More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1088 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_1088  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  100 
 
 
487 aa  956    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00200666  normal  0.0296865 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1125  PP-loop  71.43 
 
 
484 aa  590  1e-167  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00891393  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1170  putative cell cycle protein  45.76 
 
 
462 aa  286  8e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.791895 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1011  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.84 
 
 
472 aa  286  8e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.258759  normal  0.14023 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1105  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.03 
 
 
472 aa  277  3e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.340413  normal  0.54377 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1980  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.48 
 
 
468 aa  242  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2110  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.29 
 
 
473 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2542  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.96 
 
 
489 aa  234  3e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2678  cell cycle protein mesJ  39.92 
 
 
492 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0688879  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2593  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.92 
 
 
492 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1653  cell cycle protein mesJ  39.75 
 
 
489 aa  230  3e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000820354  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2156  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.75 
 
 
489 aa  230  3e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3159  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.75 
 
 
489 aa  230  3e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.765148  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1429  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.75 
 
 
489 aa  230  3e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.431978  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1944  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.83 
 
 
494 aa  229  8e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1249  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  38.95 
 
 
425 aa  226  7e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.53 
 
 
449 aa  220  5e-56  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  34.78 
 
 
449 aa  219  7.999999999999999e-56  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.13 
 
 
473 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.238854  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6002  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  41.89 
 
 
473 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2075  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.89 
 
 
473 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.93 
 
 
442 aa  212  1e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1206  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.8 
 
 
468 aa  210  5e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.187826 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0977  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.49 
 
 
438 aa  207  3e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5381  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.78 
 
 
473 aa  194  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0261986  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1809  hypothetical protein  34.72 
 
 
472 aa  193  7e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0918  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.44 
 
 
445 aa  193  7e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2453  putative cell cycle protein  39.87 
 
 
452 aa  192  1e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  38.01 
 
 
442 aa  190  5e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1629  PP family ATPase  39.69 
 
 
476 aa  189  8e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.379742  normal  0.312409 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1673  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.1 
 
 
457 aa  188  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2410  tRNA(Ile)-lysidine synthase  32.55 
 
 
443 aa  187  3e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.7 
 
 
462 aa  187  3e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  31.65 
 
 
431 aa  187  3e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0850  hypothetical protein  31.41 
 
 
431 aa  187  5e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1237  GntR family transcriptional regulator  32.48 
 
 
429 aa  186  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0589  cell cycle protein MesJ  39.72 
 
 
445 aa  184  3e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0620316  normal  0.254248 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0849  tRNA(Ile)-lysidine synthase  36.47 
 
 
442 aa  183  7e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01899  tRNA(Ile)-lysidine synthase (tRNA(Ile)-lysidinesynthetase) (tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase)  40.33 
 
 
434 aa  182  1e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.95 
 
 
481 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.14647  hitchhiker  0.00723394 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  43.66 
 
 
326 aa  181  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  36.51 
 
 
445 aa  180  4e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1178  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.29 
 
 
419 aa  180  4.999999999999999e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.509041  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1627  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.91 
 
 
335 aa  178  2e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.21 
 
 
335 aa  175  1.9999999999999998e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.379803  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0959  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.05 
 
 
425 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1031  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.89 
 
 
451 aa  174  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0934  cell-cycle protein  29.62 
 
 
427 aa  174  2.9999999999999996e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.504247  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1608  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.48 
 
 
427 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.5 
 
 
325 aa  174  3.9999999999999995e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.63 
 
 
464 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3417  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.96 
 
 
460 aa  174  3.9999999999999995e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4169  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.29 
 
 
427 aa  173  5e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1805  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.32 
 
 
439 aa  173  7.999999999999999e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.193318  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.33 
 
 
426 aa  172  9e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1084  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.96 
 
 
460 aa  172  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2510  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.02 
 
 
319 aa  170  7e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336339  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0263  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.97 
 
 
430 aa  168  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.202307  normal  0.144292 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1551  cell cycle protein mesJ, putative  36.32 
 
 
455 aa  168  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.97 
 
 
430 aa  168  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.921604  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.28 
 
 
427 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0277  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.97 
 
 
430 aa  168  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1387  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.51 
 
 
472 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.287685  normal  0.186962 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1289  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.89 
 
 
436 aa  166  8e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.73 
 
 
430 aa  166  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.380491  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0580  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  37.86 
 
 
430 aa  166  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0306545  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2619  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.82 
 
 
474 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1118  hypothetical protein  36.45 
 
 
442 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0726  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.06 
 
 
426 aa  164  2.0000000000000002e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.238503  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3765  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.33 
 
 
436 aa  164  3e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000300868  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3147  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.32 
 
 
442 aa  163  5.0000000000000005e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3036  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.63 
 
 
440 aa  162  9e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0244601 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0199  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.41 
 
 
432 aa  162  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0274  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.49 
 
 
430 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.433905  normal  0.237659 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2892  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.5 
 
 
476 aa  162  1e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2323  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.95 
 
 
347 aa  161  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.368291  hitchhiker  0.0000894002 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1352  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  41.05 
 
 
320 aa  160  4e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.150129  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1501  hypothetical protein  37.73 
 
 
439 aa  160  5e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0192  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.85 
 
 
432 aa  160  5e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3472  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.85 
 
 
432 aa  159  1e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.878016  normal  0.473347 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0181  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.85 
 
 
432 aa  159  1e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3342  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.76 
 
 
439 aa  158  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0190  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.85 
 
 
432 aa  158  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.781391  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00186  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.93 
 
 
432 aa  157  4e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.445968  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00185  hypothetical protein  32.93 
 
 
432 aa  157  4e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.434611  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0198  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.5 
 
 
431 aa  156  8e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002764  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.29 
 
 
436 aa  155  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0845  PP-loop  50.22 
 
 
323 aa  155  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.985439  hitchhiker  0.00439343 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4939  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.16 
 
 
308 aa  155  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.457595 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2890  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.28 
 
 
328 aa  154  4e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal  0.0327552 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3415  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.37 
 
 
432 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38820  PP-loop-tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.76 
 
 
435 aa  153  7e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2962  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.62 
 
 
448 aa  153  7e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2960  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.79 
 
 
460 aa  152  1e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0103  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.35 
 
 
486 aa  152  2e-35  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3145  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.27 
 
 
494 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0165615 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1286  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.82 
 
 
488 aa  148  3e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.170507  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1842  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.32 
 
 
445 aa  147  5e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.2555  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1601  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.56 
 
 
435 aa  147  6e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78438  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1653  cell cycle protein  36.82 
 
 
435 aa  145  1e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.335836  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>