More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0448 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
277 aa  535  1e-151  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7723  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.04 
 
 
279 aa  358  6e-98  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3334  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.08 
 
 
299 aa  237  2e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2192  putative sugar ABC transporter, permease protein  50.76 
 
 
283 aa  235  6e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1103  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  52.14 
 
 
283 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.216355  normal  0.105298 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.3 
 
 
322 aa  233  2.0000000000000002e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.171707  normal  0.684803 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25430  carbohydrate ABC transporter membrane protein  51.15 
 
 
275 aa  216  4e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0542318  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.07 
 
 
273 aa  204  2e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9093  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.87 
 
 
281 aa  185  8e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.121796  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
271 aa  184  1.0000000000000001e-45  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7199  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.03 
 
 
276 aa  182  5.0000000000000004e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0554  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.53 
 
 
296 aa  180  2e-44  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0188  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.16 
 
 
277 aa  178  7e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
275 aa  177  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.275064  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4265  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.59 
 
 
293 aa  175  8e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0070  sugar ABC transporter permease  37.69 
 
 
271 aa  174  9.999999999999999e-43  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4287  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.24 
 
 
293 aa  173  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.08 
 
 
296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3341  putative sugar ABC transporter, permease protein  36.19 
 
 
292 aa  172  3.9999999999999995e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22127  normal  0.118781 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.32 
 
 
274 aa  172  6.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.610127  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.27 
 
 
297 aa  171  9e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02950  carbohydrate ABC transporter membrane protein  35.71 
 
 
297 aa  171  1e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05730  carbohydrate ABC transporter membrane protein  39.56 
 
 
308 aa  169  3e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.177084  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0306  sugar ABC transporter, permease protein  40.6 
 
 
275 aa  169  6e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.147324  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.96 
 
 
306 aa  169  6e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.433095 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.35 
 
 
282 aa  168  8e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00655693  normal  0.897951 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0887  sugar ABC transporter, permease protein  40.08 
 
 
280 aa  168  9e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453961  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
296 aa  168  9e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.174421 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0760  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.59 
 
 
280 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0312496  normal  0.789995 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2524  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.69 
 
 
281 aa  167  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1884  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  35.07 
 
 
278 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.683331 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.1 
 
 
279 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.675174  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.26 
 
 
276 aa  166  4e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.577285  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.09 
 
 
299 aa  166  4e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0255144 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.42 
 
 
275 aa  166  5e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3556  putative ABC transporter permease protein  35.96 
 
 
302 aa  165  5.9999999999999996e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.75 
 
 
307 aa  165  5.9999999999999996e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.151676  hitchhiker  0.00569855 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1682  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.03 
 
 
275 aa  165  8e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.299262  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.75 
 
 
303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0846293  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.21 
 
 
306 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.516891  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.46 
 
 
293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0624061  hitchhiker  0.00160002 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4134  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  36.55 
 
 
295 aa  163  3e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2099  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.21 
 
 
307 aa  163  3e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.642563  decreased coverage  0.0000998416 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.13 
 
 
283 aa  163  3e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.288724  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.25 
 
 
275 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.667129  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.34 
 
 
311 aa  162  6e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.578248 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7719  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
283 aa  162  7e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.75 
 
 
279 aa  160  2e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5335  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.96 
 
 
299 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.494114 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3142  sugar ABC transporter  33.81 
 
 
275 aa  160  2e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.367291  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.36 
 
 
308 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.809225  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.09 
 
 
312 aa  160  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.908761  normal  0.323454 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0956  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.35 
 
 
278 aa  160  2e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0399  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.98 
 
 
286 aa  160  2e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.35 
 
 
278 aa  160  2e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00136246  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2632  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.17 
 
 
281 aa  160  3e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.21 
 
 
286 aa  159  5e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.09 
 
 
277 aa  159  6e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.230637  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.48 
 
 
281 aa  159  6e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.21 
 
 
283 aa  159  7e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000511748  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.4 
 
 
283 aa  158  8e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697019  normal  0.0828938 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6792  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.63 
 
 
285 aa  158  8e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19780  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.68 
 
 
253 aa  158  1e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2701  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.59 
 
 
275 aa  157  2e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0563997  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11600  carbohydrate ABC transporter membrane protein  35.29 
 
 
283 aa  157  2e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1260  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.34 
 
 
291 aa  156  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3672  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  34.85 
 
 
277 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.191343  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0820  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.96 
 
 
291 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.85 
 
 
277 aa  155  7e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.353789  normal  0.790416 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
316 aa  155  8e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.523457 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.5 
 
 
275 aa  155  9e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1415  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.58 
 
 
292 aa  155  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0549  ABC-type sugar / sn-glycerol-3-phosphate transport system permease protein ugpE  34.98 
 
 
272 aa  154  2e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03720  carbohydrate ABC transporter membrane protein  37.77 
 
 
298 aa  154  2e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.652933 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1418  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
276 aa  153  2e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.6 
 
 
277 aa  154  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.31192  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.21 
 
 
281 aa  153  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.610418 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.65 
 
 
276 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0623  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.53 
 
 
285 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.587185  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.08 
 
 
295 aa  151  8.999999999999999e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.60944  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3773  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.63 
 
 
279 aa  151  1e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.468941  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0260  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.93 
 
 
280 aa  151  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.77 
 
 
286 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5474  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.83 
 
 
280 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.9066  normal  0.435889 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0023  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.23 
 
 
277 aa  151  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.275556  normal  0.424969 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.25 
 
 
276 aa  150  2e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.621344  normal  0.190746 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.21 
 
 
306 aa  150  2e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175385 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.62 
 
 
277 aa  150  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.161716 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04600  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.88 
 
 
277 aa  150  2e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.26 
 
 
279 aa  150  3e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.398115  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.81 
 
 
288 aa  149  3e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2070  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.11 
 
 
297 aa  149  4e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0665879  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.03 
 
 
275 aa  149  4e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.350213 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1089  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  37.02 
 
 
298 aa  149  5e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0183052 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7693  putative transmembrane permease component of ABC transporter  34.18 
 
 
286 aa  149  6e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.673988 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0352  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.46 
 
 
277 aa  149  6e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4119  ABC transporter permease protein  31.77 
 
 
303 aa  149  7e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0396939  normal  0.542053 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.87 
 
 
275 aa  148  9e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.607728  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0237  sugar ABC transporter, permease protein  31.37 
 
 
291 aa  147  1.0000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.963709  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6574  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.07 
 
 
276 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.315492  normal  0.863865 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>