190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3879 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3879  exodeoxyribonuclease VII small subunit  100 
 
 		 89 aa  176  1e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0847  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  67.61 
 
 		 110 aa  85.5  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.550336 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8276  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  60.87 
 
 		 81 aa  77.8  0.00000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.293612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5540  Exonuclease VII small subunit  62.9 
 
 		 66 aa  76.3  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.153566 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1100  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  60.29 
 
 		 86 aa  76.3  0.0000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0877  exonuclease VII, small subunit  72.73 
 
 		 70 aa  76.3  0.0000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1073  exodeoxyribonuclease VII small subunit  67.8 
 
 		 77 aa  75.5  0.0000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16330  Exodeoxyribonuclease VII small subunit  75 
 
 		 95 aa  75.9  0.0000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1005  Exonuclease VII small subunit  67.8 
 
 		 72 aa  75.1  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0128  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  55.22 
 
 		 88 aa  75.5  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.310342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0822  exonuclease VII small subunit  70.91 
 
 		 70 aa  73.9  0.0000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0239086 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1876  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  66.67 
 
 		 96 aa  71.6  0.000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8484  Exonuclease VII small subunit-like protein  66.67 
 
 		 97 aa  72  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.901449 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4390  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  59.68 
 
 		 89 aa  71.2  0.000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.86848  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0725  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  66.67 
 
 		 69 aa  71.2  0.000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3069  exodeoxyribonuclease VII small subunit  68.52 
 
 		 82 aa  69.7  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2836  exodeoxyribonuclease VII small subunit  58.06 
 
 		 76 aa  68.9  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0182244  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31510  Exodeoxyribonuclease VII small subunit  66.04 
 
 		 105 aa  68.2  0.00000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0551924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2551  exodeoxyribonuclease VII small subunit  61.29 
 
 		 72 aa  68.2  0.00000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000943979 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22980  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  61.82 
 
 		 104 aa  68.2  0.00000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.435723  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26440  Exodeoxyribonuclease VII small subunit  65.45 
 
 		 91 aa  67.4  0.00000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.102851  normal  0.416491 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0467  exodeoxyribonuclease VII small subunit  60 
 
 		 81 aa  67  0.00000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1088  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  71.74 
 
 		 77 aa  66.6  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0317888  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3117  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  58.33 
 
 		 70 aa  65.5  0.0000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.03656  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0937  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  70 
 
 		 92 aa  64.7  0.0000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4634  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  57.63 
 
 		 70 aa  64.3  0.0000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.233214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11129  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.32 
 
 		 85 aa  64.3  0.0000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0745  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  53.12 
 
 		 78 aa  63.2  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.6177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1121  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  65.96 
 
 		 78 aa  63.5  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.759442 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1677  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  52.54 
 
 		 79 aa  61.2  0.000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2076  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  54.24 
 
 		 69 aa  60.1  0.000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0624924  normal  0.162947 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4108  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.54 
 
 		 70 aa  58.9  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4184  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.54 
 
 		 70 aa  58.9  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0286083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4339  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.54 
 
 		 70 aa  58.9  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0975539 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2195  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  53.85 
 
 		 87 aa  57.8  0.00000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0634  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.78 
 
 		 83 aa  57  0.00000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.714213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3991  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  53.7 
 
 		 86 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.112701  normal  0.027381 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4825  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  52 
 
 		 93 aa  55.5  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.129421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6392  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.86 
 
 		 94 aa  55.5  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.16226 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1171  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  51.85 
 
 		 113 aa  55.8  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.462861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4459  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.59 
 
 		 83 aa  55.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.340877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1150  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.54 
 
 		 82 aa  55.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4304  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.59 
 
 		 83 aa  54.7  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.185821  normal  0.148391 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0998  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.94 
 
 		 83 aa  54.7  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1023  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.55 
 
 		 83 aa  53.9  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143685  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 		 83 aa  53.9  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.199562 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0569  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 		 83 aa  53.9  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.72936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2254  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.85 
 
 		 83 aa  53.5  0.0000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0590284  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2480  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.55 
 
 		 83 aa  53.9  0.0000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4308  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  52 
 
 		 88 aa  53.9  0.0000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.8627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4677  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  52 
 
 		 88 aa  53.9  0.0000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.374802  normal  0.592453 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0779  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.55 
 
 		 83 aa  53.5  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1677  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40 
 
 		 109 aa  52.4  0.000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.155573  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6797  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.56 
 
 		 94 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163523  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2249  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.37 
 
 		 76 aa  52  0.000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0430  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  52.83 
 
 		 106 aa  52  0.000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000201128 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1927  exonuclease VII small subunit  50 
 
 		 100 aa  51.2  0.000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.894899  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1104  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  48.15 
 
 		 85 aa  51.2  0.000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4745  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.44 
 
 		 97 aa  51.6  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.820479 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20420  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  51.92 
 
 		 149 aa  51.6  0.000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.672892  normal  0.487259 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4822  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.74 
 
 		 93 aa  51.2  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.237878  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2277  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.68 
 
 		 76 aa  50.8  0.000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0819  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  46.3 
 
 		 76 aa  50.4  0.000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2428  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.54 
 
 		 94 aa  50.4  0.000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0917  Exonuclease VII small subunit  56 
 
 		 66 aa  49.7  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.074479 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1169  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.26 
 
 		 82 aa  50.1  0.00001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0021  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40.38 
 
 		 105 aa  50.1  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2036  exonuclease VII, small subunit  48.15 
 
 		 77 aa  49.3  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0612  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.66 
 
 		 104 aa  49.7  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2829  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.06 
 
 		 102 aa  49.3  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2922  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.62 
 
 		 81 aa  49.3  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.67181 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6783  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.06 
 
 		 102 aa  49.3  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.277557  hitchhiker  0.0000961691 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0495  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.15 
 
 		 83 aa  49.3  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01898  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.68 
 
 		 86 aa  49.3  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.90032  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0431  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.23 
 
 		 84 aa  48.5  0.00003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.468215  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0438  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.23 
 
 		 84 aa  48.5  0.00003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0542  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.23 
 
 		 84 aa  48.5  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0844  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.25 
 
 		 104 aa  48.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0090  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.67 
 
 		 80 aa  47.8  0.00004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3296  exodeoxyribonuclease 7 small subunit  43.33 
 
 		 80 aa  48.1  0.00004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00370  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.07 
 
 		 80 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3187  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.07 
 
 		 80 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.498051  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0343  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.07 
 
 		 80 aa  47.8  0.00005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0328  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.25 
 
 		 97 aa  47.8  0.00005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0505  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.07 
 
 		 80 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00374  hypothetical protein  44.07 
 
 		 80 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2213  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.43 
 
 		 97 aa  47.8  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.190434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1776  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  37.29 
 
 		 84 aa  47.8  0.00005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0782365  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1510  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.25 
 
 		 97 aa  47.8  0.00005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1704  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.25 
 
 		 97 aa  47.8  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3211  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.07 
 
 		 80 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000938667 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0834  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.1 
 
 		 85 aa  47.8  0.00005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00522049  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2536  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.25 
 
 		 97 aa  47.8  0.00005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2394  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.25 
 
 		 97 aa  47.8  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0362  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.25 
 
 		 97 aa  47.8  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0458  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.07 
 
 		 80 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0493  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.07 
 
 		 80 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0453  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.07 
 
 		 80 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4488  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.43 
 
 		 97 aa  47.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3650  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.43 
 
 		 97 aa  47.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>