More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0589 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0589  cell cycle protein MesJ  100 
 
 
445 aa  865    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0620316  normal  0.254248 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1249  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  45.41 
 
 
425 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1809  hypothetical protein  42.12 
 
 
472 aa  304  2.0000000000000002e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.84 
 
 
449 aa  256  7e-67  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  36.84 
 
 
449 aa  254  3e-66  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1178  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.53 
 
 
419 aa  249  6e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.509041  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1011  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.59 
 
 
472 aa  248  2e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.258759  normal  0.14023 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1105  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.93 
 
 
472 aa  246  4e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.340413  normal  0.54377 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0849  tRNA(Ile)-lysidine synthase  41.97 
 
 
442 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1170  putative cell cycle protein  44.06 
 
 
462 aa  234  3e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.791895 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1980  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.97 
 
 
468 aa  232  9e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2110  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.59 
 
 
473 aa  230  3e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.75 
 
 
442 aa  229  8e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3401  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.06 
 
 
451 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2619  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.87 
 
 
474 aa  226  8e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  36.82 
 
 
431 aa  224  2e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1805  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.41 
 
 
439 aa  222  9e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.193318  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0850  hypothetical protein  36.58 
 
 
431 aa  222  9.999999999999999e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1497  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.61 
 
 
491 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2799  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39 
 
 
465 aa  220  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.772923 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2542  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.73 
 
 
489 aa  219  6e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2678  cell cycle protein mesJ  39.69 
 
 
492 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0688879  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1466  Fis family transcriptional regulator  37.1 
 
 
476 aa  219  8.999999999999998e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2593  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.69 
 
 
492 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1653  cell cycle protein mesJ  39.95 
 
 
489 aa  219  1e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000820354  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3159  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.95 
 
 
489 aa  219  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.765148  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1429  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.95 
 
 
489 aa  219  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.431978  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2156  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.95 
 
 
489 aa  219  1e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.52 
 
 
430 aa  218  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.380491  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1461  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.06 
 
 
491 aa  216  5e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2410  tRNA(Ile)-lysidine synthase  33.56 
 
 
443 aa  216  5e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0277  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.29 
 
 
430 aa  216  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0977  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.44 
 
 
438 aa  216  5e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.32 
 
 
462 aa  216  8e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.76 
 
 
430 aa  216  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.921604  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0274  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.53 
 
 
430 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.433905  normal  0.237659 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  43.27 
 
 
442 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2625  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.64 
 
 
465 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0104928 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2886  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.81 
 
 
496 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0664509  normal  0.0502291 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2960  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.88 
 
 
460 aa  213  3.9999999999999995e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1944  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.89 
 
 
494 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0263  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.81 
 
 
430 aa  212  9e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.202307  normal  0.144292 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6002  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  40.85 
 
 
473 aa  212  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2075  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.85 
 
 
473 aa  212  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1031  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.84 
 
 
451 aa  210  3e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3145  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.32 
 
 
494 aa  210  4e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0165615 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2692  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.67 
 
 
465 aa  209  5e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  0.0000485637 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3417  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.84 
 
 
460 aa  209  8e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3265  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.01 
 
 
470 aa  209  9e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.867953  normal  0.290599 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  40.05 
 
 
445 aa  209  1e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1645  cell cycle protein MesJ  38.04 
 
 
464 aa  208  2e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.14 
 
 
473 aa  208  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.238854  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1364  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.9 
 
 
465 aa  208  2e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1084  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.61 
 
 
460 aa  206  5e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3472  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.18 
 
 
432 aa  206  6e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.878016  normal  0.473347 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0192  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.18 
 
 
432 aa  206  6e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00186  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.7 
 
 
432 aa  206  7e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.445968  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00185  hypothetical protein  37.7 
 
 
432 aa  206  7e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.434611  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0181  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.07 
 
 
432 aa  206  7e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0190  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.18 
 
 
432 aa  205  1e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.781391  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0198  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.57 
 
 
431 aa  205  1e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0199  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.88 
 
 
432 aa  203  4e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3415  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.89 
 
 
432 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0726  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.08 
 
 
426 aa  200  5e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.238503  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3036  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.14 
 
 
440 aa  200  5e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0244601 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1286  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.79 
 
 
488 aa  199  6e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.170507  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1088  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  39.72 
 
 
487 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00200666  normal  0.0296865 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3147  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.38 
 
 
442 aa  199  1.0000000000000001e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0918  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.76 
 
 
445 aa  197  2.0000000000000003e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1125  PP-loop  40.61 
 
 
484 aa  197  3e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00891393  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1206  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.08 
 
 
468 aa  197  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.187826 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.27 
 
 
426 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5381  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.68 
 
 
473 aa  196  6e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0261986  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0580  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  39.66 
 
 
430 aa  195  1e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0306545  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002764  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.03 
 
 
436 aa  194  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1570  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  35.06 
 
 
476 aa  194  2e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1834  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.14 
 
 
440 aa  194  2e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.87 
 
 
469 aa  194  3e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0959  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.25 
 
 
425 aa  192  1e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3765  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.03 
 
 
436 aa  192  1e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000300868  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.12 
 
 
427 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1237  GntR family transcriptional regulator  34.99 
 
 
429 aa  190  4e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1118  hypothetical protein  40 
 
 
442 aa  190  5e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1673  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.14 
 
 
457 aa  190  5e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1842  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.49 
 
 
445 aa  190  5e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.2555  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1551  cell cycle protein mesJ, putative  37.85 
 
 
455 aa  189  9e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3342  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.29 
 
 
439 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1608  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.7 
 
 
427 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2962  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.13 
 
 
448 aa  184  3e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0934  cell-cycle protein  31.75 
 
 
427 aa  183  5.0000000000000004e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.504247  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1501  hypothetical protein  42.03 
 
 
439 aa  183  6e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0103  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.57 
 
 
486 aa  182  7e-45  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1155  cell cycle protein MesJ  35.94 
 
 
497 aa  182  1e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38820  PP-loop-tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.01 
 
 
435 aa  181  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01389  cell cycle protein MesJ  32.59 
 
 
441 aa  179  7e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.683525  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1289  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.42 
 
 
436 aa  179  9e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.01 
 
 
464 aa  178  2e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01899  tRNA(Ile)-lysidine synthase (tRNA(Ile)-lysidinesynthetase) (tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase)  37.84 
 
 
434 aa  177  4e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03220  hypothetical protein  32.88 
 
 
448 aa  177  4e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1629  PP family ATPase  38.57 
 
 
476 aa  177  5e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.379742  normal  0.312409 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>