More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_2962 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_2962  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 		 448 aa  906    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3147  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  62.53 
 
 		 442 aa  534  1e-150  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0959  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  64.9 
 
 		 425 aa  513  1e-144  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3342  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  62.44 
 
 		 439 aa  493  9.999999999999999e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3765  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  59.22 
 
 		 436 aa  451  1e-125  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000300868  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3417  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.11 
 
 		 460 aa  446  1.0000000000000001e-124  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1031  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.26 
 
 		 451 aa  445  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1084  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.47 
 
 		 460 aa  447  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3472  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.41 
 
 		 432 aa  418  9.999999999999999e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.878016  normal  0.473347 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0190  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.18 
 
 		 432 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.781391  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0192  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.18 
 
 		 432 aa  415  9.999999999999999e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0181  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.18 
 
 		 432 aa  416  9.999999999999999e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00186  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  52.71 
 
 		 432 aa  412  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.445968  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3415  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.18 
 
 		 432 aa  414  1e-114  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00185  hypothetical protein  52.71 
 
 		 432 aa  412  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.434611  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0198  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.18 
 
 		 431 aa  410  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0199  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  52.71 
 
 		 432 aa  411  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  51.31 
 
 		 430 aa  401  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.921604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0263  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  51.31 
 
 		 430 aa  401  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.202307  normal  0.144292 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0274  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  51.07 
 
 		 430 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.433905  normal  0.237659 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0277  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  51.31 
 
 		 430 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  51.07 
 
 		 430 aa  398  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.380491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0726  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  50.86 
 
 		 426 aa  377  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.238503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0103  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.41 
 
 		 486 aa  371  1e-101  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2410  tRNA(Ile)-lysidine synthase  45.93 
 
 		 443 aa  336  5.999999999999999e-91  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1834  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.02 
 
 		 440 aa  310  2.9999999999999997e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002764  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.78 
 
 		 436 aa  302  8.000000000000001e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.58 
 
 		 449 aa  300  4e-80  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0934  cell-cycle protein  41.85 
 
 		 427 aa  300  4e-80  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.504247  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  39.58 
 
 		 449 aa  300  5e-80  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03220  hypothetical protein  43.69 
 
 		 448 aa  285  1.0000000000000001e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.59 
 
 		 462 aa  279  8e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1466  Fis family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 476 aa  278  2e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3145  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.38 
 
 		 494 aa  274  3e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0165615 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2692  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.36 
 
 		 465 aa  271  2e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000485637 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2799  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.41 
 
 		 465 aa  271  2e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.772923 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1461  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.08 
 
 		 491 aa  271  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1497  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.85 
 
 		 491 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2886  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.17 
 
 		 496 aa  270  4e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0664509  normal  0.0502291 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2625  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.14 
 
 		 465 aa  270  4e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0104928 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2619  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.2 
 
 		 474 aa  269  8.999999999999999e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3265  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.27 
 
 		 470 aa  265  1e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.867953  normal  0.290599 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1178  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.24 
 
 		 419 aa  262  1e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.509041  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1364  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.51 
 
 		 465 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2960  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.92 
 
 		 460 aa  259  5.0000000000000005e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1286  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.65 
 
 		 488 aa  257  3e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.170507  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1645  cell cycle protein MesJ  38.02 
 
 		 464 aa  256  7e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1805  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.26 
 
 		 439 aa  254  3e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.193318  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1570  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  37.04 
 
 		 476 aa  253  6e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.81 
 
 		 469 aa  251  1e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.73 
 
 		 464 aa  248  2e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0849  tRNA(Ile)-lysidine synthase  39.44 
 
 		 442 aa  239  5.999999999999999e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0850  hypothetical protein  34.16 
 
 		 431 aa  235  1.0000000000000001e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  33.83 
 
 		 431 aa  235  1.0000000000000001e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  38.19 
 
 		 445 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  38.75 
 
 		 442 aa  226  9e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1237  GntR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 429 aa  223  6e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2892  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.96 
 
 		 476 aa  223  8e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1155  cell cycle protein MesJ  35.15 
 
 		 497 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1249  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  37.71 
 
 		 425 aa  218  1e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3036  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.35 
 
 		 440 aa  212  1e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0244601 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01389  cell cycle protein MesJ  34.83 
 
 		 441 aa  210  4e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.683525  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1842  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.03 
 
 		 445 aa  209  5e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.2555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.73 
 
 		 426 aa  207  4e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01899  tRNA(Ile)-lysidine synthase (tRNA(Ile)-lysidinesynthetase) (tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase)  39.16 
 
 		 434 aa  205  1e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.07 
 
 		 427 aa  204  3e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1551  cell cycle protein mesJ, putative  37.93 
 
 		 455 aa  202  9e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1809  hypothetical protein  33.26 
 
 		 472 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1501  hypothetical protein  39.95 
 
 		 439 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1608  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.81 
 
 		 427 aa  196  6e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1601  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.11 
 
 		 435 aa  193  5e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78438  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1653  cell cycle protein  39.79 
 
 		 435 aa  190  5.999999999999999e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.335836  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4169  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.97 
 
 		 427 aa  189  8e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1289  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.65 
 
 		 436 aa  189  1e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1263  PP-loop  31.95 
 
 		 420 aa  187  2e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1118  hypothetical protein  36.11 
 
 		 442 aa  187  4e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0580  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  35.79 
 
 		 430 aa  186  8e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0306545  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.01 
 
 		 442 aa  179  8e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0977  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.14 
 
 		 438 aa  178  2e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1980  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.44 
 
 		 468 aa  176  7e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2110  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.57 
 
 		 473 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0589  cell cycle protein MesJ  34.03 
 
 		 445 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0620316  normal  0.254248 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38820  PP-loop-tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.53 
 
 		 435 aa  173  5.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1442  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.72 
 
 		 440 aa  172  1e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1478  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.08 
 
 		 418 aa  170  4e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2678  cell cycle protein mesJ  33.8 
 
 		 492 aa  170  6e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0688879  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2593  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.8 
 
 		 492 aa  170  6e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0918  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.67 
 
 		 445 aa  169  8e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1136  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.93 
 
 		 444 aa  169  9e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.807965  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2542  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.94 
 
 		 489 aa  169  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2510  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.16 
 
 		 319 aa  167  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336339  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1105  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.75 
 
 		 472 aa  168  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.340413  normal  0.54377 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1944  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 		 494 aa  168  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3159  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.67 
 
 		 489 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.765148  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1653  cell cycle protein mesJ  33.67 
 
 		 489 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000820354  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1429  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.67 
 
 		 489 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.431978  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2156  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.67 
 
 		 489 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1011  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.07 
 
 		 472 aa  164  3e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.258759  normal  0.14023 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1125  PP-loop  34.47 
 
 		 484 aa  158  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00891393  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1088  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  34.62 
 
 		 487 aa  156  7e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00200666  normal  0.0296865 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>