More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_2897 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_2897  helix-turn-helix, Fis-type  100 
 
 
324 aa  624  1e-178  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4968  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  63.32 
 
 
334 aa  345  5e-94  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.295349 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8428  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  60.68 
 
 
358 aa  344  8.999999999999999e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3449  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  61.32 
 
 
325 aa  306  3e-82  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9177  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  58.84 
 
 
337 aa  301  1e-80  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113469  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  63.16 
 
 
335 aa  282  5.000000000000001e-75  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  55.87 
 
 
321 aa  263  3e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4313  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  56.44 
 
 
595 aa  251  1e-65  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.697204 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2106  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  48.95 
 
 
339 aa  250  3e-65  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0299  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  52.65 
 
 
608 aa  236  5.0000000000000005e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.347067 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4748  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  56.07 
 
 
333 aa  235  8e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000165031 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32110  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  54.12 
 
 
344 aa  235  9e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0614  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  54.27 
 
 
341 aa  228  8e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0831  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  54.43 
 
 
344 aa  225  7e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.209005  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  54.63 
 
 
333 aa  224  2e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.103594 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35710  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  51.19 
 
 
324 aa  216  5.9999999999999996e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.165906  normal  0.743005 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0529  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  57.61 
 
 
324 aa  197  3e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0224456 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0149  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.69 
 
 
376 aa  194  2e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0625  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  51.55 
 
 
386 aa  194  2e-48  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.964582 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0202  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  60.83 
 
 
398 aa  194  2e-48  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.135787 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5162  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  49.67 
 
 
320 aa  193  3e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.540091  normal  0.289223 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0555  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  49.04 
 
 
312 aa  189  7e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.644059  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5378  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  48.59 
 
 
323 aa  187  1e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00179214 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1411  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  49.34 
 
 
322 aa  186  5e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4776  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  50 
 
 
320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4862  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  50 
 
 
320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.43837  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4020  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  49.03 
 
 
317 aa  180  4e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  50.76 
 
 
351 aa  176  4e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.53 
 
 
388 aa  168  1e-40  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13656  cell cycle protein mesJ  48.96 
 
 
323 aa  166  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0912729  decreased coverage  0.0000749619 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.91 
 
 
334 aa  166  2.9999999999999998e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0700  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  54.08 
 
 
330 aa  166  4e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.531916 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1134  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.96 
 
 
372 aa  165  8e-40  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12780  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.94 
 
 
364 aa  160  2e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24800  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.54 
 
 
356 aa  155  9e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  56.19 
 
 
308 aa  153  4e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.955861  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2989  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  50 
 
 
384 aa  144  3e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.18 
 
 
468 aa  129  5.0000000000000004e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.23 
 
 
470 aa  129  8.000000000000001e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  34.16 
 
 
455 aa  126  5e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.74 
 
 
509 aa  122  6e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.76 
 
 
481 aa  122  7e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24629  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0144  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.85 
 
 
472 aa  122  7e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175887  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0294  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.86 
 
 
433 aa  122  9e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.212762 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1891  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  36.49 
 
 
468 aa  120  3e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000460009  hitchhiker  0.0000000000638883 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0996  cell cycle protein  33.77 
 
 
458 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144135  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1467  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.06 
 
 
338 aa  117  3e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0235653 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4955  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.67 
 
 
324 aa  116  3.9999999999999997e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00345657  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.38 
 
 
471 aa  115  7.999999999999999e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0511  PP-loop  30.5 
 
 
342 aa  114  3e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0180  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.62 
 
 
326 aa  113  5e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.591688  normal  0.364393 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1249  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  37.69 
 
 
425 aa  113  5e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0185  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.3 
 
 
326 aa  112  6e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.49 
 
 
456 aa  112  6e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.180708  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.74 
 
 
470 aa  112  7.000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2474  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.09 
 
 
469 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2248  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.72 
 
 
485 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000793902  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.22 
 
 
521 aa  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2187  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  39.61 
 
 
444 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.150034  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.71 
 
 
472 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.74 
 
 
454 aa  110  2.0000000000000002e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2027  ketose-bisphosphate aldolase, class-II  33.12 
 
 
357 aa  109  5e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.481135  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.27 
 
 
480 aa  108  1e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2788  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.09 
 
 
469 aa  108  1e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1594  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.97 
 
 
457 aa  108  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.7 
 
 
457 aa  107  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0228  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.68 
 
 
473 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.18 
 
 
459 aa  107  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002764  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.64 
 
 
436 aa  107  3e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.6 
 
 
464 aa  107  3e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2997  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.76 
 
 
323 aa  107  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  34.22 
 
 
464 aa  106  5e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.86 
 
 
524 aa  105  9e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4334  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.54 
 
 
345 aa  105  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.114566 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  37 
 
 
345 aa  105  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381977  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1203  PP-loop  32.97 
 
 
476 aa  105  1e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3780  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.72 
 
 
336 aa  104  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.782786  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0357  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.87 
 
 
414 aa  104  2e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173835  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3027  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.32 
 
 
486 aa  105  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00722625  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.45 
 
 
476 aa  105  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1114  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.81 
 
 
417 aa  104  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0822323  normal  0.384948 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0957  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.52 
 
 
377 aa  103  5e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.2 
 
 
476 aa  102  7e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.2 
 
 
476 aa  102  8e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.62 
 
 
476 aa  101  1e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0074  MesJ-like protein  33.09 
 
 
337 aa  102  1e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.88 
 
 
462 aa  101  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.83 
 
 
464 aa  100  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.83 
 
 
464 aa  100  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
419 aa  100  2e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  30.38 
 
 
476 aa  100  3e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2711  tRNA(Ile)-lysidine synthase  34.39 
 
 
371 aa  100  3e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.658001  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  36.29 
 
 
445 aa  100  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1556  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.7 
 
 
306 aa  100  4e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  30.38 
 
 
476 aa  99.8  6e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  30.38 
 
 
476 aa  99.8  6e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  30.38 
 
 
476 aa  99.8  6e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1494  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  40.57 
 
 
451 aa  99.8  6e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.763713  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.38 
 
 
476 aa  99.8  6e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2410  tRNA(Ile)-lysidine synthase  33.64 
 
 
443 aa  99.4  7e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>