More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4080 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_4080  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
336 aa  644    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.234501  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.63 
 
 
347 aa  342  7e-93  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.213403  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2702  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.65 
 
 
354 aa  275  7e-73  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0848085  normal  0.577467 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4398  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.87 
 
 
337 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3375  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.41 
 
 
329 aa  160  3e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.210479 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0883  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.39 
 
 
329 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.52969 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0877  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.39 
 
 
329 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0894  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.39 
 
 
329 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3154  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.2 
 
 
347 aa  156  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1564  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.19 
 
 
338 aa  129  6e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.648797  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1819  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.83 
 
 
343 aa  126  5e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000110086  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5626  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.74 
 
 
322 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0770321  normal  0.518626 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8881  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.86 
 
 
341 aa  116  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.282171  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13757  oxidoreductase  38.21 
 
 
309 aa  116  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.142095 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5247  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.11 
 
 
322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.105316  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5335  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.11 
 
 
322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.323313 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0058  dihydrokaempferol 4-reductase  32.07 
 
 
333 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2444  hopanoid-associated sugar epimerase  32.53 
 
 
329 aa  112  1.0000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0825  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.82 
 
 
347 aa  109  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.862979  normal  0.686614 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0687  dihydroflavonol 4-reductase, putative  31.1 
 
 
328 aa  108  9.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0174586  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20730  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, RmlD  30.09 
 
 
340 aa  108  9.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.989981  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2029  hopanoid-associated sugar epimerase  27 
 
 
329 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2055  hopanoid-associated sugar epimerase  27 
 
 
329 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5194  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.85 
 
 
316 aa  107  4e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.524902  normal  0.0880235 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1741  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.61 
 
 
328 aa  106  6e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3152  hopanoid-associated sugar epimerase  29.48 
 
 
340 aa  104  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2821  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.71 
 
 
328 aa  103  3e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0273473  normal  0.296393 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5153  hopanoid-associated sugar epimerase  29.61 
 
 
342 aa  102  7e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5422  hopanoid-associated sugar epimerase  30.45 
 
 
328 aa  102  9e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.969886  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.34 
 
 
355 aa  101  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.407115  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1019  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.3 
 
 
328 aa  101  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.91 
 
 
340 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7040  hopanoid-associated sugar epimerase  28.74 
 
 
336 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000519767 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.88 
 
 
330 aa  99.8  7e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.5 
 
 
340 aa  99.4  7e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4170  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.96 
 
 
358 aa  99  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117289  normal  0.322206 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1325  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.21 
 
 
340 aa  98.6  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0884  hopanoid-associated sugar epimerase  29.13 
 
 
329 aa  97.8  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000222195 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1280  dihydroflavonol-4-reductase family protein  29.73 
 
 
338 aa  97.4  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4126  hopanoid-associated sugar epimerase  28.13 
 
 
336 aa  97.1  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1211  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.36 
 
 
347 aa  97.4  3e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2924  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.73 
 
 
335 aa  97.4  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0488644  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.91 
 
 
342 aa  96.7  6e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.793849  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3361  hopanoid-associated sugar epimerase  32.09 
 
 
329 aa  96.3  7e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0322515  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1218  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.41 
 
 
327 aa  96.3  7e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3049  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.73 
 
 
335 aa  96.3  7e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.138998  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3280  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.5 
 
 
322 aa  96.3  7e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.733793  normal  0.122087 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5420  hopanoid-associated sugar epimerase  29.48 
 
 
335 aa  95.9  8e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4873  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
335 aa  95.9  9e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2237  dihydroflavonol-4-reductase family protein  29.13 
 
 
335 aa  95.9  9e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.7 
 
 
355 aa  95.1  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.129655 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0121  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.85 
 
 
361 aa  95.5  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.52 
 
 
319 aa  95.5  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
335 aa  95.5  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4723  hopanoid-associated sugar epimerase  28.57 
 
 
335 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5311  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
335 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.114305  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5549  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
335 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.482021  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0976  dihydroflavonol-4-reductase family protein  29.7 
 
 
338 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1263  dihydroflavonol-4-reductase family protein  29.7 
 
 
338 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2216  hopanoid-associated sugar epimerase  27.73 
 
 
341 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.313238  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0022  hypothetical protein  28.53 
 
 
336 aa  94.7  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0864  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.68 
 
 
328 aa  94.7  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1833  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.15 
 
 
335 aa  94.4  3e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1940  hopanoid-associated sugar epimerase  27.73 
 
 
341 aa  94  3e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3257  hopanoid-associated sugar epimerase  28.57 
 
 
335 aa  93.6  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.273856  normal  0.115519 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2241  dihydroflavonol-4-reductase family protein  29.62 
 
 
338 aa  93.6  5e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3239  hopanoid-associated sugar epimerase  27.51 
 
 
332 aa  92  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.109011 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2547  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.7 
 
 
334 aa  90.9  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000238477  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.36 
 
 
324 aa  91.3  2e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.87 
 
 
326 aa  91.3  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.86 
 
 
333 aa  90.5  3e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4897  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.33 
 
 
333 aa  90.1  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1830  hopanoid-associated sugar epimerase  30.95 
 
 
363 aa  89.7  6e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2234  hopanoid-associated sugar epimerase  26.79 
 
 
329 aa  89.4  7e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00968457  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1328  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.36 
 
 
329 aa  89.4  9e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0300237  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1831  hopanoid-associated sugar epimerase  27.43 
 
 
341 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1952  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.46 
 
 
341 aa  87.4  3e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.755227  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6351  hopanoid-associated sugar epimerase  30.63 
 
 
345 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1008  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  29.04 
 
 
338 aa  87.4  4e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.720845  normal  0.076451 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0524  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.81 
 
 
332 aa  87  4e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6145  putative NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  28.99 
 
 
341 aa  86.7  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0804381  normal  0.0679863 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.35 
 
 
358 aa  86.7  5e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0547255  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1017  nucleoside diphosphate sugar epimerase family protein  29.12 
 
 
328 aa  86.3  6e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.582194  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.23 
 
 
339 aa  85.9  8e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0678518 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.82 
 
 
341 aa  85.9  9e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1783  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.9 
 
 
334 aa  85.5  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.81312  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0829  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.66 
 
 
339 aa  85.1  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000444894  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1339  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.43 
 
 
331 aa  84.7  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2134  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.18 
 
 
329 aa  84.7  0.000000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1267  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.28 
 
 
330 aa  84.3  0.000000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1920  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.53 
 
 
346 aa  83.2  0.000000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.892292  hitchhiker  0.000398816 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0999  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.11 
 
 
329 aa  82.4  0.000000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.170606  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0825  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.97 
 
 
341 aa  82  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.214542  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0002  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  29.17 
 
 
322 aa  81.3  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7142  hopanoid-associated sugar epimerase  29.13 
 
 
347 aa  80.5  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.516154  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.41 
 
 
328 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1550  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.57 
 
 
357 aa  80.5  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.205711  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3275  hopanoid-associated sugar epimerase  29 
 
 
328 aa  80.5  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2122  hypothetical protein  29.13 
 
 
329 aa  80.1  0.00000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.744824  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1781  hopanoid-associated sugar epimerase  29.13 
 
 
329 aa  80.1  0.00000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.889296  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>