More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0886 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0886  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 313 aa  618  1e-176  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0382  transcriptional regulator, AraC family  32.71 
 
 		 346 aa  139  7.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.723161  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1434  AraC family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 312 aa  135  6.0000000000000005e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.458798  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4219  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 302 aa  135  7.000000000000001e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.767301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3538  transcriptional regulator, AraC family  30.42 
 
 		 314 aa  135  8e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2738  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0912908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3202  AraC family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 303 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.647622  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3135  AraC family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3941  AraC-like transcriptional regulator  35.66 
 
 		 303 aa  133  3e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0722182  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6605  AraC family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 354 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0589608  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0339  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 329 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001029  transcriptional regulator  29.1 
 
 		 307 aa  132  6.999999999999999e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1054  AraC family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.597722 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1968  transcriptional regulator, AraC family  35.32 
 
 		 321 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0877  AraC family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 298 aa  129  4.0000000000000003e-29  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000000157744  decreased coverage  0.000000000198967 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3735  AraC-like transcriptional regulator  29.53 
 
 		 302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00901057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0360  AraC family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 313 aa  129  5.0000000000000004e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000460662  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38040  AraC family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 329 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.110886  hitchhiker  0.0035496 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0115  AraC family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3240  putative transcriptional regulator  31.23 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.246308  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3324  AraC family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.373339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3759  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.831602  hitchhiker  0.00901781 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2236  AraC family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 272 aa  127  2.0000000000000002e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6678  AraC family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 373 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.41036  normal  0.11497 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0373  AraC family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 321 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0178  transcriptional regulator, AraC family  27.93 
 
 		 311 aa  127  3e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0434617  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2186  AraC family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 314 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.703125  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0178  AraC family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 314 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.309128  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3242  AraC family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 314 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0188  AraC family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 314 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3445  AraC family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 314 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2903  AraC family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 314 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4929  transcriptional regulator, AraC family  34.6 
 
 		 322 aa  126  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.202383  normal  0.326932 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2638  AraC family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 315 aa  126  6e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0864  AraC family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 320 aa  126  6e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.13712 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0193  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  30.83 
 
 		 305 aa  124  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3237  AraC family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 322 aa  125  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3214  AraC family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 290 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.727682 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1753  AraC family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143469  normal  0.226934 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3601  transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3072  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.675846  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2283  transcriptional regulator, AraC family  32.24 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3015  AraC-like transcriptional regulator  29.37 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.451833 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0153  AraC family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 314 aa  123  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2070  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 301 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1698  AraC family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 302 aa  123  5e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0588  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 297 aa  122  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0669  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 297 aa  122  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5835  AraC family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 326 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6202  AraC family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 373 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00724324 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2425  AraC family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 301 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.989434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3270  AraC-like transcriptional regulator  32.7 
 
 		 301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3546  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  32.81 
 
 		 302 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.137001 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2399  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 323 aa  121  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.33789 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1745  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 331 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.334108  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0164  transcriptional regulator, AraC family  32.34 
 
 		 307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2739  transcriptional regulator, AraC family  30.36 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0109  AraC-like transcriptional regulator  34.98 
 
 		 299 aa  120  3.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00170035  hitchhiker  0.00915457 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4483  AraC-like transcriptional regulator  30.24 
 
 		 336 aa  119  4.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000135378 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3981  transcriptional regulator, AraC family  30.11 
 
 		 311 aa  119  6e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0071  AraC family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 288 aa  119  7e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1083  AraC family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 314 aa  119  9e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3127  AraC family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 312 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6669  AraC family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 338 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0360176  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7736  AraC family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 338 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3908  AraC family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.761684  normal  0.369253 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5825  AraC family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 338 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.667262  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2576  AraC-like transcriptional regulator  30.21 
 
 		 313 aa  118  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.289552 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6190  AraC family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 338 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.636005  normal  0.381887 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0530  transcriptional regulator, AraC family  29.39 
 
 		 292 aa  117  3e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.285537 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5491  transcriptional regulator, AraC family  32.86 
 
 		 320 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4465  AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 309 aa  117  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.320825  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2599  AraC family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.39443 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4375  AraC-like transcriptional regulator  29.26 
 
 		 312 aa  117  3e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7439  transcriptional regulator, AraC family  34.26 
 
 		 291 aa  117  3e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.753701 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4214  AraC family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 305 aa  117  3e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.340551  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0923  AraC family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 327 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.139126  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1064  AraC-like transcriptional regulator  32.71 
 
 		 304 aa  116  3.9999999999999997e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4307  AraC family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 302 aa  117  3.9999999999999997e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32460  transciption regulator, AraC-family  31.98 
 
 		 269 aa  117  3.9999999999999997e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1528  AraC family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 325 aa  116  5e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.836546  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1153  AraC family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 325 aa  116  5e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1008  AraC family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 325 aa  116  5e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.351707  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0111  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 320 aa  116  5e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00655283  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0088  AraC family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 327 aa  116  5e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.90451  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2981  AraC family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 321 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.183926  normal  0.873527 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2251  AraC family transcription regulator  32.63 
 
 		 390 aa  116  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2598  transcriptional regulator, AraC family  30.2 
 
 		 320 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2948  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 299 aa  115  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0708341 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2465  AraC family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 313 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0694  transcriptional regulator, AraC family  35.8 
 
 		 303 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.78426 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3074  transcriptional regulator, AraC family  33.86 
 
 		 313 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.618991  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0736  transcriptional regulator, AraC family  37.45 
 
 		 303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.438048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1744  AraC-like transcriptional regulator  27.84 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00012602  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2498  transcriptional regulator, AraC family  28.62 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0467728  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1947  AraC-like transcriptional regulator  30.2 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1091  putative AraC-type regulatory protein  30.26 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3531  AraC family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1036  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.280924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4835  AraC family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00108272 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>