More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1118 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1118  hypothetical protein  100 
 
 		 442 aa  875    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  63.91 
 
 		 445 aa  541  1e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1551  cell cycle protein mesJ, putative  63.68 
 
 		 455 aa  530  1e-149  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  63.27 
 
 		 442 aa  530  1e-149  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  62.53 
 
 		 427 aa  511  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3036  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  62.01 
 
 		 440 aa  503  1e-141  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0244601 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1608  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  63.7 
 
 		 427 aa  500  1e-140  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  61.59 
 
 		 426 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1501  hypothetical protein  62.79 
 
 		 439 aa  484  1e-135  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4169  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  62.76 
 
 		 427 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38820  PP-loop-tRNA(Ile)-lysidine synthetase  61.54 
 
 		 435 aa  461  9.999999999999999e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.09 
 
 		 449 aa  291  2e-77  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  40.09 
 
 		 449 aa  290  3e-77  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1178  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.51 
 
 		 419 aa  255  1.0000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.509041  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0192  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.39 
 
 		 432 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0850  hypothetical protein  35.87 
 
 		 431 aa  241  1e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0199  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.15 
 
 		 432 aa  242  1e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0181  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.15 
 
 		 432 aa  241  1e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1237  GntR family transcriptional regulator  38.99 
 
 		 429 aa  241  2e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00186  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.9 
 
 		 432 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.445968  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0198  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.1 
 
 		 431 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00185  hypothetical protein  39.9 
 
 		 432 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.434611  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0190  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.15 
 
 		 432 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.781391  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3415  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.15 
 
 		 432 aa  239  5.999999999999999e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3472  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.9 
 
 		 432 aa  239  8e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.878016  normal  0.473347 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  35.31 
 
 		 431 aa  236  5.0000000000000005e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1805  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.2 
 
 		 439 aa  234  3e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.193318  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0274  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.79 
 
 		 430 aa  233  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.433905  normal  0.237659 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.24 
 
 		 430 aa  232  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.921604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0263  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.85 
 
 		 430 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.202307  normal  0.144292 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0277  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.85 
 
 		 430 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1809  hypothetical protein  36.87 
 
 		 472 aa  229  5e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0726  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.08 
 
 		 426 aa  227  3e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.238503  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.36 
 
 		 430 aa  227  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.380491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0934  cell-cycle protein  34.47 
 
 		 427 aa  226  4e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.504247  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1084  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.59 
 
 		 460 aa  225  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2410  tRNA(Ile)-lysidine synthase  34.62 
 
 		 443 aa  224  2e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3417  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.59 
 
 		 460 aa  224  3e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1031  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.11 
 
 		 451 aa  223  4e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0849  tRNA(Ile)-lysidine synthase  37.97 
 
 		 442 aa  222  9.999999999999999e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1249  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  38.67 
 
 		 425 aa  219  1e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.38 
 
 		 462 aa  218  2e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1842  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.46 
 
 		 445 aa  218  2e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.2555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1289  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.56 
 
 		 436 aa  216  5e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002764  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.01 
 
 		 436 aa  213  4.9999999999999996e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0580  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  39.06 
 
 		 430 aa  213  4.9999999999999996e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0306545  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03220  hypothetical protein  37.35 
 
 		 448 aa  212  1e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3147  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.47 
 
 		 442 aa  211  3e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0103  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.15 
 
 		 486 aa  210  4e-53  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0959  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.76 
 
 		 425 aa  209  9e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1834  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.19 
 
 		 440 aa  206  8e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2892  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.72 
 
 		 476 aa  204  2e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2962  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.71 
 
 		 448 aa  204  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3765  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.13 
 
 		 436 aa  204  2e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000300868  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2619  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.51 
 
 		 474 aa  201  3e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0918  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.98 
 
 		 445 aa  198  2.0000000000000003e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01899  tRNA(Ile)-lysidine synthase (tRNA(Ile)-lysidinesynthetase) (tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase)  38.55 
 
 		 434 aa  197  3e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3342  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.18 
 
 		 439 aa  196  7e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1263  PP-loop  31.41 
 
 		 420 aa  195  1e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1442  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.56 
 
 		 440 aa  192  1e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1466  Fis family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 476 aa  192  1e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2960  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.65 
 
 		 460 aa  191  2e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1364  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 		 465 aa  189  7e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2886  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.48 
 
 		 496 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0664509  normal  0.0502291 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1461  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.58 
 
 		 491 aa  184  3e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0977  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.01 
 
 		 438 aa  184  4.0000000000000006e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1011  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.29 
 
 		 472 aa  184  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.258759  normal  0.14023 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  45.25 
 
 		 326 aa  183  4.0000000000000006e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1170  putative cell cycle protein  37.64 
 
 		 462 aa  182  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.791895 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1497  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.66 
 
 		 491 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0589  cell cycle protein MesJ  38.07 
 
 		 445 aa  181  2e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0620316  normal  0.254248 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.38 
 
 		 325 aa  179  8e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1286  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.87 
 
 		 488 aa  179  1e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.170507  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1105  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.84 
 
 		 472 aa  178  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.340413  normal  0.54377 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.34 
 
 		 442 aa  177  3e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1088  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  36.3 
 
 		 487 aa  177  4e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00200666  normal  0.0296865 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1645  cell cycle protein MesJ  33.18 
 
 		 464 aa  176  8e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 		 469 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0845  PP-loop  42.68 
 
 		 323 aa  175  1.9999999999999998e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.985439  hitchhiker  0.00439343 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2110  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.68 
 
 		 473 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2625  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.43 
 
 		 465 aa  173  5e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0104928 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1980  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.42 
 
 		 468 aa  172  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2799  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.72 
 
 		 465 aa  172  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.772923 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1478  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.8 
 
 		 418 aa  171  3e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01389  cell cycle protein MesJ  35.08 
 
 		 441 aa  169  7e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.683525  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1627  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.23 
 
 		 335 aa  169  8e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.42 
 
 		 464 aa  169  8e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2510  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.91 
 
 		 319 aa  169  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3145  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.59 
 
 		 494 aa  168  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0165615 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2692  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.72 
 
 		 465 aa  167  2e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000485637 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1601  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.15 
 
 		 435 aa  167  2.9999999999999998e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78438  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3265  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.02 
 
 		 470 aa  166  9e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.867953  normal  0.290599 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4939  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45 
 
 		 308 aa  165  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.457595 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.46 
 
 		 335 aa  165  2.0000000000000002e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.379803  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1125  PP-loop  35.81 
 
 		 484 aa  163  5.0000000000000005e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00891393  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1653  cell cycle protein  38.13 
 
 		 435 aa  163  6e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.335836  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1944  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.21 
 
 		 494 aa  163  7e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2156  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.83 
 
 		 489 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1653  cell cycle protein mesJ  44.83 
 
 		 489 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000820354  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1429  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.83 
 
 		 489 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.431978  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>