More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2890 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_2890  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
328 aa  654    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal  0.0327552 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  68.14 
 
 
326 aa  422  1e-117  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  66.78 
 
 
325 aa  380  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1352  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  62.95 
 
 
320 aa  367  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.150129  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2510  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  62.66 
 
 
319 aa  363  3e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336339  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1627  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  60.38 
 
 
335 aa  344  1e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  60.06 
 
 
335 aa  343  2e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.379803  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2323  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  54.95 
 
 
347 aa  320  1.9999999999999998e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.368291  hitchhiker  0.0000894002 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4939  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  56.62 
 
 
308 aa  302  4.0000000000000003e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.457595 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.96 
 
 
449 aa  171  2e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  36.96 
 
 
449 aa  170  3e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1673  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.8 
 
 
457 aa  168  1e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.85 
 
 
462 aa  166  5e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  43.85 
 
 
442 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1805  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.26 
 
 
439 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.193318  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01389  cell cycle protein MesJ  37.54 
 
 
441 aa  164  3e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.683525  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  41.92 
 
 
445 aa  162  7e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0726  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.06 
 
 
426 aa  162  9e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.238503  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1088  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  41.28 
 
 
487 aa  159  8e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00200666  normal  0.0296865 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2678  cell cycle protein mesJ  42.25 
 
 
492 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0688879  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2593  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.25 
 
 
492 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1178  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.44 
 
 
419 aa  158  1e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.509041  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.11 
 
 
426 aa  158  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1653  cell cycle protein mesJ  41.9 
 
 
489 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000820354  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2156  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.9 
 
 
489 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2542  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.9 
 
 
489 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3159  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.9 
 
 
489 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.765148  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1429  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.9 
 
 
489 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.431978  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.45 
 
 
427 aa  156  6e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0580  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  37.61 
 
 
430 aa  155  7e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0306545  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1944  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.55 
 
 
494 aa  155  9e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1608  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.62 
 
 
427 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.85 
 
 
430 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.380491  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0263  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.85 
 
 
430 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.202307  normal  0.144292 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.85 
 
 
430 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.921604  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0277  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.85 
 
 
430 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0274  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.85 
 
 
430 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.433905  normal  0.237659 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4169  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.02 
 
 
427 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.07 
 
 
464 aa  150  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2962  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.93 
 
 
448 aa  150  3e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1289  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.23 
 
 
436 aa  150  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1118  hypothetical protein  41.41 
 
 
442 aa  149  9e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3036  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.02 
 
 
440 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0244601 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3147  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.96 
 
 
442 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38820  PP-loop-tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.33 
 
 
435 aa  146  4.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1084  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.73 
 
 
460 aa  145  8.000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1031  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.73 
 
 
451 aa  145  8.000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3417  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.73 
 
 
460 aa  145  9e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0977  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
438 aa  145  1e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1237  GntR family transcriptional regulator  35.06 
 
 
429 aa  143  4e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1980  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.58 
 
 
468 aa  143  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1551  cell cycle protein mesJ, putative  39.08 
 
 
455 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1125  PP-loop  39.93 
 
 
484 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00891393  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2110  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.6 
 
 
473 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2453  putative cell cycle protein  39.75 
 
 
452 aa  140  3e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.02 
 
 
442 aa  140  3.9999999999999997e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1249  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  37.08 
 
 
425 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2892  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.28 
 
 
476 aa  139  6e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0199  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.63 
 
 
432 aa  139  7e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0198  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.26 
 
 
431 aa  138  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  32.71 
 
 
431 aa  137  2e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.27 
 
 
464 aa  138  2e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03220  hypothetical protein  32.63 
 
 
448 aa  137  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.27 
 
 
464 aa  138  2e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6002  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  39.62 
 
 
473 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2075  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.62 
 
 
473 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0850  hypothetical protein  32.34 
 
 
431 aa  136  4e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5381  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.6 
 
 
473 aa  136  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0261986  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0934  cell-cycle protein  32.49 
 
 
427 aa  136  4e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.504247  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002764  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.99 
 
 
436 aa  136  5e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.3 
 
 
473 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.238854  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0849  tRNA(Ile)-lysidine synthase  38.01 
 
 
442 aa  136  5e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00186  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.75 
 
 
432 aa  136  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.445968  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00185  hypothetical protein  38.75 
 
 
432 aa  136  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.434611  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3415  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.11 
 
 
432 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0959  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.69 
 
 
425 aa  135  8e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3765  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.59 
 
 
436 aa  135  9e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000300868  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0192  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.75 
 
 
432 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1809  hypothetical protein  34.47 
 
 
472 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1105  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.34 
 
 
472 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.340413  normal  0.54377 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0181  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.75 
 
 
432 aa  133  3e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3472  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.75 
 
 
432 aa  134  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.878016  normal  0.473347 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0190  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.75 
 
 
432 aa  133  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.781391  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3145  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.27 
 
 
494 aa  133  5e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0165615 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1263  PP-loop  31.58 
 
 
420 aa  132  6e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1501  hypothetical protein  40.15 
 
 
439 aa  132  6e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1011  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.14 
 
 
472 aa  132  7.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.258759  normal  0.14023 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2410  tRNA(Ile)-lysidine synthase  34.11 
 
 
443 aa  131  1.0000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01899  tRNA(Ile)-lysidine synthase (tRNA(Ile)-lysidinesynthetase) (tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase)  37.5 
 
 
434 aa  131  2.0000000000000002e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1842  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.37 
 
 
445 aa  130  3e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.2555  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1834  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.17 
 
 
440 aa  129  5.0000000000000004e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0918  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.46 
 
 
445 aa  129  7.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1442  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.78 
 
 
440 aa  125  7e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1170  putative cell cycle protein  42.97 
 
 
462 aa  124  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.791895 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3342  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.03 
 
 
439 aa  123  6e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2886  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.6 
 
 
496 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0664509  normal  0.0502291 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1570  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  35.91 
 
 
476 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1629  PP family ATPase  38.85 
 
 
476 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.379742  normal  0.312409 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1206  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.71 
 
 
468 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.187826 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2619  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.29 
 
 
474 aa  119  6e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>