More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2255 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
470 aa  946    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.24 
 
 
481 aa  402  1e-111  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24629  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0791  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.54 
 
 
458 aa  389  1e-107  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000325177  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2788  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.63 
 
 
469 aa  343  5e-93  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2474  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.29 
 
 
469 aa  342  7e-93  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.91 
 
 
470 aa  308  2.0000000000000002e-82  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.68 
 
 
471 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0228  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.05 
 
 
473 aa  296  6e-79  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0139  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.36 
 
 
492 aa  295  9e-79  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00237598  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.69 
 
 
454 aa  285  1.0000000000000001e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  33.62 
 
 
455 aa  278  1e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1265  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.64 
 
 
470 aa  271  2e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.265542  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0622  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.38 
 
 
456 aa  269  5.9999999999999995e-71  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.336141  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1891  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  35.7 
 
 
468 aa  265  1e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000460009  hitchhiker  0.0000000000638883 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.4 
 
 
509 aa  261  3e-68  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.26 
 
 
472 aa  259  1e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1229  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.4 
 
 
476 aa  254  3e-66  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.19 
 
 
468 aa  253  8.000000000000001e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.56 
 
 
459 aa  252  9.000000000000001e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1810  cell cycle protein MesJ, putative  32.43 
 
 
471 aa  247  4e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0106411  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1421  PP-loop family protein  30.79 
 
 
470 aa  243  3.9999999999999997e-63  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2248  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.33 
 
 
485 aa  243  5e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000793902  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1203  PP-loop  30.55 
 
 
476 aa  239  5.999999999999999e-62  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0093  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.61 
 
 
457 aa  237  4e-61  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167197  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.15 
 
 
480 aa  236  5.0000000000000005e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0321  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  31.43 
 
 
682 aa  231  3e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.124455 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.67 
 
 
457 aa  230  4e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.74 
 
 
476 aa  229  9e-59  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.63 
 
 
456 aa  229  1e-58  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.180708  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.74 
 
 
476 aa  228  2e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.05 
 
 
462 aa  227  3e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0340332  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0061  hypothetical protein  29.21 
 
 
476 aa  226  9e-58  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.625972  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.52 
 
 
476 aa  226  9e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.52 
 
 
476 aa  226  9e-58  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1594  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.39 
 
 
457 aa  226  1e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0074  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.21 
 
 
476 aa  225  1e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0125987  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  29.7 
 
 
476 aa  224  2e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  29.7 
 
 
476 aa  224  2e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  29.7 
 
 
476 aa  224  3e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.7 
 
 
476 aa  224  3e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0996  cell cycle protein  31.87 
 
 
458 aa  223  9e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144135  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  29.06 
 
 
476 aa  220  3.9999999999999997e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0865  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  30.59 
 
 
676 aa  219  1e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000888188 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2187  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  29.89 
 
 
444 aa  214  3.9999999999999995e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.150034  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.74 
 
 
464 aa  209  8e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  28.18 
 
 
464 aa  206  6e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2521  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.97 
 
 
476 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000332242  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3018  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.63 
 
 
450 aa  197  3e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2138  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.67 
 
 
436 aa  197  3e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.87877  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0144  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.63 
 
 
472 aa  194  2e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175887  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3027  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.36 
 
 
486 aa  186  9e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00722625  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1051  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.7 
 
 
442 aa  183  5.0000000000000004e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09873  putative cell-cycle protein  28.7 
 
 
436 aa  179  1e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.55826  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0579  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29 
 
 
431 aa  177  3e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.992157  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1198  hypothetical protein  26.99 
 
 
454 aa  176  7e-43  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0013516 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0964  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.75 
 
 
461 aa  174  3.9999999999999995e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.19 
 
 
442 aa  172  9e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1671  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.57 
 
 
455 aa  172  1e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.121682 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3762  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.39 
 
 
445 aa  172  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0801202  hitchhiker  0.00083153 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0598  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.85 
 
 
334 aa  172  2e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.070597 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0704  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.64 
 
 
328 aa  171  3e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5217  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.82 
 
 
444 aa  170  4e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG2046  hypothetical protein  27.96 
 
 
454 aa  169  7e-41  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000839704 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0579  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.23 
 
 
325 aa  169  1e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.391449  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1746  MesJ protein  29.84 
 
 
354 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0106  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.69 
 
 
489 aa  161  3e-38  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.31319 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.97 
 
 
455 aa  159  9e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2662  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.67 
 
 
474 aa  159  1e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0298541 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1609  MesJ protein  31.27 
 
 
332 aa  158  2e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.368084 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0626  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.88 
 
 
325 aa  157  4e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0872  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.94 
 
 
311 aa  157  6e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.203605  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.02 
 
 
436 aa  156  7e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.934648 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1551  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.56 
 
 
241 aa  155  1e-36  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000725449 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.95 
 
 
446 aa  152  1e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.615384  normal  0.623923 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0207  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.22 
 
 
423 aa  150  6e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.716943  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0357  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.86 
 
 
414 aa  149  7e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173835  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1556  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.09 
 
 
306 aa  147  4.0000000000000006e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0541  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.92 
 
 
336 aa  144  4e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.41194  normal  0.862893 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.61 
 
 
419 aa  143  7e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1494  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  29.52 
 
 
451 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.763713  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3780  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.14 
 
 
336 aa  142  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.782786  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4955  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.25 
 
 
324 aa  140  3.9999999999999997e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00345657  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0818  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.58 
 
 
440 aa  139  2e-31  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00477647  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0511  PP-loop  29.14 
 
 
342 aa  138  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2997  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.03 
 
 
323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0494  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.81 
 
 
465 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0198  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.39 
 
 
475 aa  133  6e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.723741  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1341  hypothetical protein  35.65 
 
 
460 aa  132  1.0000000000000001e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.181704  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0180  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.8 
 
 
326 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.591688  normal  0.364393 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0185  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.24 
 
 
326 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0402  tRNA(Ile)-lysidine synthetase, MesJ  27.45 
 
 
430 aa  131  2.0000000000000002e-29  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0260657  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.22 
 
 
464 aa  130  4.0000000000000003e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02150  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.67 
 
 
378 aa  130  7.000000000000001e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.36526  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0850  hypothetical protein  24.84 
 
 
431 aa  129  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3251  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.38 
 
 
344 aa  128  2.0000000000000002e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0128413  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1815  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.53 
 
 
450 aa  128  2.0000000000000002e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.195712  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  24.4 
 
 
431 aa  127  6e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2027  ketose-bisphosphate aldolase, class-II  28.62 
 
 
357 aa  124  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.481135  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0158  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.76 
 
 
457 aa  124  3e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0865096  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0631  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.7 
 
 
397 aa  123  7e-27  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>