More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A0258 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00186  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  77.05 
 
 		 432 aa  650    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.445968  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3415  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  75.64 
 
 		 432 aa  639    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3472  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  76.35 
 
 		 432 aa  647    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.878016  normal  0.473347 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0263  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  99.07 
 
 		 430 aa  857    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.202307  normal  0.144292 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0192  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  76.81 
 
 		 432 aa  651    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0274  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  97.84 
 
 		 430 aa  821    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.433905  normal  0.237659 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00185  hypothetical protein  77.05 
 
 		 432 aa  650    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.434611  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0181  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  76.35 
 
 		 432 aa  649    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  98.37 
 
 		 430 aa  850    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.921604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0199  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  77.52 
 
 		 432 aa  657    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0277  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  99.3 
 
 		 430 aa  858    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0190  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  76.81 
 
 		 432 aa  651    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.781391  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 		 430 aa  864    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.380491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0198  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  74.94 
 
 		 431 aa  633  1e-180  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0726  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  64.19 
 
 		 426 aa  533  1e-150  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.238503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3417  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  52.94 
 
 		 460 aa  431  1e-119  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1031  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  52.94 
 
 		 451 aa  431  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1084  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  52.94 
 
 		 460 aa  430  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3147  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  52.29 
 
 		 442 aa  396  1e-109  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3765  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  54.11 
 
 		 436 aa  395  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000300868  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0959  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.01 
 
 		 425 aa  386  1e-106  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2962  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  50.23 
 
 		 448 aa  382  1e-105  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3342  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  51.88 
 
 		 439 aa  371  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0103  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.32 
 
 		 486 aa  344  2e-93  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1834  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.1 
 
 		 440 aa  312  6.999999999999999e-84  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002764  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.42 
 
 		 436 aa  312  9e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2410  tRNA(Ile)-lysidine synthase  41 
 
 		 443 aa  305  1.0000000000000001e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0934  cell-cycle protein  40.62 
 
 		 427 aa  303  5.000000000000001e-81  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.504247  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03220  hypothetical protein  42.33 
 
 		 448 aa  298  1e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2619  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.96 
 
 		 474 aa  289  8e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1286  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.36 
 
 		 488 aa  282  1e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.170507  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3145  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.55 
 
 		 494 aa  280  4e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0165615 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.3 
 
 		 449 aa  279  6e-74  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  38.3 
 
 		 449 aa  278  2e-73  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1466  Fis family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 476 aa  277  3e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2886  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.22 
 
 		 496 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0664509  normal  0.0502291 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1570  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  38.48 
 
 		 476 aa  272  1e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1497  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.97 
 
 		 491 aa  269  8.999999999999999e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1461  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.97 
 
 		 491 aa  268  1e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1364  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.57 
 
 		 465 aa  268  1e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2692  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.1 
 
 		 465 aa  266  8e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000485637 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2625  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.67 
 
 		 465 aa  264  2e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0104928 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3265  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.19 
 
 		 470 aa  264  2e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.867953  normal  0.290599 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.32 
 
 		 469 aa  261  2e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2799  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.55 
 
 		 465 aa  261  2e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.772923 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1645  cell cycle protein MesJ  36.85 
 
 		 464 aa  257  3e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1155  cell cycle protein MesJ  35.48 
 
 		 497 aa  252  8.000000000000001e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1805  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.62 
 
 		 439 aa  250  4e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.193318  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.32 
 
 		 462 aa  249  6e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2960  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.75 
 
 		 460 aa  248  2e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0850  hypothetical protein  35.16 
 
 		 431 aa  241  1e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  34.41 
 
 		 431 aa  241  2.9999999999999997e-62  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1237  GntR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 429 aa  238  2e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.17 
 
 		 464 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  39.61 
 
 		 442 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.29 
 
 		 426 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.88 
 
 		 427 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1178  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.22 
 
 		 419 aa  232  1e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.509041  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0849  tRNA(Ile)-lysidine synthase  40.38 
 
 		 442 aa  231  2e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  39 
 
 		 445 aa  230  3e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3036  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.05 
 
 		 440 aa  228  2e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0244601 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1608  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.71 
 
 		 427 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01899  tRNA(Ile)-lysidine synthase (tRNA(Ile)-lysidinesynthetase) (tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase)  39.42 
 
 		 434 aa  225  1e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4169  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.7 
 
 		 427 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1551  cell cycle protein mesJ, putative  39.07 
 
 		 455 aa  218  2e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0580  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  38.4 
 
 		 430 aa  218  2e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0306545  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2892  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.91 
 
 		 476 aa  216  5e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01389  cell cycle protein MesJ  34.52 
 
 		 441 aa  215  9.999999999999999e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.683525  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1249  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  37.2 
 
 		 425 aa  206  6e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1653  cell cycle protein  41.69 
 
 		 435 aa  206  9e-52  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.335836  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1118  hypothetical protein  39.36 
 
 		 442 aa  205  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1601  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.35 
 
 		 435 aa  204  3e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78438  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1501  hypothetical protein  39.9 
 
 		 439 aa  204  3e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38820  PP-loop-tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.01 
 
 		 435 aa  199  6e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0589  cell cycle protein MesJ  37.24 
 
 		 445 aa  197  3e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0620316  normal  0.254248 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2110  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.89 
 
 		 473 aa  197  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1980  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.66 
 
 		 468 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0918  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 		 445 aa  195  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1442  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.52 
 
 		 440 aa  194  3e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1809  hypothetical protein  33.98 
 
 		 472 aa  193  6e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1842  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.24 
 
 		 445 aa  190  4e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.2555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1289  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.09 
 
 		 436 aa  190  5e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6002  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  37.56 
 
 		 473 aa  183  6e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2075  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.56 
 
 		 473 aa  183  6e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.79 
 
 		 473 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.238854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1011  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.27 
 
 		 472 aa  177  3e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.258759  normal  0.14023 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0977  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.63 
 
 		 438 aa  176  5e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1105  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.51 
 
 		 472 aa  176  8e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.340413  normal  0.54377 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1170  putative cell cycle protein  40.09 
 
 		 462 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.791895 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5381  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.86 
 
 		 473 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0261986  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.49 
 
 		 442 aa  172  6.999999999999999e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1653  cell cycle protein mesJ  33.26 
 
 		 489 aa  171  3e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000820354  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3159  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.26 
 
 		 489 aa  171  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.765148  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1429  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.26 
 
 		 489 aa  171  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.431978  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2156  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.26 
 
 		 489 aa  171  3e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2542  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.26 
 
 		 489 aa  170  4e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1944  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.89 
 
 		 494 aa  169  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2678  cell cycle protein mesJ  33.04 
 
 		 492 aa  168  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0688879  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2593  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.04 
 
 		 492 aa  168  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2510  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.71 
 
 		 319 aa  166  6.9999999999999995e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336339  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>