 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0844  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.65 
 
 
104 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0234  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.56 
 
 
84 aa  65.5  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.733912  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0612  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.37 
 
 
104 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1510  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.65 
 
 
97 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1704  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.65 
 
 
97 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2536  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.65 
 
 
97 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2394  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.65 
 
 
97 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0362  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.65 
 
 
97 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6783  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.37 
 
 
102 aa  64.7  0.0000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.277557  hitchhiker  0.0000961691 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2829  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.37 
 
 
102 aa  64.7  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1424  Exonuclease VII small subunit  52.73 
 
 
77 aa  62  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.506182  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3059  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.03 
 
 
79 aa  61.2  0.000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.046824  hitchhiker  0.0000314592 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1706  exonuclease VII, small subunit  41.56 
 
 
77 aa  61.2  0.000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1776  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.43 
 
 
84 aa  58.2  0.00000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0782365  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00370  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.65 
 
 
80 aa  57.8  0.00000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3187  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.65 
 
 
80 aa  57.8  0.00000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.498051  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3211  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.65 
 
 
80 aa  57.8  0.00000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000938667 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0505  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.65 
 
 
80 aa  57.8  0.00000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00374  hypothetical protein  42.65 
 
 
80 aa  57.8  0.00000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0343  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.65 
 
 
80 aa  57.8  0.00000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0493  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.65 
 
 
80 aa  57.8  0.00000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0458  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.65 
 
 
80 aa  57.8  0.00000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0453  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.65 
 
 
80 aa  57.8  0.00000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0819  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  43.06 
 
 
76 aa  57.4  0.00000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0463  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.43 
 
 
80 aa  55.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0471  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.43 
 
 
80 aa  55.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0465  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.43 
 
 
80 aa  55.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0526  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.43 
 
 
80 aa  55.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0484  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.43 
 
 
80 aa  55.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1199  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.03 
 
 
88 aa  54.7  0.0000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1080  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.68 
 
 
87 aa  53.9  0.0000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000691643 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2254  exodeoxyribonuclease VII small subunit  35.71 
 
 
83 aa  53.9  0.0000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0590284  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1600  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.48 
 
 
88 aa  53.9  0.0000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.937975  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0889  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.64 
 
 
80 aa  53.9  0.0000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3251  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.8 
 
 
84 aa  53.5  0.0000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3279  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.68 
 
 
82 aa  53.1  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1032  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.68 
 
 
82 aa  53.1  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02371  exodeoxyribonuclease small subunit  40.58 
 
 
110 aa  53.1  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1652  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.51 
 
 
88 aa  53.1  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3110  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.8 
 
 
84 aa  52.4  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3072  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.8 
 
 
84 aa  52.4  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0834  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.48 
 
 
85 aa  52  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00522049  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1024  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40.74 
 
 
75 aa  51.6  0.000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0779  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  34.78 
 
 
86 aa  51.2  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.144683  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0495  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.31 
 
 
83 aa  51.2  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2989  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  35.71 
 
 
82 aa  50.8  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.247958  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3083  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  36.23 
 
 
82 aa  50.4  0.000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2617  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.88 
 
 
122 aa  50.4  0.000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1321  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  39.66 
 
 
83 aa  50.4  0.000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01427  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.64 
 
 
120 aa  49.7  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1075  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.79 
 
 
81 aa  50.1  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00074506  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2892  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  38.24 
 
 
82 aa  49.3  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12190  Exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.79 
 
 
83 aa  49.3  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2781  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40.68 
 
 
80 aa  49.7  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.210066  normal  0.56065 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4031  exodeoxyribonuclease VII small subunit  35.38 
 
 
76 aa  48.9  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0705396  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2790  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  30.3 
 
 
79 aa  48.5  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.282192  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2872  exodeoxyribonuclease VII small subunit  35.38 
 
 
76 aa  48.1  0.00004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0380914  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0431  exodeoxyribonuclease VII small subunit  30.43 
 
 
84 aa  47.8  0.00005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.468215  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3220  exodeoxyribonuclease VII small subunit  33.33 
 
 
112 aa  47.8  0.00005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0542  exodeoxyribonuclease VII small subunit  30.43 
 
 
84 aa  47.8  0.00005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1345  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  36.23 
 
 
79 aa  47.8  0.00005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00230985  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2729  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.68 
 
 
79 aa  47.8  0.00005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00285704  normal  0.425427 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2802  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.68 
 
 
79 aa  47.8  0.00005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.269499  normal  0.706037 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1991  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  38.24 
 
 
155 aa  47.8  0.00005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3492  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  35.19 
 
 
82 aa  47.8  0.00005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000422868  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2899  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.68 
 
 
79 aa  47.8  0.00005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0152416  hitchhiker  0.000215653 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6797  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  36.25 
 
 
94 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163523  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1359  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  36.23 
 
 
79 aa  47.8  0.00005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00292788  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1277  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  37.68 
 
 
79 aa  47.8  0.00005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.11345  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0438  exodeoxyribonuclease VII small subunit  30.43 
 
 
84 aa  47.8  0.00005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1384  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  36.23 
 
 
79 aa  47.8  0.00005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.402794 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2321  exodeoxyribonuclease VII small subunit  33.85 
 
 
77 aa  47.4  0.00006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3296  exodeoxyribonuclease 7 small subunit  35.59 
 
 
80 aa  47.4  0.00006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>