More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_8428 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_8428  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
358 aa  690    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9177  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  61.26 
 
 
337 aa  315  7e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113469  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2897  helix-turn-helix, Fis-type  60.06 
 
 
324 aa  307  2.0000000000000002e-82  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4968  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  56.76 
 
 
334 aa  307  2.0000000000000002e-82  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.295349 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3449  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  60.12 
 
 
325 aa  304  2.0000000000000002e-81  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  63.55 
 
 
335 aa  282  6.000000000000001e-75  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  54.15 
 
 
321 aa  262  8e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4313  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  54.77 
 
 
595 aa  249  5e-65  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.697204 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2106  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.97 
 
 
339 aa  248  2e-64  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32110  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  54.52 
 
 
344 aa  243  3.9999999999999997e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0299  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  52.77 
 
 
608 aa  236  4e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.347067 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35710  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.72 
 
 
324 aa  221  9.999999999999999e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.165906  normal  0.743005 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0831  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  52.67 
 
 
344 aa  218  1e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.209005  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4748  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  52.55 
 
 
333 aa  217  2.9999999999999998e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000165031 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  52.85 
 
 
333 aa  215  9.999999999999999e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.103594 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0614  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  51.67 
 
 
341 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0202  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  58.99 
 
 
398 aa  200  3e-50  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.135787 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0529  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  55.77 
 
 
324 aa  191  2e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0224456 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0555  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.67 
 
 
312 aa  186  5e-46  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.644059  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0149  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.55 
 
 
376 aa  182  8.000000000000001e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.65 
 
 
388 aa  178  1e-43  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5162  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.04 
 
 
320 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.540091  normal  0.289223 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5378  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.78 
 
 
323 aa  176  5e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00179214 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1411  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.44 
 
 
322 aa  176  6e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24800  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.63 
 
 
356 aa  176  6e-43  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0625  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  49.72 
 
 
386 aa  176  7e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.964582 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.38 
 
 
351 aa  170  4e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4776  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  46.04 
 
 
320 aa  169  5e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.05 
 
 
334 aa  169  5e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4862  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.04 
 
 
320 aa  169  5e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.43837  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0700  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.12 
 
 
330 aa  162  6e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.531916 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4020  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.96 
 
 
317 aa  161  1e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2989  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.82 
 
 
384 aa  159  6e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12780  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.02 
 
 
364 aa  158  1e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1134  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.73 
 
 
372 aa  157  3e-37  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  52.94 
 
 
308 aa  150  3e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.955861  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13656  cell cycle protein mesJ  44.95 
 
 
323 aa  149  7e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0912729  decreased coverage  0.0000749619 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.43 
 
 
468 aa  135  7.000000000000001e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  38.1 
 
 
455 aa  134  3e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.39 
 
 
481 aa  132  1.0000000000000001e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24629  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.19 
 
 
471 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.29 
 
 
470 aa  124  2e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.31 
 
 
470 aa  119  9.999999999999999e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.75 
 
 
459 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0996  cell cycle protein  35.42 
 
 
458 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144135  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1810  cell cycle protein MesJ, putative  34.78 
 
 
471 aa  117  3e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0106411  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.87 
 
 
462 aa  117  3e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0340332  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0228  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.33 
 
 
473 aa  117  3e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4334  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.58 
 
 
345 aa  116  5e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.114566 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.86 
 
 
472 aa  116  6.9999999999999995e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1891  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  35.12 
 
 
468 aa  115  8.999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000460009  hitchhiker  0.0000000000638883 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.16 
 
 
456 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.180708  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.55 
 
 
455 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2187  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  38.05 
 
 
444 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.150034  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  33.45 
 
 
464 aa  114  3e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0139  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.18 
 
 
492 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00237598  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01210  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  50.43 
 
 
394 aa  110  6e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0511  PP-loop  31.29 
 
 
342 aa  108  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  38.36 
 
 
445 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.03 
 
 
464 aa  107  3e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.88 
 
 
454 aa  106  5e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1594  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.5 
 
 
457 aa  106  6e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2248  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.02 
 
 
485 aa  106  6e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000793902  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4955  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.73 
 
 
324 aa  105  9e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00345657  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1467  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.37 
 
 
338 aa  105  1e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0235653 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.58 
 
 
476 aa  105  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2997  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.4 
 
 
323 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.27 
 
 
476 aa  103  4e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  26.42 
 
 
476 aa  103  4e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  26.42 
 
 
476 aa  103  4e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1316  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.85 
 
 
346 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  26.42 
 
 
476 aa  103  5e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0061  hypothetical protein  26.42 
 
 
476 aa  103  6e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.625972  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  26.42 
 
 
476 aa  103  6e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0074  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.42 
 
 
476 aa  103  6e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0125987  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0185  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.59 
 
 
326 aa  103  6e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.42 
 
 
476 aa  103  6e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3780  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.62 
 
 
336 aa  103  6e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.782786  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0180  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.59 
 
 
326 aa  103  7e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.591688  normal  0.364393 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.26 
 
 
521 aa  102  7e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.74 
 
 
509 aa  102  8e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.73 
 
 
476 aa  101  2e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.27 
 
 
476 aa  100  3e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0357  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.8 
 
 
414 aa  101  3e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173835  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0865  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  36.6 
 
 
676 aa  100  3e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000888188 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0321  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  34.21 
 
 
682 aa  100  3e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.124455 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0294  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.9 
 
 
433 aa  100  4e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.212762 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1341  hypothetical protein  29.05 
 
 
460 aa  100  5e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.181704  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1671  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.78 
 
 
455 aa  100  5e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.121682 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0077  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  38.03 
 
 
326 aa  100  5e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5387  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.29 
 
 
342 aa  99.8  6e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002764  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.72 
 
 
436 aa  99.8  7e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0791  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.36 
 
 
458 aa  99.8  7e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000325177  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1556  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.34 
 
 
306 aa  99.8  7e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.36 
 
 
436 aa  99.4  8e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.934648 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1088  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  35.41 
 
 
487 aa  98.6  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00200666  normal  0.0296865 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.17 
 
 
457 aa  99  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5490  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.54 
 
 
339 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1114  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.44 
 
 
417 aa  97.4  3e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0822323  normal  0.384948 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0164  hypothetical protein  32.96 
 
 
525 aa  97.1  4e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.156481  unclonable  0.00000174204 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>