More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0957 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_0957  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
377 aa  745    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1620  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.51 
 
 
390 aa  233  5e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0294  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.65 
 
 
433 aa  222  9.999999999999999e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.212762 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2027  ketose-bisphosphate aldolase, class-II  37.43 
 
 
357 aa  219  5e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.481135  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1752  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.73 
 
 
334 aa  207  3e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.927815  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1467  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.06 
 
 
338 aa  201  3e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0235653 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0996  cell cycle protein  34.77 
 
 
458 aa  133  5e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144135  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.04 
 
 
454 aa  130  3e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.67 
 
 
470 aa  129  1.0000000000000001e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.21 
 
 
509 aa  128  2.0000000000000002e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0093  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.03 
 
 
457 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167197  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.51 
 
 
472 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  39.05 
 
 
455 aa  127  3e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0139  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.82 
 
 
492 aa  127  3e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00237598  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0872  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.86 
 
 
311 aa  125  2e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.203605  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0207  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.6 
 
 
423 aa  123  6e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.716943  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1594  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.6 
 
 
457 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0228  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.88 
 
 
473 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0494  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.31 
 
 
465 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.11 
 
 
471 aa  120  3e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0357  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.99 
 
 
414 aa  121  3e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173835  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.38 
 
 
459 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2474  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.74 
 
 
469 aa  120  4.9999999999999996e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0158  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.36 
 
 
457 aa  119  7e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0865096  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.9 
 
 
481 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24629  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.61 
 
 
457 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.57 
 
 
462 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0340332  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.24 
 
 
419 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.83 
 
 
470 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2788  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.74 
 
 
469 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2248  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.14 
 
 
485 aa  117  3e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000793902  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.91 
 
 
476 aa  117  5e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1891  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  35.56 
 
 
468 aa  116  5e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000460009  hitchhiker  0.0000000000638883 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.5 
 
 
468 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
480 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1203  PP-loop  34.36 
 
 
476 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.48 
 
 
476 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.63 
 
 
464 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.11 
 
 
476 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0144  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.18 
 
 
472 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175887  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1229  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.19 
 
 
476 aa  114  3e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1551  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.05 
 
 
241 aa  114  3e-24  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000725449 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.48 
 
 
476 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1421  PP-loop family protein  33.33 
 
 
470 aa  113  6e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2521  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.04 
 
 
476 aa  113  6e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000332242  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.14 
 
 
442 aa  112  8.000000000000001e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1746  MesJ protein  34.67 
 
 
354 aa  112  9e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0791  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.31 
 
 
458 aa  112  9e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000325177  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0061  hypothetical protein  29.74 
 
 
476 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.625972  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.79 
 
 
456 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.180708  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0074  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.74 
 
 
476 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0125987  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1556  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30 
 
 
306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  29.74 
 
 
476 aa  110  3e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1609  MesJ protein  33.33 
 
 
332 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.368084 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.37 
 
 
476 aa  108  1e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  30.77 
 
 
476 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  29.37 
 
 
476 aa  108  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  30.77 
 
 
476 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0622  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.38 
 
 
456 aa  107  2e-22  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.336141  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1810  cell cycle protein MesJ, putative  33.47 
 
 
471 aa  107  3e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0106411  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  32.43 
 
 
464 aa  107  4e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5217  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34 
 
 
444 aa  106  8e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1263  PP-loop  29.7 
 
 
420 aa  105  1e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.61 
 
 
521 aa  105  2e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2138  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.19 
 
 
436 aa  104  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.87877  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0818  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.95 
 
 
440 aa  105  2e-21  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00477647  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0934  cell-cycle protein  29.66 
 
 
427 aa  103  3e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.504247  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1249  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  34.95 
 
 
425 aa  103  5e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1341  hypothetical protein  32.38 
 
 
460 aa  102  1e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.181704  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  36.63 
 
 
445 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0918  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.62 
 
 
445 aa  102  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.39 
 
 
524 aa  102  1e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0321  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  34.07 
 
 
682 aa  101  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.124455 
 
 
-
 
NC_002950  PG2046  hypothetical protein  34.62 
 
 
454 aa  100  4e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000839704 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1114  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.54 
 
 
417 aa  100  4e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0822323  normal  0.384948 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.7 
 
 
325 aa  100  6e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  33.33 
 
 
449 aa  99  1e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0626  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.34 
 
 
325 aa  98.6  1e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  35.24 
 
 
326 aa  98.6  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
449 aa  98.6  2e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0106  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.17 
 
 
489 aa  96.7  7e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.31319 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.27 
 
 
427 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0704  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.89 
 
 
328 aa  95.5  1e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4169  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.82 
 
 
427 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1265  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.35 
 
 
470 aa  95.9  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.265542  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8428  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.39 
 
 
358 aa  95.1  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1237  GntR family transcriptional regulator  33.03 
 
 
429 aa  94.7  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2510  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.02 
 
 
319 aa  94.4  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336339  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.48 
 
 
426 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0016  tRNA(Ile)-lysidine synthetase, MesJ  32.38 
 
 
422 aa  94.7  3e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.03 
 
 
462 aa  94  4e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  32.67 
 
 
431 aa  94  4e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.05 
 
 
321 aa  94  4e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1608  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.8 
 
 
427 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.95 
 
 
464 aa  93.6  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.95 
 
 
464 aa  93.6  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3018  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.18 
 
 
450 aa  93.6  5e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09873  putative cell-cycle protein  30.97 
 
 
436 aa  93.6  5e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.55826  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1138  hypothetical protein  32.54 
 
 
336 aa  93.2  6e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.743192  normal  0.140512 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.17 
 
 
469 aa  93.2  7e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00012547  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>