More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0068 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
480 aa  974    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.64 
 
 
470 aa  296  4e-79  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.96 
 
 
471 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  39.87 
 
 
455 aa  278  2e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0228  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.39 
 
 
473 aa  268  2e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.96 
 
 
472 aa  261  1e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1594  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.04 
 
 
457 aa  259  7e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.22 
 
 
457 aa  257  4e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1810  cell cycle protein MesJ, putative  37.55 
 
 
471 aa  253  4.0000000000000004e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0106411  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.15 
 
 
470 aa  253  4.0000000000000004e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.48 
 
 
454 aa  249  6e-65  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.03 
 
 
468 aa  243  6e-63  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  36.25 
 
 
464 aa  238  1e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1265  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.76 
 
 
470 aa  236  7e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.265542  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2248  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.08 
 
 
485 aa  234  3e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000793902  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0791  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.55 
 
 
458 aa  228  2e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000325177  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1891  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  35.42 
 
 
468 aa  226  9e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000460009  hitchhiker  0.0000000000638883 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.95 
 
 
481 aa  224  2e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24629  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0622  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.15 
 
 
456 aa  222  9.999999999999999e-57  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.336141  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1203  PP-loop  31.75 
 
 
476 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2788  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.87 
 
 
469 aa  220  5e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.17 
 
 
459 aa  220  5e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1421  PP-loop family protein  31.59 
 
 
470 aa  218  2e-55  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2474  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.39 
 
 
469 aa  218  2e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1229  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.55 
 
 
476 aa  213  5.999999999999999e-54  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2521  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.17 
 
 
476 aa  212  1e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000332242  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0494  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.56 
 
 
465 aa  212  2e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0964  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.06 
 
 
461 aa  210  4e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1198  hypothetical protein  30.19 
 
 
454 aa  204  3e-51  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0013516 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3018  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.82 
 
 
450 aa  204  4e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.59 
 
 
446 aa  201  1.9999999999999998e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.615384  normal  0.623923 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.69 
 
 
456 aa  201  3e-50  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.180708  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2138  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.75 
 
 
436 aa  200  3.9999999999999996e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.87877  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5217  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.66 
 
 
444 aa  198  2.0000000000000003e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09873  putative cell-cycle protein  28.7 
 
 
436 aa  198  2.0000000000000003e-49  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.55826  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3762  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.91 
 
 
445 aa  197  3e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0801202  hitchhiker  0.00083153 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0321  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  34.1 
 
 
682 aa  192  1e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.124455 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0144  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.34 
 
 
472 aa  191  2.9999999999999997e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175887  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0996  cell cycle protein  34.75 
 
 
458 aa  190  5.999999999999999e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144135  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.4 
 
 
462 aa  189  9e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0340332  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0093  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.65 
 
 
457 aa  189  1e-46  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167197  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3027  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.64 
 
 
486 aa  187  3e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00722625  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.69 
 
 
476 aa  187  3e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0865  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  34.64 
 
 
676 aa  182  9.000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000888188 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0139  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.11 
 
 
492 aa  180  5.999999999999999e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00237598  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.19 
 
 
476 aa  177  3e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.06 
 
 
509 aa  175  1.9999999999999998e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.77 
 
 
476 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1609  MesJ protein  40.34 
 
 
332 aa  173  5.999999999999999e-42  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.368084 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.98 
 
 
476 aa  172  9e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30 
 
 
464 aa  171  3e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0872  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.68 
 
 
311 aa  168  2e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.203605  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0598  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.09 
 
 
334 aa  168  2.9999999999999998e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.070597 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2187  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  31.83 
 
 
444 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.150034  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1556  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.6 
 
 
306 aa  167  5e-40  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0061  hypothetical protein  26.16 
 
 
476 aa  166  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.625972  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  26.16 
 
 
476 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  26.16 
 
 
476 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  26.16 
 
 
476 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0074  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.95 
 
 
476 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0125987  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  26.16 
 
 
476 aa  164  3e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.16 
 
 
476 aa  164  3e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1746  MesJ protein  38.22 
 
 
354 aa  164  4.0000000000000004e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0541  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.89 
 
 
336 aa  162  2e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.41194  normal  0.862893 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0626  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.85 
 
 
325 aa  160  3e-38  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0185  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.15 
 
 
326 aa  159  9e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0704  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.54 
 
 
328 aa  159  1e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0180  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.15 
 
 
326 aa  159  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.591688  normal  0.364393 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0357  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.21 
 
 
414 aa  156  9e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173835  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2662  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.06 
 
 
474 aa  153  8e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0298541 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1051  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.84 
 
 
442 aa  152  1e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1551  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.32 
 
 
241 aa  151  2e-35  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000725449 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0158  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.54 
 
 
457 aa  151  3e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0865096  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.16 
 
 
419 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25 
 
 
442 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2046  hypothetical protein  40.27 
 
 
454 aa  145  2e-33  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000839704 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0207  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.23 
 
 
423 aa  145  2e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.716943  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.43 
 
 
521 aa  144  2e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0579  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.44 
 
 
325 aa  143  6e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.391449  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4955  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.56 
 
 
324 aa  142  1.9999999999999998e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00345657  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3780  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
336 aa  140  6e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.782786  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0106  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.65 
 
 
489 aa  140  7e-32  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.31319 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0579  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.44 
 
 
431 aa  138  2e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.992157  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2901  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.86 
 
 
371 aa  135  9.999999999999999e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2997  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.67 
 
 
323 aa  136  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0511  PP-loop  31.82 
 
 
342 aa  133  6e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2027  ketose-bisphosphate aldolase, class-II  33.97 
 
 
357 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.481135  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1289  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.99 
 
 
436 aa  132  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1627  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.64 
 
 
335 aa  131  3e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1805  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.52 
 
 
439 aa  130  7.000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.193318  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1671  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.42 
 
 
455 aa  130  8.000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.121682 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3251  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.87 
 
 
344 aa  129  8.000000000000001e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0128413  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0991  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  45.5 
 
 
539 aa  128  2.0000000000000002e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.0298578 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0294  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.07 
 
 
433 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.212762 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.62 
 
 
335 aa  126  7e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.379803  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02150  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.51 
 
 
378 aa  126  9e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.36526  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.75 
 
 
469 aa  125  1e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00012547  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1341  hypothetical protein  31.47 
 
 
460 aa  125  2e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.181704  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  39.05 
 
 
442 aa  125  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0818  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.76 
 
 
440 aa  125  2e-27  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00477647  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>