More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003312 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_003312  transcriptional regulators LysR family  100 
 
 		 305 aa  627  1e-179  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 305 aa  98.6  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 295 aa  97.4  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 295 aa  95.9  7e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 292 aa  95.9  8e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  27.27 
 
 		 297 aa  95.5  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 295 aa  94.7  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 291 aa  92.8  6e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 295 aa  92.8  7e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  29.88 
 
 		 290 aa  92  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3337  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 301 aa  90.5  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2976  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 313 aa  90.5  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288954 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  29.05 
 
 		 292 aa  88.6  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3576  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 293 aa  87.8  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.322821  normal  0.0297722 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 296 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 290 aa  86.7  5e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0922  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 294 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.534573  normal  0.0707168 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05259  transcriptional regulator  22.9 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2378  LysR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 294 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1745  LysR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 294 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2357  LysR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 294 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  28.93 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  27.69 
 
 		 315 aa  82  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1422  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 295 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.295916  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2250  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 292 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.75776  normal  0.514799 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3488  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 292 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0702962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 304 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1724  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 292 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.251879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4338  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 290 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2275  LysR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 294 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  27.27 
 
 		 294 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5696  LysR family transcriptional regulator  26 
 
 		 294 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.542935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1349  LysR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 297 aa  77.4  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000462626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1881  LysR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 292 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.407477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1242  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 292 aa  77  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.310475 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2393  LysR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 294 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5458  LysR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 303 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5404  LysR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 303 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0109111 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 292 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 301 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  26.59 
 
 		 322 aa  75.9  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4866  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 303 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.107538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 296 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1907  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 298 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  26.77 
 
 		 322 aa  74.3  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2306  transcriptional regulator, LysR family  27.76 
 
 		 283 aa  74.7  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.16135  normal  0.168565 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1614  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 299 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1689  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 299 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4699  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 340 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.254912  normal  0.0113206 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 306 aa  73.2  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2479  putative transcriptional regulator  28.74 
 
 		 295 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 307 aa  73.2  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 307 aa  73.2  0.000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 309 aa  73.2  0.000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  27.51 
 
 		 300 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3257  transcriptional regulator, LysR family  24.8 
 
 		 288 aa  72.8  0.000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000024832  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 295 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0169  transcriptional regulator, LysR family  26.83 
 
 		 309 aa  72.8  0.000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 306 aa  72.8  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  23.62 
 
 		 307 aa  72  0.00000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 304 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0155  transcriptional regulator, LysR family  27.21 
 
 		 307 aa  72  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0402  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 295 aa  72  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 296 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3727  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 301 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.837668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 304 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  26.94 
 
 		 292 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  27.14 
 
 		 300 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3189  transcriptional regulator, LysR family  25.82 
 
 		 287 aa  70.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0195  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 323 aa  71.2  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3353  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 287 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.686915 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1142  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 294 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 300 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0355  transcriptional regulator, LysR family  25.59 
 
 		 298 aa  70.9  0.00000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1150  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 294 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.529975  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 300 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0716  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 294 aa  70.5  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1683  LysR family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 299 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4156  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 301 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3172  transcriptional regulator, LysR family  24.69 
 
 		 287 aa  70.1  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0943  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 294 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.167297  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2710  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 299 aa  70.5  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0557153  normal  0.0592619 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1303  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 294 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 300 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 300 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0137  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 307 aa  69.7  0.00000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 294 aa  69.7  0.00000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2454  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 321 aa  69.7  0.00000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332878  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3238  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 287 aa  69.7  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00156229 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3252  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 287 aa  69.7  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993156 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  22.74 
 
 		 301 aa  69.3  0.00000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 300 aa  69.3  0.00000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1712  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 301 aa  69.3  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28420  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 295 aa  68.9  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000459447 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3745  putative transcriptional regulator  26.74 
 
 		 304 aa  68.6  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.857978 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>