More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4313 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_4313  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  100 
 
 
595 aa  1149    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.697204 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0299  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  70.05 
 
 
608 aa  678    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.347067 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8428  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  54.77 
 
 
358 aa  298  2e-79  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2897  helix-turn-helix, Fis-type  56.44 
 
 
324 aa  273  5.000000000000001e-72  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9177  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  57.36 
 
 
337 aa  270  8e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113469  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3449  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  59.49 
 
 
325 aa  262  1e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4506  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  73.1 
 
 
189 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3448  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  67.05 
 
 
182 aa  253  5.000000000000001e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.472284  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4968  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  52.68 
 
 
334 aa  251  2e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.295349 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32100  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  71.59 
 
 
184 aa  250  5e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.918593  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9176  Hypoxanthine phosphoribosyltransferase  67.84 
 
 
180 aa  246  6.999999999999999e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0577662  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0701  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  72.78 
 
 
179 aa  246  9.999999999999999e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.482713 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2105  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  71.51 
 
 
183 aa  245  1.9999999999999999e-63  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  51.21 
 
 
321 aa  243  7e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2988  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  68.42 
 
 
183 aa  240  4e-62  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4969  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  65.14 
 
 
179 aa  239  8e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.187483 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0530  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  69.01 
 
 
190 aa  239  1e-61  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.185084  normal  0.0224456 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0626  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  68 
 
 
184 aa  237  4e-61  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2896  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  66.07 
 
 
184 aa  236  1.0000000000000001e-60  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0150  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  65.71 
 
 
183 aa  235  2.0000000000000002e-60  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0615  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  67.89 
 
 
195 aa  234  5e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0311  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  65.14 
 
 
183 aa  233  6e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0203  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  74.27 
 
 
184 aa  231  3e-59  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.727257  normal  0.158525 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32110  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  54.26 
 
 
344 aa  231  4e-59  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12790  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  60.44 
 
 
184 aa  226  7e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.370105  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01220  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  63.58 
 
 
183 aa  226  1e-57  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8427  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  64.91 
 
 
179 aa  224  4e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2106  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.31 
 
 
339 aa  221  1.9999999999999999e-56  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0847  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  61.5 
 
 
222 aa  216  9.999999999999999e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4745  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  64.09 
 
 
190 aa  214  2.9999999999999995e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.587694  decreased coverage  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4309  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  64.64 
 
 
190 aa  214  2.9999999999999995e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0523048 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0443  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  59.65 
 
 
183 aa  214  3.9999999999999995e-54  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.939378  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0149  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.75 
 
 
376 aa  212  2e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0831  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.42 
 
 
344 aa  211  4e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.209005  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35700  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  69.14 
 
 
184 aa  209  2e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.175987  normal  0.670419 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5377  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  65.56 
 
 
194 aa  207  4e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0013711 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24790  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  60.59 
 
 
183 aa  207  5e-52  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  54.85 
 
 
335 aa  206  7e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1672  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  59.52 
 
 
176 aa  206  1e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.544224  normal  0.102762 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02170  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  54.39 
 
 
181 aa  205  2e-51  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0351776  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0556  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  67.63 
 
 
188 aa  204  3e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.600381  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2376  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  51.45 
 
 
179 aa  204  3e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00118053  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1412  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  65.36 
 
 
191 aa  204  4e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.5055 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0614  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  51.74 
 
 
341 aa  203  6e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4748  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  50.92 
 
 
333 aa  203  6e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000165031 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0311  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  69.36 
 
 
182 aa  202  1.9999999999999998e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.474386  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2663  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  58.05 
 
 
180 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0107677 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0834  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  63.64 
 
 
195 aa  202  1.9999999999999998e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.258272  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1913  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  59.76 
 
 
181 aa  199  2.0000000000000003e-49  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0140  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  56.63 
 
 
174 aa  197  4.0000000000000005e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000569861  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.38 
 
 
351 aa  196  8.000000000000001e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2787  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  51.48 
 
 
183 aa  196  1e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0792  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  57.14 
 
 
181 aa  195  2e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000742772  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4775  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  60.96 
 
 
211 aa  195  2e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2473  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  50.89 
 
 
183 aa  195  2e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4861  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  60.96 
 
 
211 aa  195  2e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.196918  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5161  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  60.96 
 
 
211 aa  195  2e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.571818  normal  0.392124 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0202  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  60.83 
 
 
398 aa  194  3e-48  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.135787 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2186  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  54.75 
 
 
189 aa  194  4e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.341617  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0033  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  53.14 
 
 
186 aa  194  4e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4019  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  65.52 
 
 
224 aa  194  5e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0723  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  56.73 
 
 
178 aa  194  5e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0293167  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  50.45 
 
 
333 aa  194  5e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.103594 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2897  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  52.84 
 
 
180 aa  193  1e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2835  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  56.71 
 
 
175 aa  190  5.999999999999999e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13655  hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase  61.02 
 
 
216 aa  189  1e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0149578  hitchhiker  0.000159475 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35710  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.35 
 
 
324 aa  188  2e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.165906  normal  0.743005 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1636  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  56.07 
 
 
190 aa  187  3e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0080  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  52.66 
 
 
181 aa  187  3e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.297539  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0075  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  54.07 
 
 
180 aa  187  4e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0888602  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0062  hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase  54.07 
 
 
180 aa  187  4e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0063  hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase  54.07 
 
 
180 aa  187  4e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0059  hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase  54.07 
 
 
180 aa  187  4e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0059  hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase  54.07 
 
 
180 aa  187  4e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0063  hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase  54.07 
 
 
179 aa  187  5e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0107  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  52.81 
 
 
182 aa  187  6e-46  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.576089 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0072  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  53.49 
 
 
180 aa  186  8e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0059  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  54.07 
 
 
180 aa  186  1.0000000000000001e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0199  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  50.88 
 
 
180 aa  186  1.0000000000000001e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0299222  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5245  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  54.07 
 
 
180 aa  185  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.706873 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0071  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  54.07 
 
 
180 aa  185  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.208347  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1437  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  52.91 
 
 
181 aa  185  3e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.55755e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0059  hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase  53.8 
 
 
180 aa  184  3e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0321  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  53.01 
 
 
682 aa  183  8.000000000000001e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.124455 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0865  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  53.71 
 
 
676 aa  181  4e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000888188 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3435  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  49.12 
 
 
188 aa  181  4.999999999999999e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0121685  normal  0.0247328 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0015  hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase  52.07 
 
 
180 aa  180  8e-44  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02020  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  45.26 
 
 
199 aa  179  2e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000199226  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0169  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  46.43 
 
 
174 aa  177  4e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4020  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.27 
 
 
317 aa  177  4e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0625  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  52.69 
 
 
386 aa  177  4e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.964582 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2106  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  53.93 
 
 
181 aa  176  9.999999999999999e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0971806  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0529  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  55.95 
 
 
324 aa  176  1.9999999999999998e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0224456 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0013  hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase  50.3 
 
 
180 aa  176  1.9999999999999998e-42  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00570  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  49.71 
 
 
186 aa  174  2.9999999999999996e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00463004  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2148  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  47.59 
 
 
176 aa  173  7.999999999999999e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3028  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  50 
 
 
180 aa  172  1e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0133397  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.12 
 
 
388 aa  171  2e-41  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0641  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  52.07 
 
 
177 aa  171  2e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.801586  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1134  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.05 
 
 
372 aa  172  2e-41  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>