More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1332 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1332  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 294 aa  594  1e-169  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5797  LysR family transcriptional regulator  64.97 
 
 		 295 aa  390  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.133299 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3308  LysR family transcriptional regulator  56.51 
 
 		 293 aa  343  2e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0221  transcriptional regulator, LysR family  56.66 
 
 		 293 aa  336  1.9999999999999998e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1636  transcriptional regulator, LysR family  56.85 
 
 		 293 aa  333  3e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0647  LysR family transcriptional regulator  55.71 
 
 		 301 aa  322  6e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0437  LysR family transcriptional regulator  53.18 
 
 		 299 aa  315  6e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0228897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0296  LysR family transcriptional regulator  52.51 
 
 		 328 aa  311  1e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1082  LysR family transcriptional regulator  53.82 
 
 		 307 aa  309  4e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0418  transcriptional regulator, LysR family  52.43 
 
 		 306 aa  300  2e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.302779  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2665  transcription regulator protein  44.52 
 
 		 296 aa  218  7.999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.824942  normal  0.672671 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2495  transcriptional regulator, LysR family  43.94 
 
 		 296 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2901  transcriptional regulator, LysR family  44.98 
 
 		 296 aa  210  2e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2788  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 296 aa  207  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2925  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 296 aa  205  7e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3860  LysR family transcriptional regulator  41.15 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4077  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 291 aa  152  4e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 		 309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2861  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.147603  normal  0.198863 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2952  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 306 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00119284  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2338  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 306 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152044  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2973  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 306 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.329734 
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36 
 
 		 313 aa  143  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2946  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6304  LysR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33840  putative transcriptional regulator  39.53 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.850535  normal  0.1847 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1339  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 312 aa  139  6e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1751  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 307 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.918707  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.15 
 
 		 334 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0375  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 307 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0416  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 307 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1228  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 307 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.272514  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1564  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 307 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.880758  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2871  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2989  transcriptional regulator  39.18 
 
 		 307 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.404761  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4553  hypothetical protein  35.27 
 
 		 302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2267  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000460407  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.83 
 
 		 348 aa  136  5e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.95 
 
 		 322 aa  135  5e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5874  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 304 aa  136  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 305 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 305 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.25 
 
 		 322 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2998  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.167105  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4987  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 295 aa  133  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0058  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.64 
 
 		 297 aa  134  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 		 328 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4094  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 298 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.987027 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4272  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 298 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0181  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.33 
 
 		 320 aa  132  6e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.99 
 
 		 320 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2878  putative transcriptional regulator  38.66 
 
 		 306 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.330988  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 329 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0187  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.33 
 
 		 320 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163484  normal  0.742641 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 329 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 329 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 317 aa  130  2.0000000000000002e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1951  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.177582  normal  0.730063 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2548  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 328 aa  131  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4493  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002638  putative transcriptional regulator LysR family  29.49 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.72 
 
 		 303 aa  130  3e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3429  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 298 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4677  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 312 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 311 aa  129  7.000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4415  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 299 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0267331 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0423  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4934  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.449295  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0403  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.177749 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.83 
 
 		 303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 317 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6661  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6426  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.25 
 
 		 321 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3988  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.194076 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.38 
 
 		 303 aa  126  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3505  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 298 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6259  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 299 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 		 321 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 		 321 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 310 aa  124  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.49 
 
 		 303 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 		 321 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 		 321 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 		 321 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 		 321 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>