More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3087 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
325 aa  650    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  68.14 
 
 
335 aa  415  9.999999999999999e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.379803  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1627  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  68.14 
 
 
335 aa  414  1e-114  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  68.67 
 
 
326 aa  412  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1352  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  67.72 
 
 
320 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.150129  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2510  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  61.11 
 
 
319 aa  365  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336339  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2323  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  60.34 
 
 
347 aa  367  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.368291  hitchhiker  0.0000894002 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2890  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  64.78 
 
 
328 aa  358  6e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal  0.0327552 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4939  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  64.72 
 
 
308 aa  358  8e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.457595 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  47.55 
 
 
442 aa  185  8e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  38.1 
 
 
449 aa  181  1e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.1 
 
 
449 aa  181  2e-44  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1805  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.06 
 
 
439 aa  171  1e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.193318  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.16 
 
 
462 aa  170  3e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  43.85 
 
 
445 aa  170  4e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1178  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.81 
 
 
419 aa  167  2e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.509041  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0934  cell-cycle protein  36.33 
 
 
427 aa  167  2e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.504247  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0726  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.34 
 
 
426 aa  167  2.9999999999999998e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.238503  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1084  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.69 
 
 
460 aa  164  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.44 
 
 
426 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  35.53 
 
 
431 aa  164  2.0000000000000002e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1031  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.69 
 
 
451 aa  164  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3417  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.69 
 
 
460 aa  164  2.0000000000000002e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1088  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  42.5 
 
 
487 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00200666  normal  0.0296865 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1551  cell cycle protein mesJ, putative  43.85 
 
 
455 aa  162  6e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0850  hypothetical protein  35.16 
 
 
431 aa  162  7e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1118  hypothetical protein  45.38 
 
 
442 aa  161  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3036  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.23 
 
 
440 aa  162  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0244601 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1501  hypothetical protein  47.69 
 
 
439 aa  161  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0580  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  41.39 
 
 
430 aa  160  4e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0306545  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1125  PP-loop  42.51 
 
 
484 aa  159  5e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00891393  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1249  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  40.58 
 
 
425 aa  159  6e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01389  cell cycle protein MesJ  35.87 
 
 
441 aa  157  2e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.683525  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2892  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.01 
 
 
476 aa  157  3e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1944  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.26 
 
 
494 aa  157  3e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1608  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.97 
 
 
427 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1673  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.29 
 
 
457 aa  155  8e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4169  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.97 
 
 
427 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0263  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.07 
 
 
430 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.202307  normal  0.144292 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2593  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.97 
 
 
492 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2678  cell cycle protein mesJ  43.97 
 
 
492 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0688879  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.07 
 
 
430 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.921604  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0277  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.07 
 
 
430 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3159  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.62 
 
 
489 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.765148  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1653  cell cycle protein mesJ  43.62 
 
 
489 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000820354  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1980  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.57 
 
 
468 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2156  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.62 
 
 
489 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0977  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
438 aa  154  2.9999999999999998e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1429  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.62 
 
 
489 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.431978  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.44 
 
 
427 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2542  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.62 
 
 
489 aa  153  4e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0274  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.07 
 
 
430 aa  153  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.433905  normal  0.237659 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1289  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.87 
 
 
436 aa  152  5.9999999999999996e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2110  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.21 
 
 
473 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3415  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.58 
 
 
432 aa  151  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.34 
 
 
430 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.380491  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0199  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.22 
 
 
432 aa  149  6e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2410  tRNA(Ile)-lysidine synthase  32.88 
 
 
443 aa  148  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38820  PP-loop-tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.36 
 
 
435 aa  148  1.0000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0198  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.58 
 
 
431 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00186  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.22 
 
 
432 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.445968  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00185  hypothetical protein  40.22 
 
 
432 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.434611  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1105  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.92 
 
 
472 aa  145  6e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.340413  normal  0.54377 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0192  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.22 
 
 
432 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3472  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.22 
 
 
432 aa  144  1e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.878016  normal  0.473347 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0181  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.22 
 
 
432 aa  145  1e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0190  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.22 
 
 
432 aa  144  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.781391  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1011  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.3 
 
 
472 aa  143  3e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.258759  normal  0.14023 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0918  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.78 
 
 
445 aa  143  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3765  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.28 
 
 
436 aa  142  8e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000300868  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5381  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.94 
 
 
473 aa  142  9e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0261986  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1237  GntR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
429 aa  141  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.44 
 
 
473 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.238854  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6002  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  38.05 
 
 
473 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2075  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.05 
 
 
473 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.55 
 
 
442 aa  139  7e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1263  PP-loop  33.85 
 
 
420 aa  139  8.999999999999999e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1809  hypothetical protein  33.76 
 
 
472 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0845  PP-loop  39.13 
 
 
323 aa  136  4e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.985439  hitchhiker  0.00439343 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3147  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.96 
 
 
442 aa  137  4e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002764  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.53 
 
 
436 aa  135  6.0000000000000005e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2962  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.49 
 
 
448 aa  135  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2619  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.04 
 
 
474 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.48 
 
 
464 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0959  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.86 
 
 
425 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1834  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.4 
 
 
440 aa  132  6e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03220  hypothetical protein  30.3 
 
 
448 aa  132  9e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1442  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.71 
 
 
440 aa  132  9e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1170  putative cell cycle protein  43.12 
 
 
462 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.791895 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1842  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.92 
 
 
445 aa  131  1.0000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.2555  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2453  putative cell cycle protein  40.93 
 
 
452 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1155  cell cycle protein MesJ  37 
 
 
497 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.17 
 
 
464 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1570  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  38.84 
 
 
476 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.17 
 
 
464 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01899  tRNA(Ile)-lysidine synthase (tRNA(Ile)-lysidinesynthetase) (tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase)  39.77 
 
 
434 aa  128  1.0000000000000001e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0849  tRNA(Ile)-lysidine synthase  37 
 
 
442 aa  127  3e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0164  hypothetical protein  32.99 
 
 
525 aa  124  2e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.156481  unclonable  0.00000174204 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1466  Fis family transcriptional regulator  31.13 
 
 
476 aa  123  4e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0103  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.86 
 
 
486 aa  123  4e-27  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>