More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_2474 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_2788  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  98.08 
 
 
469 aa  909    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2474  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
469 aa  927    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.29 
 
 
470 aa  342  7e-93  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0791  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.9 
 
 
458 aa  306  5.0000000000000004e-82  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000325177  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.32 
 
 
472 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.8 
 
 
470 aa  280  3e-74  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.7 
 
 
481 aa  267  2.9999999999999995e-70  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24629  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0139  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.94 
 
 
492 aa  258  1e-67  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00237598  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0228  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.84 
 
 
473 aa  258  2e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.06 
 
 
471 aa  252  1e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.4 
 
 
468 aa  245  9.999999999999999e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1229  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.79 
 
 
476 aa  244  3e-63  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0093  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.42 
 
 
457 aa  243  3.9999999999999997e-63  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167197  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1421  PP-loop family protein  31.82 
 
 
470 aa  243  6e-63  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.77 
 
 
454 aa  242  1e-62  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0622  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.77 
 
 
456 aa  241  1e-62  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.336141  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1203  PP-loop  30.15 
 
 
476 aa  236  5.0000000000000005e-61  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.64 
 
 
509 aa  234  3e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1891  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  32.32 
 
 
468 aa  231  2e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000460009  hitchhiker  0.0000000000638883 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  31.56 
 
 
455 aa  231  3e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1265  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.23 
 
 
470 aa  229  8e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.265542  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1810  cell cycle protein MesJ, putative  29.77 
 
 
471 aa  220  5e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0106411  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.17 
 
 
480 aa  211  2e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2248  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.75 
 
 
485 aa  211  2e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000793902  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.7 
 
 
459 aa  210  4e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.54 
 
 
476 aa  210  4e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1594  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.45 
 
 
457 aa  207  4e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0144  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.98 
 
 
472 aa  206  5e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175887  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0865  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  28.54 
 
 
676 aa  205  1e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000888188 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.84 
 
 
476 aa  204  2e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0061  hypothetical protein  28.9 
 
 
476 aa  203  5e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.625972  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.75 
 
 
476 aa  203  6e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0074  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.69 
 
 
476 aa  203  7e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0125987  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  28.69 
 
 
476 aa  202  8e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.9 
 
 
476 aa  201  3e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  28.9 
 
 
476 aa  201  3e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.36 
 
 
457 aa  200  6e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.33 
 
 
476 aa  199  7e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  28.69 
 
 
476 aa  199  9e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  28.69 
 
 
476 aa  199  9e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2521  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.81 
 
 
476 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000332242  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0321  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  26.75 
 
 
682 aa  197  2.0000000000000003e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.124455 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3027  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27 
 
 
486 aa  197  4.0000000000000005e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00722625  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.48 
 
 
456 aa  194  4e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.180708  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5217  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.38 
 
 
444 aa  192  9e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3018  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.56 
 
 
450 aa  192  1e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.15 
 
 
455 aa  192  1e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.09 
 
 
462 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0340332  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0996  cell cycle protein  28.19 
 
 
458 aa  190  5e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144135  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  27.35 
 
 
464 aa  190  5.999999999999999e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.34 
 
 
446 aa  189  5.999999999999999e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.615384  normal  0.623923 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1198  hypothetical protein  29.09 
 
 
454 aa  185  1.0000000000000001e-45  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0013516 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2662  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.79 
 
 
474 aa  181  2e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0298541 
 
 
-
 
NC_002950  PG2046  hypothetical protein  29.91 
 
 
454 aa  180  4.999999999999999e-44  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000839704 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09873  putative cell-cycle protein  29.52 
 
 
436 aa  179  1e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.55826  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0494  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.13 
 
 
465 aa  177  2e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0579  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.58 
 
 
431 aa  178  2e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.992157  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0964  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.42 
 
 
461 aa  177  3e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.87 
 
 
464 aa  177  3e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2187  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  27.74 
 
 
444 aa  176  8e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.150034  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2138  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.84 
 
 
436 aa  174  3.9999999999999995e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.87877  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0872  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.83 
 
 
311 aa  172  2e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.203605  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1671  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.69 
 
 
455 aa  170  5e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.121682 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.31 
 
 
442 aa  169  9e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0357  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.36 
 
 
414 aa  169  1e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173835  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1746  MesJ protein  31.95 
 
 
354 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0541  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.46 
 
 
336 aa  167  2.9999999999999998e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.41194  normal  0.862893 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0704  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.21 
 
 
328 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0598  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.96 
 
 
334 aa  163  5.0000000000000005e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.070597 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.7 
 
 
419 aa  163  5.0000000000000005e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1051  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.9 
 
 
442 aa  163  7e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1551  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.04 
 
 
241 aa  162  1e-38  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000725449 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0626  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.86 
 
 
325 aa  158  2e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3762  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.64 
 
 
445 aa  156  9e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0801202  hitchhiker  0.00083153 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0579  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.58 
 
 
325 aa  154  2e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.391449  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0850  hypothetical protein  28.83 
 
 
431 aa  152  1e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  28.19 
 
 
431 aa  151  3e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1609  MesJ protein  34.98 
 
 
332 aa  147  3e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.368084 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0158  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.64 
 
 
457 aa  147  3e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0865096  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0631  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.75 
 
 
397 aa  147  3e-34  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0207  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.02 
 
 
423 aa  147  5e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.716943  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.5 
 
 
469 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00012547  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.04 
 
 
449 aa  137  4e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.39 
 
 
462 aa  137  6.0000000000000005e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  26.82 
 
 
449 aa  136  9e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0106  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  23.4 
 
 
489 aa  136  9.999999999999999e-31  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.31319 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1815  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.65 
 
 
450 aa  136  9.999999999999999e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.195712  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.95 
 
 
436 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.934648 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1556  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.99 
 
 
306 aa  134  3.9999999999999996e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0185  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.18 
 
 
326 aa  129  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0180  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.18 
 
 
326 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.591688  normal  0.364393 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2410  tRNA(Ile)-lysidine synthase  25.45 
 
 
443 aa  128  3e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1467  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.67 
 
 
338 aa  125  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0235653 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0149  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.33 
 
 
376 aa  125  2e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1341  hypothetical protein  38.58 
 
 
460 aa  124  3e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.181704  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2027  ketose-bisphosphate aldolase, class-II  28.98 
 
 
357 aa  124  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.481135  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3780  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.55 
 
 
336 aa  124  5e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.782786  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.19 
 
 
464 aa  122  9e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0511  PP-loop  28.06 
 
 
342 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1834  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.41 
 
 
440 aa  120  4.9999999999999996e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>